| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S05E01 | 二十年目の殺意 シンフォニー号連続殺人事件 |
January 3, 2000
YTV (JP)
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100 | |
| S05E02 | 四回殺された男 |
January 10, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E03 | 黒の組織との再会（灰原編） |
January 17, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E04 | 黒の組織との再会（コナン編） |
January 24, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E05 | 黒の組織との再会（解決編） |
January 31, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E06 | 喫茶店トラック乱入事件 |
February 7, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E07 | 赤い殺意の夜想曲 （ノクターン）（前編） |
February 14, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E08 | 赤い殺意の夜想曲（ノクターン）（後編） |
February 21, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E09 | 大捜索九つのドア |
February 28, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E10 | 危険なレシピ |
March 6, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E11 | 呪いの仮面は冷たく笑う |
March 13, 2000
YTV (JP)
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50 | |
| S05E12 | 殺された名探偵（前編） |
April 10, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E13 | 殺された名探偵（後編） |
April 17, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E14 | 闇に響く謎の銃声 |
April 24, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E15 | 命がけの復活 洞窟の探偵団 |
May 1, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E16 | 命がけの復活 負傷した名探偵 |
May 8, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E17 | 命がけの復活 第三の選択 |
May 15, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E18 | 命がけの復活 黒衣の騎士 |
May 22, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E19 | 命がけの復活 帰ってきた新一… |
May 29, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E20 |
命がけの復活 約束の場所
season finale
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June 5, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E21 | 意味深なオルゴール（前編） |
June 12, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E22 | 意味深なオルゴール（後編） |
June 19, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E23 | 見えない凶器 蘭の初推理 |
June 26, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E24 | スーパーカーの罠（前編） |
July 3, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E25 | スーパーカーの罠（後編） |
July 10, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E26 | 容疑者・毛利小五郎（前編） |
July 17, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E27 | 容疑者・毛利小五郎（後編） |
July 24, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E28 | 10人目の乗客（前編） |
July 31, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E29 | 10人目の乗客（後編） |
August 7, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E30 | 黒いイカロスの翼（前編） |
August 14, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E31 | 黒いイカロスの翼（後編） |
August 21, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E32 | 本庁の刑事恋物語3（前編） |
August 28, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E33 | 本庁の刑事恋物語3（後編） |
September 4, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E34 | 見事すぎた名推理 |
September 11, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E35 | 迷宮への入口 巨大神像の怒り |
October 9, 2000
YTV (JP)
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50 | |
| S05E36 | 龍神山転落事件 |
October 16, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E37 | 五彩伝説の水御殿（前編） |
October 23, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E38 | 五彩伝説の水御殿（後編） |
October 30, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E39 | きのこと熊と探偵団（前編） |
November 6, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E40 | きのこと熊と探偵団（後編） |
November 13, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E41 | レトロルームの謎事件 |
November 20, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E42 | ベイ・オブ・ザ・リベンジ（前編） |
November 27, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E43 | ベイ・オブ・ザ・リベンジ（後編） |
December 4, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E44 | 封印された目暮の秘密（前編） |
December 11, 2000
YTV (JP)
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25 | |
| S05E45 |
封印された目暮の秘密（後編）
season finale
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December 18, 2000
YTV (JP)
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25 |
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