ケイとユリは、公共機関WWWAのトラブルコンサルタント「ラブリー・エンゼル」のコードネームを持つ美少女ペアチーム。ある日町に出たユリは、重傷を負ったトラブルコンサルタントの男に出会う。彼は「WWWAに届けてくれ」とユリに1枚のカードを渡して息絶える。そこへカードを狙う正体不明の男たちが現れて…。
要人警護のため惑星シュタジットに派遣されたケイとユリ。だが、ケイの油断から警護対象者のラルモホンは女スナイパーのフレイヤに殺害されてしまう。逆上したケイは、宇宙船ラブリーエンゼル号を使ってフレイヤの車を追跡するが、フレイヤの身柄は軍警察に確保される。その後、フレイヤは処刑されたと発表されるが…。
フレイヤへのリベンジを果たせなかったケイは、1人でワルデスたちのいる惑星ジャイサルメールへと向かう。そこでワルデスとフレイヤを発見し、フレイヤに挑みかかるケイだったが、返り討ちにあって身柄を拘束されてしまう。一方、ケイがWWWEに辞表を出してジャイサルメールに向かったことを知ったユリは…。
失踪したカプス教授が逃げ込んだニューロフュージョンという仮想世界に入り込み、彼を連れ戻すという任務を与えられたユリ。カプスが魔王として君臨する世界へと入り込んだユリは、モンスターを倒しながら「黒い塔」の最上階へと向かう。その頃現実世界では、GNCの刺客たちがカプスとユリのいる部屋を目指していた。
カプス教授の証言からGNCの犯罪行為が浮き彫りとなっていた時、GNC幹部のワルデスとイワシミズが接触するとの情報が飛び込んでくる。WWWAは総動員体制で身柄の確保に動き出すが、ユリの新パートナー・リリィの失態で、身柄の確保に失敗してしまう。ガーナーはケイの元を訪れ、WWWAに戻るよう説得して……。
全宇宙の通信を管理するセイレーンを掌握し、全宇宙に演説を行うワルデス。ケイとユリ、ガーナーの3人はセイレーン内部に侵入し、ワルデスの元へと向かうが、途中でガーナーがフレイヤに撃たれてしまう。実はフレイヤは、先代のラブリーエンゼル・アイリスとして、ガーナーと一緒に働いていたというのだ。
惑星まるごとひとつをテーマパークにした人気スポット「ワールズ・ワールド」。そこを管理するコンピュータ・シリカ2000が、正体不明のウィルスに感染。WWWAは、有能なコンピュータ専門のトラブルコンサルタント・トーマと、護衛としてケイとユリを派遣する。だが、到着して早々トーマは命を狙われるようになり…。
暗殺者との戦いで、ケイたちの宿泊するホテルは吹き飛んでしまった。仕方なく3人は短期留学生として学生寮に宿泊することになる。だが、その学生寮は壁にお札が貼ってあったり、風呂場の鏡に死体のようなものが映ったりと異様な雰囲気。そんな中、2人は1年生の風祭久美から、学生寮に出る幽霊退治を頼まれる。
食事に行ったバイキングで、トラブルコンサルタントだと称した男が女性を口説いている場面に遭遇したケイたち。だが、男の持っている身分証は真っ赤な偽物。男の正体は手配中の詐欺師、ガルディだったのだ。手配犯を逮捕した時の報奨金を狙い、ケイとユリはヘリで逃走しようとするガルディに飛びかかるのだが…。
コンピュータオタクのトーマが、花屋の店員の女性・リーナに恋をした。しかし、恋愛経験のないトーマは、リーナの情報をハッキングで調べたり、人工衛星で隠し撮りをしたりと、変質者のようなことばかりしている始末。業を煮やしたユリは、リーナに電話をかけて会う約束を取り付け、有頂天になるトーマだったが…。
宇宙港の閉鎖が解けたある日、トーマは再び命を狙われた。犯人は、シリカ2000にウィルスを感染させた実行犯でもある人工知能のジェイク。潜伏先の工場のコンピュータを抜け出したジェイクは、自分のプログラムをコピーしたアンドロイドを宇宙船に乗せて逃亡を図る。それに気付いた3人は、ナリタ宇宙港に向かって…。
ケイの乗った旅客機が、謎の戦闘機の攻撃を受けて雪山に墜落した。同便に乗っていた赤ん坊連れの女性は、ケイに赤ん坊を託して息絶える。彼女はリップ上院議員の愛人で、旅客機への攻撃は遺産の相続争いによるものだった。赤ん坊を連れ、殺し屋から逃げるケイ。一方、ケイの乗った飛行機が墜落したことを知ったユリは…。
リゾート地で休暇を楽しむケイとユリは、何者かに命を狙われた。その犯人は、代々殺し屋をしているド・ノワール家の娘、15歳の少女・モニカだった。デビュー戦としてダーティペアの抹殺を命じられたモニカは、美しく華麗に殺すというド・ノワール家のしきたりに従い、彼女なりの美学に基づいて2人を殺そうとする。
ケイとユリはビーチバレー大会・ギャラクシーカップに出場することになった。大会の主催であるノーザンコンツェルン総帥、プレジデントを逮捕するためだ。普段人前に現れない彼を逮捕するには、大会で優勝し、表彰式で彼と接触するしかない。ビーチバレー未経験の2人は、コーチのガゼルに厳しい特訓を受けるのだが…。
ジュリアンという少年の作った、ユリそっくりの等身大フィギュアを壊してしまったケイ。修理が終わるまでの3日間、ユリはフィギュアの代わりを務めるよう命じられる。最初は嫌がっていたユリも、ジュリアンがWWWAに巨額の援助をしているウィンストン氏の孫であることを知り、玉の輿を狙うようになるのだが…。
流刑星アルカトラズに護送中のA級テロリスト・ベリンガーが脱走した。ベリンガーは、同業者のカーメンから超高性能の重装甲戦闘服「28式改」を借り受け、彼を逮捕したポポロ主任に復讐を果たそうとWWWA本部に殴り込みをかける。ケイとユリはポポロの護衛に就くが、ポポロの娘を人質に取られてしまい…。
