太一とアグモンたちが出会い、デジタルワールドを冒険した夏から十年以上が経過した2010年。 世界中の“選ばれし子どもたち”は徐々にその存在が認知され、現実世界にデジモンがいる風景も珍しくなくなっていた。 太一は大学生となり、ヤマトたちもそれぞれ歩むべき道を見定め、自身の進路を進み始めていた。 そんな中、世界中の“選ばれし子どもたち”の周囲で、ある事件が起こり始める。 太一たちの前に現れたデジモンを専門に研究する学者・メノアと井村は、”エオスモン”と呼ばれるデジモンが原因だと語り、助力を求めてくる。 事件解決に向けて、太一たち選ばれし子どもたちが再び集結。 しかし、エオスモンとの戦いの中でアグモンたちの“進化”に異変が起こる。その様子を見たメノアは、太一たちに衝撃の事実を語る。 選ばれし子どもが大人になった時、パートナーデジモンはその姿を消してしまう――。 エオスモンの脅威は、次第に太一の仲間たちにも及んでいく。 戦わなければ仲間を救えない、しかし無理な戦闘はパートナーとの別れを早めていく事に。 ずっと一緒にいると思っていた。 一番大切な存在と別れてでも戦うのか？ “選ばれし子ども”が大人になるということ――。 変えられぬ宿命を前に、太一とアグモンの”絆”が導き出す、自分たちだけの答えとは？
