タヌキ獣人の影森みちるは、獣人差別主義者の人間たちから逃れ、獣人が自由に生きられる街・『アニマシティ』にたどり着く。ちょうどその日は、街の設立10年を祝う祭りの日。獣人たちは自分たちの本来の姿、けものの姿に変身し、獣人であることを自由に表現している。活気のある街の様子にワクワクするみちるは、祭りを見て涙を流すヘンなオオカミ獣人・大神士郎と出会う。ところが、祭りのなかで爆発が起き、広場はパニックに。しかもみちるは士郎に犯人と間違えられて捕らえられてしまう。誤解は解けたものの、事件に巻き込まれたみちるは、士郎に自分のヒミツを明かす。みちるは、突然タヌキ獣人になってしまった『元・人間』だったのだ。
自分が『人間』だったことを士郎に明かすみちる。しかし「そんなことはあり得ない」と信じてもらえない。証明するために身分証明書を取り戻そうと奔走するみちるは、メスのギャングたちが根城にしているスラム街・『ラビットタウン』に向かい、ボスのグラングランマと出会う。財布を返す代わりに、スラムの子供たちに読み書きを教えることになるみちるだが、グラングランマは街全体を取り仕切るギャングと揉め、子供たちの人身売買で金を作ろうとしていた。輸出されるギリギリでみちるを救い出した士郎は「女子供は俺が守る」などと宣う。獣人の世界が想像以上の『オス至上主義』だとを知ったみちるは、「こんな街とっとと出てってやる」と士郎に宣言する。
アニマシティに『シルヴァスタ・メディカル・センター』と呼ばれる製薬会社の施設があることを知ったみちるは、自分が獣人になった原因を調べてもらおうとする。ところがメディセンに反獣人派テロリストから脅迫状が届く。シルヴァスタ製薬は、世界有数の財閥が経営するグループ会社で、アニマシティの市長の志に賛同し、市に多額の資金援助をしているのだ。それが気に食わないテロリストによる犯行を防ぐため、士郎は市長の頼みで仕掛けられた爆弾の所在を探すことに。士郎に協力し犯人を追い詰めたみちるは、自分の腕を自在に伸ばすことに成功する。同時にピンチを士郎に救われたことで、二人の間には信頼関係が生まれはじめる。
みちるは獣人でありながら人間のふりをしてSNSをしているシロイルカ獣人・ニナと出会う。ニナはアニマシティを仕切るギャングのボスの娘だが、人間の世界に憧れており、みちるの話を聞きたがる。みちるの人間界を懐かしむ気持ちが高まった瞬間、みちるは獣の耳もしっぽもない、人間の姿に変身。こっそり二人で人間界に遊びに行くことに。人間と獣人両方の経験をしたことで人間たちのうわべだけの獣人への同情に気付いたみちるは、自分がもうただの人間ではないことを感じ、もっと獣人たちのことをよく知るために、アニマシティで暮らしていく決意を固める。
元バスケ部のみちるはアニマシティでバスケを始めようとするが、なぜだか代わりに野球をすることに。しかし、獣人たちの野球は死人が出るほど盛り上がる、ギャンブル前提の死闘試合だった。ひょんなことからクマ獣人たちの極弱チーム『べアーズ』に入ったみちるは、バカだけど気のいい彼らをまとめ上げ、試合で勝ち上がっていく。ところが、賭博の元締めのギャングと八百長のために負ける約束をしていたべアーズの監督は困ってしまう。けれど、みちるの熱意に感化されたべアーズや獣人たちは、賭け金なしの純粋な野球の勝敗に楽しさを知っていく。
アニマシティに、銀狼様を教祖とする『銀狼教団』がやってくる。銀狼様の顔を見たみちるは驚く。それは人間だったころの親友・日渡なずなだったのだ。なずなはみちるが獣人になるより前に突然獣人に変わり、何者かに拉致されたまま行方知れずになっていた。みちるはなずなとの再会を喜び、一緒にアニマシティで暮らそうと言うが、なずなをうさんくさがる士郎と衝突。なずなは教団の人間にいいようにされているのだと同情していたみちるは、なずなが市長に会える機会を設けるが、なずなはそれをチャンスに市長に教団の永住許可の相談をする。親友に利用されたみちるはショックを受ける。
親友だと思っていたなずなに「嫌いだった」と言われ、ショックを受けていたみちるの部屋に、天井を突き破ってワタリアホウドリ獣人・ピンガが墜落してくる。彼は自由を愛する渡り鳥獣人だった。みちるはピンガから刺激を受けて空を飛べるようになる。一方、シルヴァスタ製薬のCEO・アランの横槍で街への永住を延期された銀狼教団は、製薬会社の前で祈りの儀式を始める。アランが殺し屋に狙われていることを知り現場に急行する士郎とみちる。しかし二人の目の前でアランが襲われる。そのアランの窮地を救ったのは、翼のある銀狼に姿を変えたなずなだった。なずなが立派に役割を担い人々に支持される様を見たみちるは、その姿に打ちのめされる。
銀狼様であるなずながアランの命を救ったことにより流れが変わり、銀狼教団のアニマシティへの定住が決まる。そんななか、銀狼教団の執行長・ボリスは拘置所で勾留中のメディセンの元所長・矢場のもとに教えを説きに向かう。しかしボリスと会話をした直後に、矢場は凶暴化。怪物のような姿で暴れまわり、脱獄してしまう。街を守るために必死に戦う士郎だが、大きな手傷を追う。そのとき、士郎の体が銀狼に変化する。士郎こそが本物の『銀狼様』だったのだ。市長はみちるに、士郎がなぜここまで獣人を守ろうとするのか、そしてなぜ『銀狼』になったのかを明かすため、1000年前に士郎の身に起きたニルヴァジールでの悲劇について話して聞かせる。
なずなとアランが実は懇意にしていたことを知るみちる。実はなずなに銀狼教団の教祖になるよう頼んだのはアランだったのだ。アニマシティに来ることを妨害していたのも全ては必要に応じた演出であり、獣人たちの秩序を守るためには銀狼教団と銀狼が必要不可欠なのだと明かされる。さらにみちるは、実はみちるとなずなが獣人になったのは、メディセンで作った獣因子試薬を誤って輸血されたことが原因だったことを知る。アランに獣人病の治療薬の開発が終わるまでは、なずなに協力するよう頼まれたみちるは、アランを信用するなと士郎に釘を刺されながらも、「この街は好きになったけど、やっぱりおうちに帰りたい」と本心を打ち明ける。
アニマシティで、ストレスのかかった獣人が暴走する事件が多発する。その対応に追われるみちると士郎は、暴走獣人を捕獲しているメディセンにたどり着く。アランを信じられない士郎に、アランは「これ以上人口が増えると獣因子暴走症候群【ニルヴァジール・シンドローム】が起き、街は滅びる」と告げる。メディセンを街に作った目的もワクチンを作るためだったが、そのワクチンというのは獣人を人間に変えるものだった。激昂した士郎を止めようとするみちるに、士郎は「お前は所詮人間だ」と言い放つ。そんな士郎にみちるも不満をぶちまけたことで、二人の間には深い溝が生まれる。アランにメディセンを襲った罪を着せられた士郎は、みちるを置いて消えてしまう。
銀狼教団の主催でなずなのコンサートが開かれることになる。手伝うことになったみちるに、なずなはある計画を明かす。コンサートが一番盛り上がったところで人間だと告白をしようというのだ。その情報を知った士郎はコンサート会場に向かい、みちると再会する。人間だと告白することはニルヴァジールシンドロームの引き金になるという士郎の言葉を信じたみちるは、なんとかなずなを説得して計画を変更させる。しかし、突然ボリスが観客に向かってなずなが人間であることを明かしてしまう。騙されていたと知った獣人たちが次々に暴走獣人に変わり、彼らに対するエンゲルマルシーネの攻撃が開始される。恐慌状態へ陥っていく街を前に、士郎までもが暴走し、みちるに牙を立てた…！
ついにニルヴァジールシンドロームが起きてしまったアニマシティ。発症した士郎だったが、みちるを噛んだことで正気に返り、みちるとなずなの特殊な獣因子から血清を作ることができるとわかる。しかし、獣人を人間に変える薬をドローンで散布することでシンドロームを抑えようとしていたアランと、士郎は激しく衝突する。実はアランは人間ではなく、オオカミ獣人・金狼だった。しかし激しい戦いの末、アランも発症してしまう。殺そうとする士郎だが、みちるの目を見て、救うことを選択する。また、士郎の遠吠えを聞くと、暴走している獣人も思わず遠吠えをしてしまうことに気づくみちる。士郎はみちるの構えるカメラの前で遠吠えをし、今度こそ人々を救うのだった。
