精霊使いを目指す姫巫女たちが通う由緒正しき男子禁制の学び舎、アレイシア精霊学院。 その学院へと向かう途中で道に迷ってしまったカゼハヤ・カミトは、精霊契約のために禊をしていた少女、クレア・ルージュと出会う。 彼女は未だかつて契約に成功した姫巫女はいないと言われる伝説の聖剣、デモンスレイヤーと契約を結ぼうとするのだが、精霊はクレアの呼びかけに応えず暴走を始める。
男子禁制のアレイシア精霊学院において、唯一の男子生徒となったカミト。 馬小屋の隣に作られた掘っ立て小屋に住むことになった彼の元に、同じクラスのリンスレットがやってくる。 彼女はお腹を空かせたカミトにスープを差し出し、欲しければ下僕になれと迫るのだが、そこに缶詰を持ったクレアが現れる。 二人はカミトをめぐって口論を繰り広げ、ついには精霊を使った戦いへと発展する。
エリス率いる風王騎士団(シルフィード)との決闘の最中、突如として現れた魔精霊。 強力な精霊を求めるクレアは、現れた魔精霊と契約しようと、たった一人で飛び込んでいく。 しかし、クレアの攻撃をものともしない魔精霊は、徐々にクレアを追い詰めていく。 絶体絶命の危機を迎えるクレアを救うべく、右手に契約した剣の精霊の力を顕現しようと呼びかけるのだが……。
魔精霊との戦いで契約精霊であるスカーレットを失ってしまったクレアは、軍用精霊グラシャラボラスを手にいれるために、契約式典に参加する。 精霊を用いたバトルロワイヤルによって勝敗を決する契約式典に、精霊を失った状態で挑むのは自殺行為に他ならないと、クレアを心配するカミトは、彼女を追って契約式典へと向かう。
2ヶ月後に控えた精霊剣舞祭(ブレイドダンス)に出場できるのはアレイシア学院内のランキング上位3チームのみ。 しかも今回の精霊剣舞祭(ブレイドダンス)は5人のチームでないと参加することができない。 メンバー不足に加え、チームワークに欠けるカミトとクレアは、学院内のランキングを左右する対抗戦で敗北してしまう。 そんなある日、カミトはグレイワースから一人の少女を紹介されるのだが……。
グレイワースから学院に編入してきたオルデシア帝国第二王女フィアナ・レイ・オルデシアを護衛する特別任務を言い渡されたカミト。 一方、クレアはフィアナがルームメイトになることに対して不満を爆発させる。 さらにカミトをめぐって争うクレアとフィアナ。 どちらがカミトにふさわしいのかを決めるべく、フィアナはクレアに料理勝負を申し込む。
複数の契約精霊を自在に操り、圧倒的な力を見せつけたジオ・インザーギ。 自らを魔王の後継者と名乗るジオの目的は謎に包まれたまま、襲撃から一夜が明けた。 特別任務に向かおうとするクレアに対し、リンスレットはとある取り引きを持ち掛ける。 取り引きに応じたクレアは、リンスレットの任務への同行を許し、カミトたち一行は鉱山都市ガドへと向かう。
フィアナが隠し持っていた精霊鉱石によって、劣勢に陥っていたジオとの戦いからどうにか逃れることができたカミトたち。 目覚めかけている戦略級軍用精霊を止めるためには真祭殿を見つけ、儀式神楽を舞わなければならない。 満身創痍の中、エストの導きによって真祭殿にたどり着いたカミトたちだったが、再び彼らの前にジオが立ちはだかる。
想い人へチョコレートを贈るヴァレンティア聖祭の季節がやってきた。 チョコレート作りに夢中になっているクレアとフィアナに、負けてなるものかとエストやエリスも加わって、カミトをめぐる熾烈な戦いがエスカレートしていく。 そんなヴァレンティア聖祭で浮き足立った学院都市に、力を求める学院生を相手に呪装刻印を売りつける闇商人の魔の手が忍び寄っていた。
エリスから勉強を教えてほしいと部屋に誘われたカミト。 カミトがエリスの部屋へ行くと、そこにはメイド姿のエリスが立っていた。 混乱するカミトに、エリスは騎士団に入らないかと持ちかける。 騎士としての自分の力に不安を抱くエリスを見て、カミトは騎士団の手伝いをすることを了承する。 そして時を同じくてエリスの姉であるヴェルサリアが学院へ戻ってくるのだが……。
街中がヴァレンティア聖祭でにぎわっている中、エリスと共に騎士団の仕事に奔走するカミト。 その頃、力を求めるクレアの心の隙間を利用しようと謎の女が近づいていた。 危うく支配魔術によって我を失ってしまいそうになるクレアだったが、仲間との絆により呪縛を打ち破ることに成功する。 しかし、その背後に呪装刻印を刻まれたディナーレとエルザが迫る……。
エリスを新たに仲間に加え、5人のメンバーが揃ったチームスカーレットは、ついに学院最強の精霊使いヴェルサリアが率いるチームと戦うことになる。 ヴェルサリアのチームは強力なメンバーを揃えているが、チームワークに欠ける。 クレアたちの勝機はそこにあると信じるカミト。 大勢の学院生が見守る中、ついに精霊剣舞祭への出場をかけた最後の戦いが幕を開ける！
