西暦2199年12月。 まだ開発中の第13層都市カグツに「ラグナル・ブラッジ」という男が登場。史上最高の賞金を獲得したSS級犯罪者と言われ、「死神」と呼ばれるラグナルは彼の右手には、支配体の最深部である「窯」に向かっているラグナルに、最強で最も凶暴な「魔法の青の書」が宿っています。彼の目的は、窯から生まれた少女。
ラグナの前に立ちはだかる白い男・ハクメン。 ラグナの魂が恐怖に震える。そんなラグナへ容赦なく攻撃して来るハクメン。 一方、諜報部のハザマと行動を共にしていた統制機構第四師団所属のノエル＝ヴァーミリオン少尉はカグツチ支部内の異変を感じとる。「なんか変・・・・・・！」 ざわつく胸がノエルの背中を押す・・・
蒼を継承したノエル。 そしてノエルに観られ、本来の力を取り戻したハザマはユウキ＝テルミへとなる。 ラグナを挑発するテルミ。テルミへ憎悪を向けるラグナ。 しかしレイチェルはラグナを制止する。「事象が変わった今、貴方じゃ万に一つの勝ち目もないわ」 淀んでいた時間が流れ、世界が動き出す。ラグナとノエルを求め、すべてがカグツチに集まり始める・・・
カルルとの戦いで受けた傷をカカ族の村で癒すラグナ。 レイチェルはタカマガハラと呼ばれる空間で、人の手により創られた存在達と会う。世界を思い通りに動かそうとするそれらに、ラグナの価値を凛と語るレイチェル。 一方、ノエルは旧友マコトに再会。 喜んだのもつかの間、マコトの口から告げられた真実は、大事な友達であるツバキに関する事だった。 「ねえ、ノエル。ツバキがいまどこに所属してるか、知ってる？」・・・
術式で世界を制しようとしている世界統制機構。科学で世界を変えようとしている第七機関。 二つの大きな組織が動き出した。目的は蒼の継承者であるノエルと蒼の魔道書を持つラグナ。 そんな中、第七機関の研究者・ココノエはノエル確保のため、独自に計画を立て、テイガーをカグツチに送り込む。 一方、当のラグナとノエルはタオカカの提案である場所にいた。 「ここがカカ族の秘湯『カカ温泉』ニャス！ 」・・・
ココノエに創られ、テイガーによってラグナの目の前に召還されたラムダ。ニューと同じ顔をしているラムダに驚きつつ戦うラグナ。そしてノエルはツバキとジンを探し、一人カグツチをさ迷う。 一方、ジンは正義の咎追い・シシガミ＝ バングと出会う。バングはジンを殿の仇と呼び、襲いかかるがジンはあっさりと倒されてしまう。「こやつ… … 手負いか… … 」 バングは倒れたジンを連れて浪人街に戻って行く・・・
ようやく会えたノエルとツバキ。 親友ツバキとの再会に喜びを隠しきれないノエル。 だがツバキの瞳はそんなノエルの姿を真っすぐにとらえる事ができなか った。一度すれ違った心はただ風に舞う花びらの様に堕ちていくだけ。 一方、よぎる不安に背中を押されノエルとツバキの元へ急ぐマコト。 ノエルとツバキ、マコト… … 運命に翻弄される乙女達。 「ツバキ、お願いもう少しだけ時間をちょうだい… … ！ 」
ひょんな事からココノエの元を離れ、カグツチで迷子になったラムダ。 ココノエの指示がないと何もできないラムダはただジッと見た事のない景色の中、佇む。 ココノエラボの中とは違う世界。雲が流れ、風が吹き、草花が揺れる・・・ しかしそのどれもがラムダにとっては意味のないもの。 いや、ラムダはそのどれもの意味を知らされていなかった。 そんなラムダの前に現れる男――ラグナ。 「飯は… … 奢らねーぞ」
マコトと行動を共にするノエル。 マコトはハザマの危険性を説き、自分が第七機関ココノエと通じていることを告白する。 ココノエの元へ行くようノエルを説得するマコト。 しかしノエルは視力を失いかけているツバキが気になり、首を縦には振れない。 そしてついにジンと再会したツバキ。だが二人の魂はすでに別々のものを求めていた。 一方、ラグナは統制機構カグツチ支部の奥へと歩き始める。 獣兵衛の言葉をしっかりと胸に刻み付けて―― 「いいかラグナ……決して『死ぬな』」
秩序の力へと目覚めたジン。 生まれ始めた己の正義…ただ今守りたい奴を守る…を携え進むラグナ。 今、因縁の…運命の死闘が始まる。 一方、ハザマに足止めをされるノエルとマコト。 ハザマはついにその本性を見せ始める。マコトを痛めつけノエルを追い込むハザマ。 そしてついにノエルの中のリミッターがはずれた。 「来い、ノエル＝ヴァーミリオン！俺と共に闇へと……！！」
最強の魔道書と呼ばれる『ブレイブルー』を作ったのはテルミだった……！ 『眼の力』のリミッターをはずし、憎しみの繭に取り込まれたノエル。ノエルを助け出したいがテルミの持つ上位のブレイブルーに太刀打ち出来ないラグナ。 溢れる蒼の波動に反応し、活動を激しくするノエルの繭。 そして生れ落ちたのは、神殺しの剣『クサナギ』である少女、ミュー。 ミューの瞳にもうラグナの姿はうつらない。 世界はテルミの思いのままになってしまうのか！？ 「テメェはマジぶっ殺す！」
テルミによって、ノエルは神殺しの剣『クサナギ』であるミューへと目覚めた。ミューが窯に入ってしまえばすべてが終わる。 あの子は世界を滅ぼすためだけに存在しているの… そう話すレイチェル。 傍観者であるレイチェルの唇には絶望の色がのり始めていた。 しかしラグナは決して諦めない。 ジンと共にミューの憎しみの鎧を、世界の終わりを破壊しようと立ち上がる。 「いい加減目を覚ましやがれ……ノエル！！！！」
