Lord Jeremiah ist von den Totgeglaubten zurückgekehrt und will sofort seinen alten Feind Lelouch in der Schule aufsuchen, welcher jedoch zur selben Zeit am Bahnhof einen neuen Hightech Zug testet. Zu allem Überfluss muss er sich auch noch um Shirley kümmern, da er sie in der Nähe des Bahnhofs, mit Suzaku an seiner Seite, trifft…
Having recovered her memories, Shirley questions her perception of reality. Lelouch heads to the train station to check on the delivery of a G Train, a network of Gefjun Disturber-equipped trains that will black out all of Tokyo once active. Meanwhile, Jeremiah makes his move on Ashford Academy, overwhelming Sayoko and Rolo in his search for Lelouch. Villetta willingly reveals Lelouch's location and Jeremiah corners him, but is paralyzed by the G Train. Struggling, Jeremiah asks why Lelouch betrayed the Emperor, to which the former prince reveals his motivation to avenge his mother. Having greatly admired Marianne, Jeremiah joins Lelouch's cause. Shirley finally reconciles her restored memories, asking Suzaku to forgive Lelouch as she has. Before she can reach Lelouch, she runs into Rolo, who uses his Geass once she reveals knowledge of Nunnally. As Lelouch leaves, he discovers Shirley mortally wounded, who confesses her feelings for him as he desperately commands her to live.
A présent que Shirley a retrouvé la mémoire, elle se demande comment elle doit agir vis-à-vis de Lelouch. Elle décide d'organiser une sortie avec Suzaku et Lelouch afin de révéler au premier que le second est l'assassin de son père. Mais la jeune fille est très perturbée depuis que ses souvenirs sont revenus, occasionnant des cauchemars qui la poussent à adopter un comportement impulsif.
De plus, Jeremiah gottwald est à Tokyo, à la recherche de Zéro...
Anche Shirley si dirige sul luogo per cercare di aiutare Zero, ma qui incontra Rolo, e i due tengono un discorso dal quale Rolo capisce che la ragazza ha recuperato i suoi veri ricordi, ed egli attiva il suo Geass. Subito dopo la scena si sposta su Jeremiah e Lelouch, che riesce a fermarlo utilizzando il Gefjun Disturber (le parti meccaniche di Lord Gottwald agivano grazie al Sakuradite), ma nonostante ciò non riesce a bloccarlo completamente, e Jeremiah ha la forza di domandargli perché fosse diventato Zero. Lelouch gli rivela il suo profondo odio verso l'imperatore a causa della morte della madre Marianne, e a questo punto Jeremiah, trovando giusta la motivazione di Zero, decide di schierarsi dalla sua parte. Mentre Lelouch sta uscendo dall'edificio, però, egli nota un corpo disteso a terra. È Shirley, ferita a morte e ormai prossima alla fine: ella muore tra le braccia di Lelouch. Scopriamo quindi che era stato proprio Rolo a ucciderla per evitare che potesse rivelare il segreto sull'identità di Zero, e Lelouch gli dice che ha fatto bene; ma in realtà egli è furioso, e trama di distruggere per sempre Rolo dopo averlo sfruttato ancora una volta.
V.V.によって復活したジェレミア・ゴットバルト伯爵がトウキョウ租界に現れた。学園に迫る彼の目的はルルーシュの抹殺なのか!? 新たな力を得た最強の刺客を前にどうするロロ！ どうするルルーシュ！
A memória de Shirley regressou. Ela lembra-se agora de tudo acerca de Lelouch e contacta Suzaku para desmascarar Zero.
Un renovado y robotizado Jeremiah Gottwald se dirige, bajos las órdenes de V.V., a matar a Lelouch. Jeremiah demuestra tener un cancelador de geass con el que puede disipar su efecto. Luego de encontrarse con Villeta, se direge a Ikebukuro, donde Lelouch se encontraba. Lelouch, que estaba con Suzaku y Shirley, se separa de ellos cuando es avisado de la meta de Jeremiah. Shirley busca a Lelouch, queriendo ayudarlo (está enamorada de él), sin embargo, Rolo descubre que sus recuerdos volvieron y la asesina. Jeremiah, en su encuentro con Lelouch le confiesa que es un gran devoto de Marianne Vi Britannia. Tras una palabras se une a Lelouch, alegando lealtad a éste último.
恢復記憶後的夏麗陷入迷茫，Orange正式投靠魯路修，但夏麗卻因geass身亡，因此魯路修決定是…
