旧沖縄の洋上に建造された近未采都市ネオ香港。その裏側に、独目の生体ネットワークを持つ秘密組織があった、その名は“ゴーマ”。地のD・D、風のディーネ、火のサーファイア、そして水のピクシス。彼らゴーマ四天王は、それぞれの素粒子形状神体を操りダンガイザーの復活阻止を画策していた…。
三人のエターナル マザリアの覚醒により甦ったダンガイザー。ゴーマの刺客チュードルクードとの壮絶なバトルに炎上するネオ香港。だが、陽菜は戦いの恐怖と意味を理解していなかった。やがて、そのけた外れのパワーを見せつけるダンガイザー。その時、ゴーマ守護神体、獣魔騎竜ガイアフレームがその姿を現わす…。
自分がDNA計画(ダン・プロジェクト)と呼ばれる計画を遂行するために存在する巫女なのだと聞いた陽菜。だが、ダンガイザーのジャッジシステムについてはシンディもレイカも説明してくれることはなかった。実は、ジャッジシステムこそ発動すれば止めることのできない、人類の明暗を分ける運命の歯車だったのだ…。
宿敵「ゴーマ」が恐れるダンガイザーを呼び出した巫女たち。ディーネとピクシスの執拗な攻撃に、ついにダンガイザーは第三形態へと変化を開始する。その壮絶な戦いの果て、ついにダンガイザーのジャッジシステム（自己防衛機能）が起動する…！ そして全てが一つに繋がった時、恐るべきパワーが放たれる!!
