世間を騒がすホテル連続爆破事件で使われた暗号を入手した世良真純に誘われ、世良が住まいにしているという杯戸ホテルを訪れたコナン。その誘いには世良とその母「領域外の妹」赤井メアリーのある狙いがあった。 世良が入手した暗号は、ひらがなが一列に並んだものだ。コナンと世良が部屋で話していると、隣の2114号室に宿泊している小説家の林崎団司と、ホテル清掃員の論田盛子の言い争う声が聞こえてくる。話を聞くと、林崎の部屋に爆弾犯からの新しい暗号文があったのだという。暗号は世良が入手したものと同じように、ひらがなが一列に並んでいた。騒ぎが収まったところでコナンと世良は、ベルボーイの暮石有斗と一緒にホテルのフロントへ向かう。フロントには、爆弾犯から「今日の17時に電話するから暗号の答えを教えろ」と予告電話がかかってきていた。「よく似た暗号が送られて来たら通報するように」と、警察から過去の暗号が各ホテルにおくられていたことを知ったコナンたちは、なんとか見せてもらおうとする。しかし、一般客である二人には為すすべがない。そんな中、ホテルの顧問弁護士である小五郎の妻・妃英理が現れる。英理の協力でフロントに届いた暗号を入手したコナンたちは、爆弾が仕掛けられた部屋と爆弾犯を突き止めるために暗号解読に乗り出す！