한국 대통령을 겨냥한 아웅산 테러가 발생하고, 대통령 경호원 진표와 무열은 위험천만한 가운데 다행히 목숨을 건지는데...
청와대에서 다시 만난 윤성과 나나, 윤성으로부터 도움을 받았던 나나는 갚겠다며 나서고 시작부터 두 사람은 티격태격하는데...
윤성은 결식보조금 지급 장부를 빼돌리는데 성공하고 자신만의 방식으로 문제를 해결해간다. 한편, 영주에게로 결식아동보조금 관련한 비리 현장의 결정적인 증거가 담긴 CD가 택배로 배달되어 오는데...
윤성과 진표는 서로의 방식의 차이로 인해 대립하고, 진표는 두번째 처단자를 먼저 찾는 것으로 게임을 제안하는데...
나나는 어둠 속에서 두려운 눈빛으로 총알이 날아와 깨진 유리창을 보고, 유리조각에 베인 뺨은 작은 상처가 나 피가 흐른다. 나나를 구한 윤성은 재빨리 진표가 있는 건물로 질주하는데...
나나는 자신의 집을 산 윤성에게 불같이 화를 내고, 돈으로 사람 갖고 노는 사람 재수 없다며 돌아선다. 한편, 영주는 호송차량이 납치됐던 사건과 서용학 저격 때의 엘리베이터 CCTV를 비교해보며 시티헌터의 단서를 찾아내기 위해 애쓰는데...
나나는 세희와 함께 있는 윤성의 모습을 보고 얼음처럼 굳어버리고. 그 자리를 빠져 나온 나나, 윤성의 전화에 계속 수신거부를 누른다. 한편, 영주는 해외 입국자 CCTV를 토대로 진표에게서 수상한 기운을 감지하고 그를 찾아가는데...
총상을 입은 윤성, 바닥에 쳐박힐 듯 떨어지고 가까스로 로프를 이용해 탈출한다. 나나가 창밖으로 뛰어 내리려다 기절한 서용학 때문에 어쩌지 못하는 사이 영주가 달려오고 뒤늦게 윤성을 쫗지만 간발의 차로 놓쳐버린다. 한편, 윤성은 다친 몸을 이끌고 세희의 병원을 찾아가는데...
난간에 매달린 나나의 손을 잡은 윤성, 있는 힘껏 나나를 끌어올리는데 극심한 통증과 함께 어깨를 꿰맨 상처에서 피가 흐른다. 도망치는 서용학을 쫓던 영주는 서용학이 쏜 총에 부상을 입고 마는데... 한편, 도주 직전의 서용학을 맞딱뜨린 진표는 그를 손쉽게 제압하고 차에 태워 현장을 빠져나간다.
병원에서 마주친 진표를 쫓아 나가는 윤성, 윤성이 시티헌터라는 의심을 버리지 못한 영주는 장필재와 함께 그런 윤성을 미행하고, 진표의 집 앞에서 윤성과 대면하게 된다! 한편, 나나는 뉴스에서 이경완 의원의 타살 소식을 접하고 사색이 되는데...
자신을 도운 나나를 보고 깜짝 놀란 윤성은 언제부터 자신의 정체를 알았는지 묻고, 자신의 일에 끼지 말라고 화를 낸다. 하지만 나나는 윤성의 진심을 믿어보기로 결심하는데... 한편, 영주는 윤성이 혈액 검사를 한 이유가 경희때문이라는 것을 알게되고, 경희의 남편이 수년전 행방불명된 특수부대 출신이었다는 사실에 의문을 갖고 그녀를 만나러 가는데...
총에 맞아 피를 흘리는 나나, 윤성은 다급한 마음에 그런 나나를 데리고 세희를 찾아가고 세희는 혈액이 없어 당장 병원으로 옮기라 하지만 그럴 수 없는 상황에 윤성은 자신의 피를 뽑으라고 소리친다. 한편, 경희가 없어진걸 안 진표는 윤성이 알기 전에 먼저 경희를 찾으라고 지시하는데...
진표는 나나를 향해 총을 겨누고, 일촉즉발의 상황에서 윤성은 급히 나나에게 뛰어들어 그녀를 구해낸다. 잔인한 웃음을 짓고 떠나버리는진표를 바라보는 윤성은 분노로 이를 악무는데... 한편, 김종식 처벌 계획을 세우고 이사장실에 잠입한 윤성은 마침 그곳을 찾은 영주와 마주치게 된다.
충격을 받은 윤성은 뒷걸음질로 서둘러 그 자리를 떠나고 아버지를 살피던 영주는 그 모습을 본다. 급히 종식을 실고 병원에 도착한 앰뷸런스, 영주와 구급대원이 내려 들것에 실린 종식을 밀고 응급실 안으로 뛴다. 마침 병원에 있던 나나는 그 모습보고 깜짝 놀란다. 한편, 윤성은 식중을 차로 친게 진표라는 사실에 분노하며 두 사람은 다시 대립하는데...
의식이 가물가물한 영주는 어렴풋이 윤성의 실루엣을 보지만 금세 정신을 잃고 마는데. 한편, 윤성은 영주가 사는 오피스텔의 CCTV를 해킹해 천재만의 수하가 영주를 제거하려했다는 사실을 알게된다. 병원에서 깨어나는 영주, 핸드폰에 전송된 CCTV영상을 확인하고 자신의 사고를 신고한 사람이 누군지 묻는데...
시티헌터의 정체에 대해 접근해가는 영주를 보며 윤성은 멈칫하고, 자신을 잡고 싶으면 증거를 가져오라며 그 자리를 벗어나는데. 윤성은 몸과 마음이 지쳐있는 상태로 나나를 찾아간다. 나나에게 자신의 진심을 고백하는 윤성, 그리고 그녀에게 처음이자 마지막으로 부탁을 하는데...
도서관에서 응찬을 만나게된 윤성은 깜짝 놀라고, 잠시 둘 만의 대화의 시간을 통해 응찬의 인간적인 면을 보게된다. 한편, 청와대 오찬 자리에서 대통령 경호를 맡게된 나나는 진표와 천재만이 오찬 자리에 등장하자 긴장하고, 윤성도 합류한 그 자리에서 대통령을 겨냥한 사건이 발생하는데...
자신을 도와주러 온 윤성에게 진표는 니가 여길 왜 오냐며 화를 내지만 윤성은 진표와 등을 맞대고 하나씩 석두식 일당을 제압해 나간다. 윤성의 얼굴을 본 석두식은 시티헌터의 정체를 알게되고... 한편, 자신의 아파트에 침입한 괴한에게 납치를 당한 나나, 냉동창고 수조에 갖혀 버리는 위기일발의 상황을 맞이하고, 윤성은 나나를 구하러 가는데.
윤성의 얼굴을 보게된 영주, 두 사람은 잠시 치열한 시선을 교환하고 그러다 갑자기 영주는 윤성에게 가라고 소리 친다. 영주의 의도를 알 수 없는 윤성은 일단 그 자리를 벗어난다. 한편, 천재만이 도주를 하게되고 전국 수배령이 떨어지게된다. 영주는 검찰 내부에 배후 세력이 있음을 확신하는데...
영주의 희생으로 인해 윤성은 미칠것만 같고, 진표에게 왜 영주를 끌어들였다며 분노한다. 진표는 천재만을 자신이 처단할 것이라 말하지만 윤성은 영주가 지키려던 법으로 천재만을 심판 하겠다며 진표와 대립한다. 하지만 윤성보다 먼저 진표가 천재만을 막아서게 되고... 한편, 기밀문서 장부를 손에 쥔 윤성은 떨리는 손으로 읽어 내려가는데...
