魔力を持たないライガットは、友人であるクリシュナ国王ホズルと王妃シギュンから隣国アテネス連邦による領内侵攻を知らされる。そして王都で発掘された古代巨兵（アンダー・ゴゥレム）にライガットが偶然乗り込んだ時、それは突如起動。圧倒的な力で石英を砕き、アテネスのゴゥレム部隊と対峙することになるのだが…。
ゼス率いるワルキウレス部隊の襲撃に対し、クリシュナ軍は城内のゴゥレム部隊を集結させた。この戦いがゼスの本意ではないと信じ、交渉のために単身出撃したライガットは旧友との4年ぶりの再会を果たす。だが、互いこそが兵を退くべきと譲らず、交渉は決裂。アテネス・クリシュナ両軍を巻き込む戦闘に発展してしまい…。
親友ホズルの国を守るため、クリシュナ軍に正式入隊したライガット。同時にデルフィングの大改修がされる。リィを失ったワルキウレス部隊は復讐を誓い、ビノンテン第3次攻撃の準備を進めてゆく。その動きを捉え、反攻に出るクリシュナ軍。一方アテネスでは“戦争の天才”と謳われたボルキュス将軍が動き始めていた…。
デルフィングを組み込んで編成された特別遊撃隊「ミレニル部隊」。訓練中、部隊は先の戦闘で接収したエルテーミスに突如襲撃を受ける。ゼスですら手こずった機体を易々と操縦していたのは、バルド将軍の息子にしてミレニル部隊の隊員候補、ジルグであった。一方、アテネスではボルキュス大隊が出陣を開始して…。
アラカン荒野で激突したバルドとボルキュスの両大隊は、ともに多大な犠牲を払い、一時の退却を余儀なくされる。厳しさを増す状況の中、敵部隊の一部がライガットの故郷を襲撃するという報せが入る。弟のレガッツを救うべく単身急行するライガット。だが、村は既に襲われ、しかも行く手にボルキュスが待ち構えていた…。
ボルキュス大隊の脅威が迫る中、ライガットの生還を信じ、デルフィングの新兵器を鍛え上げるシギュン。ビノンテンへの総攻撃の中、デルフィングは新型装甲をまとい、最終形態へと変貌する。友と出会い、時をはぐくみ、やがて訪れた別れ、死…。人々の想いを背負い、ライガットはボルキュスとの最後の闘いへ立ち上がる…。
