突如として現れた『ペンギン帝国』を名乗る謎の軍団の巨大ロボットは地球上のあらゆる兵器を凌駕し、人類にひどい迷惑を掛けていた。そんなある日、エロだけが生きがいの少年、真玉橋孝一の元に楚南恭子と名乗る謎の女性があらわれる。孝一には人類を救う力があると告げる恭子。その時、現れるペンギン！ペンギン！ペンギン！彼らは『ペンギン帝国』の尖兵たるペンギンコマンドであった！ペンギン帝国とは何者か？人類を救う謎の力とは？今ここに、あくなき戦いの火蓋が切って落とされた！
巨大ロボット・ダイミダラーの操縦士として、恭子の属する組織『美容室プリンス』の一員となる孝一。そこにはダイミダラーを開発したもり子、せわし子、そり子の三博士がいた。エッチな行為で強化されるダイミダラーのシステムに意気盛んの孝一。そんな時、またもやペンギン帝国のロボット南極９号が現れた!! 敵の分離攻撃に苦戦を強いられるダイミダラー。恭子のおっぱいを揉んでパワーアップをはかる孝一。だがその時、孝一の力であるHi-ERo粒子の輝きが消えてしまった!! 孝一の身に一体何が!?
己の力を過信し、「どんな敵であろうと負けるわけがない」と調子に乗っている孝一は、恭子の心配をよそに、現れたペンギン帝国の南極8号に余裕で立ち向かう。南極8号の肩に人間の少女が乗っていることを確認する孝一と恭子。人質だと思い込むが、彼女こそペンギン帝国の新しい仲間である、ペンギンラブな人間の女の子、名前はリカンツ＝シーベリー（愛称はリッツ）だった。リッツの操る8号は今までのロボットとは比較にならない圧倒的強さでダイミダラーを危機に追い込む。果たしてダイミダラーに勝機はあるのか!?
ペンギン帝国ではダイミダラー打倒の為、孝一と同様にファクターであったリッツの協力を得て、対ダイミダラー用のペンギンコマンドを作り出そうとしていた。数多くの失敗を重ねつつ、ついに完成するHi-ERoペンギン「コマンダーシックス」。シックスの駆る南極１０号が一時ダイミダラーを圧倒するものの、かろうじて食い止めた孝一と恭子。暴走したまま行方不明になったシックスを捜索するペンギンコマンド達。同じ頃、入院中の父の見舞う恭子は、その帰り道の海辺の公園で不思議な青年と出会う。
ペンギン帝王はダイミダラーの徹底調査をペンギンコマンドに命じる。一方、学校から孝一の元に登校日不足で留年するという連絡が届く。孝一を戦いに巻き込んだことに対して責任を感じる恭子は、自ら孝一の通う学校に交渉へ赴き事無きを得るが、孝一は感謝する様子もない。心がすれ違う二人の言い争いの中で、孝一の戦う本当の理由を聞く恭子…。またしても街に現れたリッツ率いるペンギンコマンド達！新宿のど真ん中でリッツ達は大胆不敵な作戦を開始する
西新宿壊滅から時は流れ、世の中はペンギン帝国を次第に受け入れつつあった。そんなこととは無関係に、ごく普通の高校生、天久将馬は同級生である喜友名霧子に愛の告白をする。と、その瞬間、霧子の体が光に包まれた!! その光は将馬が霧子に触れることで何故か収まる。晴れて霧子と恋人同士になった将馬。初々しい二人はHi-ERo粒子を発生させたりしながらも初デートをしていると、突如ペンギンコマンド達に取り囲まれてしまう。連れ去られそうになった霧子を守ろうとする将馬は、決死の行動に出る!!
将馬を守るため、戦う事を決意した霧子はダイミダラー６型を駆って南極１１号を撃退する。将馬も霧子と共に戦うことを決意し、改めて強い絆で結ばれる二人。三博士と又吉指令は、人目をはばからずいちゃついてはHi-ERo粒子を垂れ流す二人に新たな勝機を見いだすのだった。そこに対ダイミダラー用の大規模な改造を施され、新たな戦闘プログラムを組み込まれた南極11号が現れる!! 強力な南極11号に翻弄される将馬と霧子だが、６型にも恐るべき秘密兵器が装備されていた…。
美容室プリンス内を散策する霧子と将馬。施設最奥のカプセル内で眠っている女性の影。同じ頃、ペンギン城では、ダイミダラー退治に出かけたリッツ達が帰ってこないため、暇つぶしにペンギン装置の稼働実験をしていた。エロ本を転送させようとすると何故か裸の赤髪巨乳娘が…?? まだ問題が残るペンギン装置だが、新たな計画を実行に移そうと考えるペンギン帝王。新計画のために始めた身体測定結果は、リッツと霧子の血で血を洗う女勝負の幕開けとなってしまう。
又吉や三博士から前任者の真玉橋孝一と楚南恭子の話を聞く霧子と将馬。ペンギン城ではペンギン帝国最強五人衆の一人であった人造人間フンボルトが、異世界で作られた超南極とともにペンギン装置で転送されていた。しかし転送されてきた超南極は問題がありフンボルトでは起動しない。リッツが超南極を操縦できるようにするため、ペンコマ達は涙ながらの行動に出る。ペンコマ達の想いに応えるべく、リッツも貧乳で淫乱なフンボルトからペンギン特訓を受けるのだった…。
機体を大きく損傷して機能不全に陥った超南極8号とリッツを助けるべく、ペンギンコマンドのヨーゼフは8号のコックピットへ転送される。ヨーゼフの奮闘により南極8号は超南極フンボルト改へとエヴォルトした!!その圧倒的なパワーにダイミダラー最大の危機が訪れる。霧子を守るためコクピットを飛び出した将馬は、生身で超南極の前に立ちはだかった!!ファクターでないはずの将馬は体からHi-ERo粒子を放ち、光に包まれてしまう。そしてその光の中から姿を現したのは!?!
全てを捨てたCPスラッシュを放ちながらもリッツに完全なる敗北を喫した霧子を救ったのは、新たなダイミダラー「超型」を駆る真玉橋孝一であった。恭子と孝一の復帰によって戦力が大幅にアップした美容室プリンス。又吉はこの勢いに乗って、ペンギン城を強襲することを決断する。しかし、ペンギン帝国よりもやっかいな、彼らの真の敵が立ちはだかろうとしていたのだった。
ダイミダラー操縦士が不在のまま、政府の奇襲によって壊滅する美容室プリンス。又吉も崩壊に巻き込まれ生死不明になってしまう。Hi-ERo粒子の力で応戦する６型と超型だが、物量戦に持ち込まれて苦境に立たされる。ペンギン帝国との戦いよりも醜くそして辛辣な人類同士での争い……。それを見たリッツの選択は?!ペンギン化した将馬の末路は!?ペンギン帝国と人類の結末とは!?そして、本当の「健全」とは一体何なのか!?刮目せよ!!
