神々の戦争 パート1：これまでの48話とは関連のない特別編で、石ノ森章太郎の未完の最終章「完結編：神の戦争」をゆるやかにベースにしている。この第1話では、石ノ森章太郎は架空の人物だと思っていたギルモア博士から連絡を受け、自身の漫画「サイボーグ009」が実は001が放送した精神暗示に基づいていたこと、そして世界の終末が近づいていることを知る。00サイボーグチームは数年後に解散している
神々の戦い パートII：モアイ像に憑依され、「卑弥呼女王」を名乗る翡翠は、日本国民を洗脳し、自分を崇拝させようとする。世界を悩ませる奇妙な出来事を調査するために分かれて行動する00サイボーグチーム全員は、天使が現れて彼らの心の闇を見せた後、圧倒的な怒りと誘惑の感情に屈してしまう。
