Suzaku hat die von ihm verursachte "F.L.E.I.J.A."-Tragödie stark mitgenommen. Um endlich den Krieg zu beenden und das Geass als Wurzel allen Übels auszulöschen, will er Prinz Schneizel bei dessen Staatsstreichplänen unterstützen. Er übernimmt die Mission, König Charles zu töten, dabei stellt sich ihm jedoch der Knight of One - Bismarck Waldstein - in den Weg. Charles ist derweilen in die Welt von C zurückgekehrt, um seine Umstrukturierungspläne für die Welt in die Tat umzusetzen. Dorthin geht auch Lelouch, um endlich einen Schlusstrich zu ziehen...
As the Emperor prepares to begin Ragnarok, Lelouch and Suzaku head to Kaminejima to face him. No longer restrained by his notions of wrong methods being meaningless, Suzaku strikes a deal with Schneizel to become the Knight of One, in exchange for assassinating the Emperor. Lelouch, using his Geass to its full potential, compels much of the Britannian military on the island to follow his commands. Meanwhile, the leaders of the Black Knights decide to declare Zero dead, as the truth will be far more difficult to swallow, but their story is doubted by others. Anya's mind is taken over by Marianne, who restores C.C.'s memories. The two begin to put their own plans into motion. At Kaminejima, Suzaku is held at bay by Bismarck, while Lelouch marches into the Sword of Akasha, through the Thought Elevator, unopposed. Knowing he cannot kill his father, Lelouch destroys the entrance, planning to seal them both inside for eternity.
Tandis que Lelouch, esseulé, cherche un moyen de se venger de l'Empereur, Suzaku s'allie avec Schneizel pour renverser le pouvoir en place.
Coup d'état qui nécessite l'assassinat de Charles...
Lelouch si appresta ad affrontare suo padre, il quale si sta dirigendo sull’isola di Kaminejima per attivare la Spada di Akasha; nello stesso momento, però, qualcosa sembra risvegliarsi nella mente di Anya, che scende dal suo Knightmare per andare a parlare con C.C., ma nel momento in cui la tocca nella mente di C.C. non appare Anya... bensì Marianne, la madre di Lelouch, che permette a C.C. di riacquistare la memoria; durante il suo colloquio con la ragazza, scopriamo inoltre che anche l'imperatrice aveva stretto un patto con lei per avere il potere del Geass. L’Imperatore inizia la sincronizzazione di tutte le rovine sparse attorno al pianeta per dare il via alla "Connessione Ragnarok", e mentre viene diffuso l’annuncio fasullo riguardo morte di Zero, Lelouch si avvicina sempre più a suo padre, imponendo Geass a diversi soldati britanni. Frattanto Suzaku si dirige sull'Avalon, la nave del principe Schneizel, per parlare con lui, mostrandosi estremamente deciso e sicuro di sé, tanto che quando afferma di voler diventare il Knights of One (il più potente cavaliere al servizio dell'impero, che ha persino il diritto di scegliere una qualsiasi delle aree conquistate come propria zona da governare, ed in quanto tale il titolo può essere conferito solo dall’Imperatore), Suzaku chiede a Schneizel se lui può dargli quel titolo. Schneizel si mostra per un attimo sorpreso, ma subito dopo risponde che gli concederà quel titolo, una volta diventato imperatore: viene quindi rivelata l’intenzione di Suzaku di attuare un colpo di stato per togliere di mezzo l’attuale Imperatore, facendo sì che sia Schneizel a diventare il nuovo regnante. Gino e Cornelia esprimono la loro disapprovazione per le loro parole ma Schneizel dice loro che ormai suo padre si è sottratto alle sue responsabilità da sovrano, e quindi non ha più il diritto di essere l’Imperatore, e che lui ha il dovere di succedergli al trono per il bene dell'impero. Suzaku quindi chiede a Schneizel
ロロによって窮地を脱したルルーシュ。だが、もう彼が辿るべき道は一つしか無い…。同じ頃、ブリタニア軍、黒の騎士団双方で大きなうねりが起きようとしていた。世界は新たな局面を迎えるのか？ さらに神根島に降臨したブリタニア皇帝がついに動き出す!! そしてその時、ルルーシュは!?
Marianne revela na sua verdadeira identidade a C.C. e Zero é declarado morto.
Lelouch decide ponerle fin a los planes del Emperador por justicia de todos sus camaradas muertos y generando una rebelión el solo, mientras Suzaku decide promoverse como Knight of One asesinando al Emperador, con el respaldo de Schneizel, quien decide generar un Golpe de Estado al notar el desinterés de su padre.
瑪麗安娜在阿妮亞體內醒來喚醒了CC的記憶，朱雀認為皇帝已失去作為王者的資格而去刺殺皇帝，魯路修決定去往黃昏神殿與皇帝同歸於盡，在不列顛尼亞軍中製造了混亂。
