宇宙連邦捜査官のバーディーは、あるものを持ち出したギーガーを追い、地球へとやって来た。 地球人として生活しながらギーガーの行方を探ろうとするバーディーだったが、有力なてがかりもつかめないまま、アイドル「有田しおん」となり、グラビアの誌面を飾る毎日だった。そんな折、ようやくギーガーの情報が手に入る。躍起になるバーディー。 一方、ごく普通の高校生、千川つとむは、趣味の廃墟探索をするためにとある廃ホテルへ入る。使用されなくなって久しいはずのそこにいたのは、ギーガーとそして有田しおん＝バーディーだった…!!
廃ホテルでのバーディーとギーガーとの戦いに巻き込まれたつとむ。瀕死状態の彼の身体を修復する間、バーディーの心につとむの精神を宿した「二心同体」で生活を送ることになった。にわかには信じられない事実を受け入れようとするつとむ。 そんな中、登校した学校で、クラスメイトの中杉小夜香が交通事故に遭ったと知らされる。心配する早宮たちは、見舞いに行こうとつとむを誘う。 一方、バーディーにもアイドルとしての仕事が舞い込んできていた。それは……。
普通の生活を送りたいつとむは、「自分の許可なくバーディーにならない」という条件を出す。それを承知するテュートだが、バーディーは面白くない。テュートから調査報告すらもふてくされてきちんと聞こうとしない。一方、交通事故で重傷だったはずの小夜香は、事故の後遺症もなく、むしろ以前よりも元気で快活な少女になっていた。そんな小夜香を少しづつ意識し始めるつとむ。 そんな中、つとむの学校にある人物が訪れる。それはつとむの中のバーディーのにおいをかぎつけてやって来た、バチルスだった…。バチルスは小夜香と、そして偶然学校に来ていたテュートをも巻き込み、なりふり構わない攻撃を仕掛けて来る。
連邦につとむの体の修復が正式に受け入れられた。一時帰還するバーディーとつとむ。メギウスやスケルツォなど、懐かしい面々との再会も早々に、バーディーは裁判所から呼び出しを受ける。先の宇宙空間での捕り物劇の際逮捕された被告の証人喚問のためだ。だが、その裁判の最中、突如光の柱が出現し、ある人物が介入してきた。それは神祇官・ネーチュラーだった…。ネーチュラーは被告を差し置いて、バーディーに審問を始める。それは次第に、「リュンカ」についての言及となり…
連邦の首都、オリオテーラにあるアルタ人街で爆破テロが発生、偶然居合わせた同盟側の領事、ゲラブが巻き込まれる事件が起こる。テロの首謀者は「新秩序革命戦線」という組織と、その主導者キンゼルだった。声明文を出し新たなるテロを予告するキンゼル。その交渉人として、キンゼルはバーディーとネーチュラーを指名する。彼はかつて、二人より捕らえられていたのだ。 脱獄し、バーディーたちに復讐するチャンスを狙っていたのキンゼル。彼を捕らえるため、立場も性格もまるで違うバーディーとネーチュラーのタッグが、いま再結成される！
小夜香の邸宅で退院祝いのパーティーが開催された。事故から奇跡の生還を遂げた小夜香は、よく笑う快活な少女になっていた。まるで別人のようになった彼女の変化を、祖父・勝利は温かく見守りながらも、どこか不安を覚える。 一方、つとむはバーディーの捜査に無理やりつき合わされ、パーティーに行くに行けない羽目に。せっかくの小夜香からの誘いだったのに…と、ふてくされるつとむ。だがその頃小夜香も、皆と楽しい時間を過ごしつつも、心の底ではつとむの来訪を待ち続けていたのだった…
地下鉄構内で連続殺人事件が起こる。その事件が起こる時にはいつも、近隣のラジオやテレビから「呪いの歌」が聞こえてくる…という噂が流れていた。 室戸はスクープを狙い、事件の調査に乗り出す。一方、バーディーも一連の事件に地球人以外が関与していると直感し、捜査に飛び出す。が、しおんの姿で自宅を出ようとした矢先、つとむの姉・はづみが帰ってきてしまい鉢合わせしてしまう…！
夏休みを利用して、小夜香の別荘で合宿をする事になった一同。山間部の過疎地帯・沢尻村。 そこにある別荘で楽しい一時を過ごすつとむ、小夜香、そして他の面々。しかしそんな中、小夜香に近づく影があった。「早く目を覚ませ。君は生まれ変わった」。影は小夜香に、そう囁く……。
沢尻村で起こった怪事件の影響を受け、東京に帰れなくなってしまった一同だったが、そんな彼らの元に、小夜香の身を案じて駆けつけた勝利と、またしても事件の匂いを嗅ぎ付けた室戸、そしてシャマランが訪れる。その夜、事件現場を捜査するバーディーに、突如襲い掛かる影が。それはバーディーとほぼ互角、あるいはそれ以上の戦闘能力を持つマリオネット・オンディーヌだった…!!
沢尻村から戻ってから、塞ぎがちになってしまった小夜香。そんな彼女を元気づけるため、つとむは小夜香をお台場へ誘う。二人で過ごす一日。まるでデートのようなシチュエーションにドキドキするつとむ。しかし一方で、バーディーはリュンカの行方について、ある考えに至っていた。それはバーディーにも、そしてつとむにとっても残酷なもので…。
つとむの本来の体の修復が完了した。近く元に戻れるという。しかしそんな中、中杉家にある事件が起こり、小夜香と連絡がつかなくなってしまう。心配したつとむは、少しでも小夜香の力になれないかと奮闘する。そんなつとむに、バーディーはついに真実を打ち明ける。それを聞いたつとむは…。
小夜香がシャマランの元へ身を寄せた。どうすることもできないつとむ。その頃、シャマランは自らの願望を実現すべく最終段階へと入っていた。彼は小夜香を、そして東京すべてをもその渦に巻き込んでゆく。そして最後の時が来る。遂にリュンカが目覚めたのだ。「見えざる死」が東京でも起ころうとしている。食い止めようとするバーディーだが…。
熾烈を極めるバーディーとリュンカの戦い。激しい戦いの先にあるのは一体？ そしてその時つとむは、そして小夜香は…？
リュンカが巻き起こした東京湾怪光事件から数ヶ月。 バーディーとつとむの二心同体生活は相も変わらず続いていた。ある日、バーディーに任務が下る。リュンカ事件のきっかけを作った犯人たちが、地球に逃亡したという。それを見つけ出し、逮捕するというものだ。そんな捜査の途上、バーディーはある懐かしい人物と出会う。それはまた、封印された忌まわしい「過去」を呼び覚ますことになるのだった･･･
幼い頃、まるで兄妹のようにいつも一緒だったナタル。ナタルは現在、理学療法士として病院で働いているのだという。故郷を遠く離れた地球での、懐かしい人物との再会を喜ぶバーディー。しかしそんな二人の姿を面白くないと思う少女が。翔子である。彼女はリュンカ事件で死亡したナタルの親友、各務の妹で、自身もリュンカ事件で怪我を追い入院していたのだ。バーディーにヤキモチを焼く翔子。一方のバーディーは捜査を進め、ついに逃亡犯の一人、アグラズーメを追い詰めるのだが……。
リュンカ事件の際、お台場と同じように攻撃を受け、廃墟と化してしまった六本木一帯。その避難所を取材に訪れたのは、早宮引き入る報道研即席メンバー。 その前に現れた、まりなとたくみ、という二人の子供。避難所を案内してあげるというのだが、それは、ガイド料目当てなのだった。小さな二人がお金に執着するのには、ある理由があるようなのだが…。 一方、つとむは避難所内の診療所にナタルの姿を見つける。まりなとたくみの姿を見て自分の幼い頃を思い出したのか、ナタルはつとむにバーディーとの懐かしい思い出を語り始める……。
逃亡犯たちの逮捕は依然として難航している。それどころか、バーディーが手がかりを掴んで辿り着くと、犯人は必ず何者かの手によって既に殺害されている。いたちごっこの状況に業を煮やしたバーディーは、強行手段に出る。 地球人に変身できる擬装チップを密売して捌いている売人を尋問し、犯人へ繋がる手がかりを得ようとしたのだ。彼の口から出た名前は、バーディーにとっては衝撃的なものであった。 その頃、逃亡犯達は、仲間が次々と殺されていることから、自分達を売った人物を処分することを決めていた。その人物とは……。
情報を得るために事務所に来たバーディーだが、イルマは不在。朝からずっと姿を見せていないのだという。そこにバーディー宛で電話がかかってくる。 それは脅迫電話だった。なんとイルマは誘拐されていたのだ。 バーディーが仲間を殺害をしていると勘違いした逃亡犯達が、バーディーをおびき寄せて返り討ちにするために、誘拐したのだった。 イルマ奪還のため指定場所に向かったバーディーだったが、そんな彼女を軍出身のガトールが離れたビルからスコープで狙う。バーディーは攻撃を受けつつも、なんとかイルマ奪還に成功するが……。
ガトールから受けた攻撃のダメージにより、バーディーとつとむは精神融合を起こしかけていた。このままでは、バーディーの精神が消失してしまうという。それを食い止めるべく、つとむはバーディーの意識深層へのマインドダイブを決行する。そこには、アルタ人迫害の風潮にさらされながらも、養育係のマリオネット・ヴァイオリンと共に平穏に暮らす、幼き日のバーディーの姿があった……。
クリステラ・レビが招いた「アクラバルの悲劇」。その犠牲者を追悼する式典がセントラルタワーで行われようとしていた。 多くの見物客でごった返す会場。つつがなく式典が執り行われようとしていたその時、大きな爆発音がしてタワーが崩壊を始める。 テロが再び引き起こされたのだ。空間のゆがみから次々と現れる帝国時代の兵器たち。 混乱を極めるタワーには、検査のため入院していたヴァイオリンと、そして彼女を見舞いに来たバーディーもいた…。
リュンカ事件により、唯一の肉親であった兄を失った翔子の元に、彼女の親戚が里親を申し出た。ナタルのそばを離れたくない翔子は彼に相談しようとするが、バーディーとナタルが親密にしている所を目撃し、ショックで病院を飛び出してしまう。翔子の行方を追って街を駆け回るバーディーとナタル。つかまりたくない翔子は、あの手この手で二人を振り回す……！
モスの襲撃を受けるナタル。激しい攻撃を受けながら、ナタルの隠されていた『力』が覚醒する。そのお陰でその場は回避できたものの、病院で再びモスの襲撃に遭い、力を使ったナタルは、ついに立ち上がれぬ程に消耗し、室戸のアパートに匿われることになる。自分がとてつもない力を持ち、そしてそれが自らの命を削っていく…。残された時間がわずかだということを悟ったナタルは、室戸からも翔子からも、そしてバーディーの前からも去る決意をするのだった……。
つとむの学校の文化祭が明日に迫ってきた。文化祭の場で、六本木廃墟などでこれまでに取材してきた事を発表するため、準備に追われる早宮たち。その一方で、つとむは別の事が気になっていた。ナタルが消息を絶って以来、バーディーがすっかり塞ぎこんでしまっているのだ。なんとか元気づけたいつとむだが、発表用の廃墟の写真の中にあるものを発見してしまい…。
いよいよ文化祭が始まった。学校はたくさんの出し物で賑わっている。だが、バーディーとつとむはそんな楽しく幸福な会場を後にする。 ナタルに会いに行き、そして真実を確かめるために……。 そのころナタルは、残された時間で自らの目的を果たすために最後の行動に出ていた……。
真実を求め、最後の戦いに挑むバーディー、つとむ、そしてナタル。 その先にあるものは･･･。
