長年暮してきた大麟館を出て、一人暮らしをする決意をしたオーリ。そんな中、彼は幼なじみの犬彦から何人もの女性を殺害した凶悪犯が学校の近くをうろついているという話を聞く。放課後、オーリは引っ越しの荷物をリアカーに積んで運んでいた。その途中で、彼は近くの雑木林に人型の何かが落下するのを目撃するが…。
幼稚園バスが玉突き事故に巻き込まれ、数人の園児が死亡するという事故が発生。死亡した園児の中には、オーリの顔なじみの輝流という女の子もいた。ところが死亡したはずの輝流が、通夜の最中に生き返ったという。輝流にお見舞いの花を届けようと、彼女の入院した病院に赴いたオーリは、雑木林で出会った少女に出会い…。
屍により若い女性が次々と殺害されるという事件が発生した。景世とマキナは、光言宗の僧侶である伊佐木と彼に従う屍姫の水薙生とともに屍を追跡していた。だが屍はいつも忽然と姿を消し、犠牲者ばかりが増えていく。そんな中、風邪をひいて寝込んでいたオーリは、熱でうなされぼんやりした意識の中で赤ん坊の声を聞き…。
マキナの名が星村眞姫那であることや「屍姫」であることなどを知ったオーリ。そんなマキナに興味を持った彼は、学校の図書館で一家全滅した星村家の火事について調べようとする。その途中オーリは、景世がよく怪我をして帰ってくるようになった時期と、星村家が火事になった時期がほぼ同じであることに気づき…。
景世はオーリに、屍と屍姫のことや、マキナとの関係を打ち明けた。だが、部外者であるオーリに光言宗の秘密を漏らしたことから、景世は屍と戦う守護の任務から外されてしまう。そんな折、オーリが通っている依海高校に、山神異月（イツキ）という転校生の少女と、新任の保健教師である送儀嵩柾がやってくるが…。
イツキはマキナと同じ屍姫で、嵩柾はその契約僧だった。二人は、光言宗を裏切り屍を生み出している背信僧の鹿堂赤紗を追い詰め、彼の目的を聞き出そうとする。その戦いの場に居合わせたオーリは、イツキたちから戦いの邪魔だと追い払われてしまう。無力感にうちひしがれながら、その場を立ち去ったオーリだが…。
オーリは墨鳥からある相談を受けた。それは墨鳥の中学時代の剣道部仲間である光良が書いているブログの相談だった。実は不死身のヒーローになった自分が悪を倒すという妄想じみた彼のブログが、現実に起きた出来事と奇妙に一致しているようなのだ。調べるうちにオーリは光良が自覚のないまま屍と化していると察知して…。
光良の屍は、自分が受けた攻撃を敵にはね返す、「呪い」という特殊能力を備えていた。負傷した景世の代理として派遣された僧の伊佐木は、屍姫の水薙生（ミナイ）に命じて、彼女が傷つくのも意に介さず光良を攻撃させる。オーリは墨鳥に電話して光良に話しかけてもらい、光良の動揺を誘ってミナイを助けようとして…。
二ヶ月前。オーリと同じ学校に通う女子生徒の春日望は、友達の強引な誘いで人喰いビルと呼ばれる心霊スポットを探検した。そのビルで、屍に襲われてしまう望たち。だが、危ういところでマキナに救われ、望は九死に一生を得たのだった。望は屍と戦うマキナの姿を美しいと感じ、彼女と再会したくて心霊スポットを巡るが…。
オーリは望から最近話題の新興宗教に一緒に入らないかと誘われた。その宗教の教祖は不死の力を持っているとされ、望は入信すればマキナのようになれるのではと考えていた。この宗教なら屍を救う術があるかもしれないと考え、オーリは教祖に会おうとする。だが、教祖が見せた不死の術は、屍を利用したまやかしに過ぎず…。
“七星”と呼ばれる屍の集団に、赤紗が接触する。屍でありながら理知的に行動し、時には同じ屍を殺す七星の詳細は謎に包まれていた。光言宗壊滅のため協力をもちかける赤紗に、七星側は人間の心を完全に捨てた証を求める。一方、七星の動きを知った景世は、オーリに自分の過去とマキナとの関わりを打ち明けて…。
七星と赤紗が手を組み、マキナと景世に戦いを仕掛けてきた。景世の人となりをよく知る赤紗は、大麟館を標的にするそぶりを見せる。子供たちを守るため、景世は大麟館へ向かうが、それこそが赤紗の狙い。大麟館の無事を確認した景世がホッとした隙に七星の重無に体を乗っ取られたオーリが景世の武器を奪い、襲いかかり…。
死を間際にした景世に頼まれ、オーリはマキナとの契約を引き継いだ。景世の葬儀が営まれる中、僧正の高峰から改めて光言宗と屍姫に関する説明を受けるオーリ。光言宗への誤解が解け、自分も景世のようにマキナとともに戦いたいと考えるようになったオーリだが、光言宗の監察官である白江から戦う力がないと指摘されて…。
景世を殺された怒りで「呪い」を発動したマキナは、屍姫を清める浄房に閉じ込められた。だが、半年経っても浄化は終わらず光言宗内部で処分が検討され始める。一方、オーリは嵩柾の師匠である梅原の指導の元、一人前の契約僧となる修行をしていた。梅原からマキナの苦境を知らされたオーリは、彼女の元へ駆けつけるが…。
マキナに興味を示す七星は、赤紗の手引きで光言宗の本山近くへと侵入。マキナとオーリらを、特殊な空間・陣地に閉じ込めた。自分と家族を殺した敵を目の前にして、マキナは今こそ七星を滅ぼさんと挑みかかる。しかし、七星の屍・狭間は、マキナの攻撃をあっさりと払いのけ、未練などでは自分たちは倒せないと言い放つ…。
七星との再戦に向け、マキナとオーリは修行を始めた。オーリが訓練を受ける間、マキナは景世との縁を絶ち切る “縁切り”を行うことに。オーリとの縁を強化し、彼の命を危険にさらした呪いの原因を解消するには景世との縁を切る必要があったのだ。一方、嵩柾はオーリがマキナを一人の女の子として見ていることを察して…。
嵩柾と異月に因縁のある屍が出現。嵩柾は異月を異形の存在として受け入れた証拠を見せると言い、オーリを強引に連れて屍との戦いに向かった。その道すがら、異月の契約僧になったばかりの時期の話をオーリに聞かせる嵩柾…。当時、屍のことなど何も知らないまま異月の契約僧となった嵩柾は、戦いに巻き込まれたが…。
マキナは光言宗の監査官らに連行され、浄房へ戻されようとしていた。ところが、火葬にされたはずの景世が屍となって現れ、監査官らを倒し、助けにきたとマキナに告げる。しかし、その屍は景世ではなく、七星の一人である重無が姿を変えた偽者だった。本物の景世のはずがないと、マキナは屍に銃を向けるのだが…。
マキナにつらい思いをさせまいと、オーリが景世の姿をした重無と対決。重無を倒したかに見えたが、重無は別の死体に乗り移る能力を持っていた。追い込まれた重無は、最高傑作の身体に乗り移り、真の力を発揮。一転して、窮地に陥るオーリ。だが、立ち直ったマキナが景世への未練を呪いの力に変えて、重無と戦い始めて…。
自分の部屋に戻ったオーリは、突然待ち伏せしていた望に迫られた。訳が分からず混乱するオーリだが、彼にしか見えない謎の黒猫の助けで、望の首に巨大な風船がくくりつけられていることに気づく。風船は頭屋がつけたもので、望の幸福感をエサに成長していた。一方、マキナは依海高校に現れた頭屋と対決するが…。
歪質の一撃を受けて気を失ったマキナは、七星のアジトへと拉致された。そこで、七星の長である北斗と対面したマキナは、七星に復讐する絶好の機会と捉え、北斗に挑みかかる。一方、オーリは光言宗の本山で権大僧正の紫央から自分の出生の秘密を知らされ、激しい衝撃を受けるのだった…。
過去のオーリの記憶を呼び覚ますため、七星の歪質は大勢の子供を攫い、ある光景を作り上げた。ついに自らの過去を全て思い出し、歪質との因縁を知るオーリ。その中で、自分にしか見えないあの黒猫の正体をも同時に知ることとなる。一方、北斗と死闘を繰り広げるマキナに、赤紗は星村家と北斗の知られざる関係を語る…。
依海市の中心街に飛行機が墜落した。その突然の死に未練を残した人々が大量に屍と化し、周囲の人々を次々と襲い始める。屍姫と契約僧たちが屍掃討に向かう中、権大僧正の紫央と監察官長の本多は、七星の真の狙いを察して秘密裏の行動に出る。一方、七星の気配を察知したマキナとオーリは、浄房のあった山へと向かい…。
浄房の地下に、光言宗開祖が生み出した“最初の屍姫”が保存されていた。それが破壊されたことで、屍姫と契約僧の“縁”がすべて途切れてしまい、すべての屍姫が力を失ってしまう。それこそが七星と赤紗の狙いと思われたが、赤紗にはもう一つ別の目的があった。そこに駆けつけたマキナとオーリは、赤紗と対峙するが…。
“最初の屍姫”を破壊されたことで、途切れてしまった契約僧と屍姫の縁。そのために屍姫たちは霊気（ルン）を受け取れなくなってしまった。だが、何人にも侵すことの出来ない絆が契約僧と屍姫を結びつけ、途切れた縁が結び直される。オーリの霊気を受け取れるようになったマキナは、再び北斗と戦い始めるのだった…。
