超高校級の才能の生徒を集めた政府公認の特権的な学園・私立希望ヶ峰学園。そこに赴任してきた、元超高校級の家政婦でもある新任教師・雪染ちさ。大志を抱き教室に入る雪染だったが、そこには、ソニア、小泉、西園寺、九頭龍の4人の生徒しかいなかった。彼ら生徒に「青春」を教えるべく、雪染は、校内外各所に散らばった第77期生を教室に集めるようと、奔走する。
エキセントリックな対応で、クラスをまとめつつある雪染ちさ。しかし、生徒の中にもクラスに打ち解けないものがいた。超高校級のゲーマー・七海千秋である。トレーニングと称して闘う弐大、終里によって破壊されてゆく教室でもマイペースにゲームをプレイしている。そんな七海もふとしたきっかけで、ゲームを通じてクラスに馴染んでゆく・・・。
才能を渇望した予備学科の少年、日向創。彼はとある条件を理由に希望ヶ峰学園に在籍していた。思い悩む日向だったが、クラスに自分と同じように本科へ憧れる生徒・九頭龍菜摘が転入してくる。七海と交流を深め、才能よりも大切なものがあると気づくが、学園内で悲劇的な殺人事件が起きてしまい……。
学園内で起きた事件から休む間もなく、本科の人間に課せられた定期試験がやってくる。才能を教員に示す実技試験だ。しかし、事件によって動揺した77期生たちは試験どころではなかった。最高のコンディションで試験に臨んでもらいたい、そう思う超高校級の幸運・狛枝凪斗は1期上の超高校級の薬剤師・忌村静子の協力を仰ぎ、ある計画を実行する。
予備学科の教師に降格した雪染は、宗方のためにその期間予備学科の調査を進め、「カムクラプロジェクト」という謎のプロジェクトの足取りをつかむ。本科に戻ってきたころには季節はすでに春を迎えており、新たな希望である78期生たちも入学となる。超高校級のギャル・江ノ島盾子と超高校級の軍人・戦刃むくろ――二人の「超高校級の絶望」も希望ヶ峰学園に足を踏み入れるのだった。
希望ヶ峰学園は、長い間ある研究を続けていた。それは、人類の希望となる真の天才、「超高校級の希望」を研究・育成する研究だった。その名も「カムクライズルプロジェクト」。被検者となった日向創は、カムクライズルとしてついに目覚める。実験の存在を知った雪染だったが、江ノ島もまたカムクラの存在を知り、これこそが運命だと感じる。
カムクライズルに続き、江ノ島はもう一人運命的な出会いをする。相手は超高校級のアニメーター・御手洗亮太だった。江ノ島は御手洗の才能を知り、学園を絶望に染め上げる計画を思いつく。着々と準備を続ける江ノ島、そして希望ヶ峰学園の生徒会同士がコロシアイをする、「希望ヶ峰学園史上最大最悪の事件」が起きてしまう。
「希望ヶ峰学園史上最大最悪の事件」や予備学科によるパレードにより、希望ヶ峰学園は混乱していく。また、七海たちのクラスでは罪木が謎の失踪を遂げる。クラスメイトの危機にいてもたってもいられない一同は、危険を顧みず捜索に向かった。そのとき、江ノ島は運命の出会いを果たした御手洗に、自分の計画の全貌を語っていた。
七海はカムクラとなってしまった日向と再会を果たすが、江ノ島に追い詰められてしまう。そこに七海と狛枝、罪木を奪還すべく乗り込んできた雪染。生徒を守るため、七海の代わりとして江ノ島に拘束されてしまう。雪染の危機をクラスメイトに伝えた七海は、全員で雪染救出へ向かう。
クラスメイトとはぐれてしまった七海は雪染と合流し77期生のもとへと向かう。他の生徒たちも、罪木の誘導の元、雪染がいると思われる場所へたどりついた。しかし、そこに待っていたのは、あまりにも絶望的な結末だった。江ノ島の計画はクライマックスを迎える。
希望ヶ峰学園77期生は、雪染の言葉を受け、それぞれの想いを胸に学園を後にする。78期生は学園長・霧切仁の指揮の元、学園のシェルター化にとりかかった。そこに超高校級の絶望が紛れ込んでいるとも知らずに……。これが人類史上最大最悪の絶望的事件に至るまでの物語。絶望で終わる、希望の物語であった。
施設にある人物たちが降りたつ。それは、プログラムから目覚めた希望ヶ峰学園77期生だった。かつて「超高校級の絶望」として世界を崩壊に追い込んだ彼らが、なぜ目覚めたのか、そして苗木たちのもとに現れたのか、彼らは今も“絶望”のままなのか……希望のためのコロシアイがついに幕を閉じる。
