月ノ宮女子校等学校に転入した羽成瑠夏は、同じ指輪を持つ平原陽桜莉と運命的な出会いを果たす。陽桜莉は失踪した姉・美弦を探していた。自分の信じる道を突き進む陽桜莉と、人との付き合い方が分からず不器用な瑠夏。正反対の二人は、寮の部屋が同じになるなど、何かとつるんでいく。そんな中、同じ学校の白樺都に異変が現れ…。
リフレクターに変身し、白樺都を助けた陽桜莉。そこに駆けつけたモモと名乗る少女は、陽桜莉と瑠夏をリフレクターにスカウトする。誰かの想いを守れるならと、リフレクターになることを即決する陽桜莉。対して迷いを捨てきれない瑠夏は、変身することも出来ずにいた。陽桜莉は迷う瑠夏を、自分の家へと招待する。
再び暴走した都の想い、その『フラグメント』を狙って新たなリフレクターが現れた。彼女たちは陽桜莉たちと違い、フラグメントを奪い取ることを目的としていた。同じリフレクターが少女を傷つけていた事実に、ショックを隠せない陽桜莉と瑠夏。未だ変身出来ずにいた瑠夏は、必死に戦う陽桜莉の姿を前に”ある過去”を思い出す…。
自分の想いを守ってもらった都は、陽桜莉たちに協力を申し出る。都の決意は固く、すでに家を出て入寮の手続きも進めているという。熱い想いを受け取った陽桜莉たちは、モモを含めた４人での活動をスタートさせる。リフレクターとして、より強くなる為には『共鳴』が重要だと知った陽桜莉と瑠夏は、お互い歩み寄ろうとするが…。
女子高生の間で話題の交流アプリ『Ｈ♡―ＫＡＧ♡（放課後）』。そこで気になる投稿を見つけた都は、『由紀姫』と名乗る投稿者にコンタクトを試みる。由紀姫に悩みを打ち明けた少女たちは、うちに秘めた苦しみや、悲しい想いが綺麗さっぱり消えると言う。同じ頃、詩も由紀姫に目をつけ、本人を探し出そうとしていた。
敗北が続き焦りを募らせる仁菜は、詩とのバディ関係を解消。次にバディ相手として望んだのは、”お姉さま”こと美弦だった。仁菜にとって美弦は、自分自身の過去すべてを捧げた人物であり、その出会いは特別なものだった。不遇の子供時代、母との決別、ピンクのキャリーケース、詩集……。仁菜の仄暗い過去が蘇る。
陽桜莉たちの学生寮で毎年行われる『七夕祭り』。短冊に願いごとを書き終えた陽桜莉は、美弦と過ごした幼い頃の七夕を思い出す。あの日は、雨が降っていた…。一方、美弦の過去を知った仁菜は、陽桜莉への嫉妬心から大胆な行動に出ようとしていた。七夕の夜に集う少女たち。そして今、１つの願いが叶おうとしていた…。
美弦との最悪の再会から一夜が明けた。陽桜莉を心配する瑠夏たちだったが、本人は普段通りに振る舞う。その姿に耐え切れなくなったのは瑠夏だった。一方、美弦と共鳴し、自分たちがバディだったことを知ったモモは、真相を探るため単独で行動し始める。それぞれの想いが別の方向へと向く中、再び想いの暴走が起きる。
聖イネス学園に一人乗り込んだモモは、美弦と対峙する。出迎えた美弦は、モモが言葉にできずにいた違和感の正体を、次々と明らかにしていく。モモと美弦の過去、そして世界の新たな理…。美弦の口から聞かされる真実は、どれもモモの想像を超えるものだった。さらに美弦は、混乱するモモに衝撃の事実を突きつける…。
モモから聞かされる、世界の新たな理。さらに美弦は、今日から３日後、自分たちがしてきたことの意味が分かるとモモに告げていた。都は３日を待たず美弦たちと戦うべきだと主張するが、モモは反対。意見が割れた陽桜莉たちは、思い思いの時を過ごす…。その頃、より強くなることを望む仁菜は、紫乃から新たな指輪を受け取っていた。
攫われた瑠夏の行方を追って、聖イネス学園へと向かう陽桜莉とモモ。辿り着いた先で待っていたのは人質にされた瑠夏と、陽桜莉たちに剣を向ける美弦たちだった。美弦たちは、すべては少女たちを苦しみから救うための行いだと話す。さらに、リフレクターは誰も救うことはできない、と。一方、都のもとには謎の少女が訪れていた。
モモのフラグメントは砕け散り、美弦は発狂する。リープレンジは一気に負の想いに支配され、陽桜莉たちは劣勢に。美弦を救いたい仁菜は、自分自身の”ある想い”を捨てる覚悟を決め、陽桜莉たちの前に立ちはだかる。一方、紫乃は新たな力を発動させようとしていた。それぞれの想いをかけた少女たちの戦い、その行方は…。
第1クールの名シーンを平原陽桜莉（CV：石見舞菜香）と羽成瑠夏（CV：千菅春香）、山田仁菜（CV：玉城仁菜）と駒川 詩（CV：田辺留依）の2組のバディの新規ナレーションで贈る『BLUE REFLECTION RAY/澪』特別編を配信。 彼女たちが描いてきた想いの軌跡と第2クールから13話の映像も少しだけご覧いただけます。
夏休みを迎えた陽桜莉たち。フラグメントを失ったモモは眠り続け、美弦の行方は分からなくなっていた。それでも時空の歪みは止まることを知らず、少女たちの想いの暴走も増えていく。そんな中、モモの見舞いで病院を訪れていた瑠夏は、橘涼楓と皇亜未琉に出会う。一方、紫乃の力を得た美弦が動き出そうとしていた。
陽桜莉と瑠夏の窮地を救ったリフレクター、その正体は仁菜だった。かつて仁菜に想いを抜かれそうになった都は、その事実に複雑な胸中を隠せない。陽桜莉は共に戦うべく仁菜の説得を試みるが、そこで想いに関する”新たな事実”を聞かされる。その頃、瑠夏は涼楓と再会。幼馴染の涼楓と亜未琉、二人が抱える”秘密”を知る。
陽桜莉が仁菜を学生寮に連れてきた。都は仁菜を受け入れ、気丈に振る舞おうとするが……。陽桜莉たちが学生寮の大掃除に励む中、涼楓と亜未琉が瑠夏に会いにくる。一同に介した少女たちは、それぞれの想いを夏の日差しの下で交わし合う。そこで瑠夏は亜未琉から”あるお願い”をされる。それを偶然知ってしまった涼楓は……。
陽桜莉たちは想いをもとに戻す方法を求めて、ユズとライムがいるコモンと想いを繋ぐ。それを知った紫乃は、即座に攻撃を仕掛けるが……。一方、美弦と運命的な出会いを果たした涼楓は、亜未琉と共に１つの決断を下そうとしていた。「想いをもとに戻したい」――同じ想いを抱いていたはずの少女たちが、すれ違っていく。
「すべての始まりを知れ」――仁菜と強制的に共鳴した陽桜莉に次々と流れ込んでくる”誰か”の記憶。それは、かつて仁菜が美弦と共鳴した時に知った”美弦の過去”であり、”すべての始まり”だった。幼い頃に母が出奔し、二人きりで生きてきた平原姉妹。陽桜莉を守ろうと必死だった美弦、その想いが紐解かれていく……。
美弦の抱えてきた想い、リセットされた世界の真実を知った陽桜莉は、自分を責めて行方をくらます。瑠夏は陽桜莉を探し出し、戻るよう必死に説得するが、ショックを受けている陽桜莉の心は閉じていく。さらには共鳴も出来なくなり……。一方、今度こそ陽桜莉を守りたい美弦は、涼楓と亜未琉と共に”ある計画”を実行する。
陽桜莉の暴走した想いが引き金となり、コモンの扉は開かれた。上空に現れた時空の裂け目。美弦の狙いは最初から、涼楓と亜未琉を利用して陽桜莉の想いを暴走させることだった。美弦は激しく動揺する陽桜莉に、”幸せになれる世界”を約束する。時を同じくして、紫乃はユズとライムが守るコモンへの攻撃を開始していた。
コモンを巡る戦いが始まった。陽桜莉たちは想いを守るため、紫乃を止めようとする。ところが紫乃は美弦を支配し、美弦と戦いたくない陽桜莉たちを追い詰めていく。さらに紫乃は、いかに想いが愚かなのかを陽桜莉たちに知らしめようと、自らのフラグメントを使ってリープレンジを発動。陽桜莉たちに揺さぶりをかける。
紫乃がコモンへ消えて、世界は変わってしまった。街中が緑に覆われていくだけではなく、人々の想いが希薄になりつつあるのだ。今、確かな意思を持って動けるのは、リフレクターの指輪を持つ陽桜莉たちだけ。一同は紫乃を止めるため、想いの力を使ってコモンへ向かおうとするが、陽桜莉が倒れてしまい……。
紫乃を知ろうと聖イネス学園を訪れていた陽桜莉は、そこで紫乃と瓜二つの少女に出会う。彼女は紫乃が捨てた”想い”そのものだった。その想いに触れた陽桜莉たちは、紫乃の過去、抱えてきた苦しみを知る。それは陽桜莉たちの想像を絶するものだった。明らかになる紫乃の生い立ち、想い。それを知った陽桜莉たち、美弦は……。
詩が襲撃を仕掛けてきた。陽桜莉たちは紫乃の想いを守るため、詩に立ち向かう。そんな中、仁菜の指輪の色がブルーに変化。想いが高まりあった陽桜莉たちは、より強い絆でもってコモンへ向かう。――すべての想いが集う世界、コモン。辿り着いた陽桜莉たちを待っていたのは、具現化した少女たちの想いだった。
紫乃の想いを守りきり、コモンの深淵に辿り着いた陽桜莉たち。一同を出迎えたのは、その姿を異形化させた紫乃だった。紫乃は世界からすべての想いは消えた、リフレクターはもう終わりだと話す。陽桜莉たちはすべての想い、そして紫乃に想いを戻すことが出来るのか……。想いを巡る少女たちの戦いがここに終結する。
