友引警部は無免許医のブラック・ジャックを逮捕すると言って病院に連行する。そして、顔が腫れ上がった獅子面病の患者を手術するように指示。患者を治せたら医師免許を申請するという。
ブラック・ジャックを黒男と呼ぶ男がブラック・ジャック邸の留守電に仕事の依頼を残す。この後、ブラック・ジャックは男が待つホテルへ。そんな彼の行動は紅蜥蜴という美女に監視されていた。
ブラック・ジャック邸が爆発を起こし、叫ぶピノコ。数日後、友引警部は遺品が見つかったとマスターに明かし、ブラック・ジャックの死を告げる。だが、ピノコは生存を信じ、捜索を続ける。
ブラック・ジャックは本間先生の知り合いのクロイツェル博士から話を聞くため、北欧の小国へ。特別病室に行くと、そこには交通事故に遭って植物人間になったクロイツェルの姿があった。
ブラック・ジャックはドイツのシュタイン総合病院へ。シュタインに話を聞こうとするが追い返される。この後、ブラック・ジャックは桑田このみと再会。このみはこの病院に勉強に来ているという。
ブラック・ジャックとピノコはイギリスへ行こうとするが、ドイツの空港で出国許可が下りずに足止め。知り合いの形成外科医、西川史子の案内で飛行機に乗るが、テロリストに占拠されてしまう。
中東のレストランでブラック・ジャックとピノコは医療器具の会社に勤める日本人男性と知り合う。店を出た後、ブラック・ジャックは暴行殺人の容疑で警察に逮捕されてしまう。
ブラック・ジャックはイギリスへ入国。その頃、炭鉱町の病院では、モリーンから安楽死の依頼を受けたドクター・キリコが患者の少年を診察。少年はモリーンの叔父のヒューで、年齢は80歳だった。
ニューヨークに着いたブラック・ジャックは、セントラルパークで見かけた車椅子に乗るキャサリンとバート総合病院のナースにドクター・ジョルジュのことを訊ねるが、彼は病院を辞めたという。
銃弾が母の形見のペンダントにめり込み、死なずにすんだブラック・ジャックは病院へ行き、キャサリンの手術を行う。だが、ブラック・ジャックはキャサリンの心臓を見て手術を中断する。
ブラック・ジャックはドクター・ジョルジュに会うため、ピノコとカナダのレイジ・レイク湖畔へ。するとジョルジュの娘、ユリがブラック・ジャックらに発砲して威嚇。兄と勘違いしたらしい。
ブラック・ジャックとピノコは北極圏に近い山にあるジョルジュの研究施設へ向かう。追ってくる紅蜥蜴と蒼龍をまいて町に到着すると、翌朝、山の中腹にあるジョルジュの山小屋を目指す。
アフリカのガボン共和国でブラック・ジャックとピノコは、父親のもとに遊びに来ている写楽と再会し、家に泊めてもらう。この後、ピノコは食料品を配達するアルという少年と仲良くなる。
アーノル村に来たブラック・ジャックは村人にドクター・クーマのことを訊ねるが、誰も何も語らない。だが、村に来る途中で知り合ったマリーがクーマの所へブラック・ジャックらを案内する。
マカオにやってきたブラック・ジャックはピノコをホテルに残して影三の屋敷へ。影三は脳卒中で意識がないという。そして、手術準備のためにホテルに戻ると、ピノコが誘拐されていた。
ブラック・ジャックとピノコは空港で警備員に声をかけられて空港ビルへ。そこで待っていたのは白拍子医師と西川医師。ふたりはブラック・ジャックにフェニックス病の患者を診てほしいという。
フェニックス病のウイルスを機内に蔓延させたまま、飛行を続けるスカイホスピタル。ブラック・ジャックは犠牲者が増えないよう、白拍子へ指示してSHの行き先を東京から北極へ変更させる。
