サポタマによって管理された理想的な社会。その裏でデジモンと呼ばれる恐ろしい生命体が現れた。天馬トモロウは、同級生が襲われた事件をきっかけに感情を爆発させる。そのときサポタマが発光し、ゲッコーモンが現れたのだった。
トモロウの怒りで覚醒したゲッコーモンが敵を圧倒する。その時、謎のデジモンが現れ、サポタマを奪い去っていく。兄を失い、心を閉ざすトモロウだったが、クリーナーチーム「グローイングドーン」を率いる沢城キョウの一言に衝撃を受ける。
手配書に正しい情報が反映されていないこと知ったトモロウは、ゲッコーモンとともに自分のe-パルスを辿る。そこはネット上に作られた仮想空間、ミラーワールドだった。ハイエモンの中で光るサポタマには……。
キョウに次の仕事をまかされて、張り切るレーナ。しかしトモロウのミスが原因で、賞金首のマッハモンを取り逃がしてしまう。グローイングドーンという家族にこだわるレーナを、新参者のトモロウは理解できなかった。
古い商店街に迷い込んだトモロウは、そこで熊猫組がチンピラから町を守る姿を見かける。その親分である笹竹とパンダモンは親と子の関係だった。一方、孤荒会の遊狩も立ち退きに向けて、準備を進めていた。
親分に傷を負わせた遊狩に、パンダモンは激怒するが、自分の気持ちと任侠道の教えで葛藤していた。トモロウはアスタモンを相手に戦いを挑もうとする。そんな中、キョウは黒幕の正体を探っていた。
デジモンに襲われ、コールドハート寸前の登山客を発見したトモロウたち。トモロウを助けたのは、疲れ果てた姿のキョウとムラサメモンだった。山奥にある古い天文台には、キョウの秘密があった。
ヒトミに連れられ、新光ヶ浜高校を訪れたトモロウは、生徒の連続失踪事件を探る。被害にあったのは成績上位者のみだった。ミミックモンの内部に捕らえられたトモロウを助けるために、ゲッコーモンは奮闘する。
賞金首を追って、シャングリラエッグへ潜入したグローイングドーンの面々。そこは悲劇的災害を乗り越え、つくられた理想郷だった。トモロウたちの前にゴールドヌメモンを狙う、他のクリーナーが現れ……。
ジモンを玩具とみなすハルコに、キロプモンを連れ去られたマコト。キョウはバイヤーの取引現場を押さえに向かう。一方、マコトは自分の弱さが原因で、キロプモンを苦しめてしまったことに悩んでいた。
アスカへの誕生日プレゼントを買いに出かけたトモロウは、マフラー選びでゲッコーモンと喧嘩をしてしまう。トモロウと別れ、ふてくされるゲッコーモンの前に現れたのは、有毒ガスをまき散らすデジモンだった。
トモロウは自分のせいで、キョウとゲッコーモンが負傷したことを悔やみ、改めてクリーナーという仕事と向き合う。そんな中、異常なe-パルスを纏うデジモンがグローイングドーンのアジトへ突き進んでいた。
クリーナー界の頂点に君臨する五行星が一堂に会し、会議が開かれた。議題はコールドハート事件の増加と災害級デジモンの出現について。一方、トモロウたちは賞金首の犯行現場で、不自然な3人組と出会うのだった。
e-パルスをコントロールするため、過酷な訓練を受けるクリーナーチーム「タクティクス」。彼らと賞金首を巡って、対峙するグローイングドーンの面々だが、タクティクスのやり方はトモロウには受け入れられなかった。
逆恨みしたキノコ団が、キョウ不在のニリンソウに忍び込み、チームの壊滅を狙う。レッドベジーモンはゲッコーモンたちを無力化するが、残された幼年期デジモンはその様子を物陰から見ているしかなかった……。
グラニットの横やりでターゲットを逃がしてしまったレーナ。2人はムースモンの能力で、極寒の雪山へ転送されてしまう。反目しながらも脱出の手がかりを探す中で、グラニットはルドモンの誕生を思い出していた。
コエモンを追跡中にタクティクスと対立したグローイングドーン。偶然居合わせたホタルコの弟妹がマコトを同僚と勘違いし、実家のお好み焼き屋に招待する。食事中、ホタルコは彼らを敵視するが、町では食料の盗難が頻発していて……。
アジトの前で倒れていたパーカー男に鍋をごちそうしたトモロウたちだが、タクティクスが身柄の引き渡しを要求してきた。阻止しようとしたものの、コマンドラモンは捕らえられてしまう。その男には暗い過去があった。
マキの仲介で五行星のひとり、クレイ・アルスラン主催の違法なデジモンオークションに潜入したトモロウたち。タクティクスも警備につく会場を調査するなかで、檻に囚われた少女とティンカーモンを見つける。
猿のデジモンに連れ去られてしまったトモロウ。気づくとそこはミラーワールドにあるコロシアムで、デジモン使いたちが戦わされていた。最初の試合に勝利したトモロウの前に、次の対戦相手として現れたのはライトだった。
トモロウのもとに駆け付けたグローイングドーンのメンバー。連行されたライトを救うため、トモロウはコロシアムの地下へ向かう。キョウの前に立ちはだかる内藤たちだったが、レーナはグラニットの異変に気付き……。
クレイの望みを叶えるために、執拗にキョウを狙う内藤。一方、裏切り者を始末するように命令されたホタルコは苦悩する。その時、五行星のひとりである水の星、深淵のホノカが現れ、タクティクスを狩りに来たと宣言する。
コールドハートされた人々を救出するため、コロシアムにむかうトモロウたち。クレイは自身の野望を叶えるため、着々と準備を進めていた。怪しい光に包まれるプロガノモンにキョウとムラサメモンは立ち向かっていく……。
キョウを救うために、クレイと戦うトモロウ。圧倒的な力の前になすすべなく、ファミリーは傷つけられてしまう。怒りの感情に囚われ、暴走するトモロウの前に現れたのは、一度は敗れ去った天才だった。
アジトへの帰り、豪華客船でつかの間の休暇を過ごすトモロウたちは、人気ショーマンの半田とスターモンに出会う。マコトとキロプモンにとって、彼は伝説のクリーナーだった。豪華客船を襲撃してきた海賊に挑むスターモンだが……。
ニリンソウの前で倒れていたハルオミ。キョウに助けられ、コマンドラモンと再会を果たすが、衰弱したエリザモンとも遭遇してしまう。ハルオミのパートナーの座を争う２体はゲッコーモンの提案で、お料理バトルで決着をつけることになる。
久しぶりにトモロウと再会したヒトミだが、どこか様子がおかしい。ヒトミに巻き付いていた怪しい包帯が原因で、トモロウたちはデジモンに愛情表現を見せはじめてしまう。ゲッコーモンたちは逃げ回り、マキに助けを求めるが……。
アスカのお見舞いに訪れたトモロウは、不思議な少女と出会う。一方、連続殺人犯を捕まえるため、グローイングドーンも病院へ向かう。そこに現れたのは、デジモンに心酔するサポ主と、配達に異常な執着をもったデジモンだった。
デジモン事件を探るために、若手俳優・浦戸のファンミーティングに潜入したレーナ。会場で出会ったのは、美の伝道師であり、五行星のひとりでもあるローズだった。慣れない場所に戸惑うレーナだが、そこへ声を掛けてきた浦戸の正体は……。
久遠寺工業の社長からの依頼で、再びシャングリラエッグを訪れたグローイングドーン。入院中の双子の弟ツカサの証言をきくマコトとキロプモンの表情は曇っていた。調査していく中で、犯人の本当の狙いが明らかになる
トモロウが海辺で出会った引きこもりの少女はデジモンを連れていた。マキから緊急案件で、非常に危険なデジモンが湾岸に発生したと説明を受けるトモロウたち。その時、少女に近づく2人組のクリーナーが現れる。
GIFTによって、情報屋が次々とコールドハートされる事件が発生した。次のターゲットであるマキとともに、トモロウたちは伽藍堂を飛び出す。相手のデジモンとの因縁を清算するため、マキには考えがあった……。
ホタルコが営む海の家に訪れたトモロウたち。名物シャコモン焼きを楽しんでいると、波打ち際で倒れているライトとモノドラモンを発見する。つれない態度で出ていくライトだったが、その様子を見つめる黒い影があった。
一計を案じ、連続誘拐犯を捕まえたトモロウ。翌日、病院の屋上でアスカといるところに、ミハルが現れる。その不思議な雰囲気に思わずアスカとの思い出を語っていると、誘拐犯が釈放されたとの連絡が入り……。
ローズを見返すためにプリスティモンと特訓に励むレーナ。そんな中、GIFTによるワールドユニオン関連施設を狙った連続爆破事件が発生する。焦燥感から集中を欠き、ターゲットを逃がしたレーナは弱気になってしまう。
王会長を襲撃したGIFTは真の目的のため、全世界に向けてカウントダウンを開始する。一方、サポタマに導かれ、トモロウはミラーワールドでミハルと出会う。戦いの中、背後に渦巻く暗雲から現れたのはメフィスモンだった。
GIFTの拠点である神殿に突入するトモロウやローズたち。シャングリラエッグのシステムを掌握したミハルは、住民を人質に取り、王会長にデジモンの公表を迫る。トモロウの問いかけに対し、ミハルは姉チフユの願いを語りだすが……。
トモロウたちはキョウに内緒でパーティーを準備していた。ファミリーの絆を再確認し、穏やかな時間を過ごすキョウ。一方、河原崎のもとにデジモンを使って、拘置所を脱獄した男が現れたとの連絡が入る。
賞金首沢城キョウを狙って、グローイングドーンを急襲するメトとカノン。一方、ニリンソウに現れた黒潮ソウジは自らの渇きを止めるため、キョウの大事なものを壊すと脅し、昔のお前に戻れと要求する……。
クレイの口から語られた元五行星黒潮ソウジの正体に驚くトモロウだが、キョウを連れ戻すことを改めて決意する。一方、決着をつけるため対決の場へと向かうキョウは、かつて天文台で過ごした日々を思い出すのだった。
決戦の地でソウジと対峙するトモロウたちは、３体の完全体を相手に苦戦を強いられていた。ついに覚悟を決めたキョウはソウジを圧倒する。トモロウはグローイングドーン唯一の掟を掲げ、キョウを止めようとするが……。
久しぶりにアスカに会いたいというキョウを連れて、お見舞いに出かけたトモロウ。病院への道中、キョウはトモロウも知らないアスカとの思い出を語りだす。そこにはクーガモン誕生の秘密が隠されていた。
突然姿を見せたアスカとそのパートナーデジモンに困惑するトモロウ。一方、アプラクサスには新しい五行星として、土の星に任命された岸和田が現れる。シャングリラ計画に必要な最後のピースとは……。
トモロウの救出を急ぐキョウ達の前に現れたのは、決着をつけに来たカイトだった。分断によって、レーナはホノカ、マコトは岸和田と対峙する。激しい脈動とともにフレアモンは光に包まれ、最強を追い求めるカイトは不敵に笑った……。
意思を失ったアスカを取り戻す覚悟を決めたトモロウ。ファミリーとともにヘリオスボアモンに立ち向かっていくが、そこに乱入してきたのは金田とゴクウモンだった。防戦一方のトモロウだが、金田が語る本当の目的とは……。
