君文武了得，打扮成男裝前往參加才學比賽之際，父親元命令君陪他上山採藥。上山途中，君建議下棋，故意佈下一難以收拾的殘局要求元解決，方可脱身趕往比賽場地。君一出現令其代表的一方反敗為勝，剛好鐵穆耳路過湊熱鬧，同行的馬可·波羅出了一數學題考君。君被遠處傳來的笛聲吸引着。華見奎璧當眾侮辱一對賣藝的兄妹，出手教訓璧。君欲戲弄鐵穆耳，誤偷了鐵穆耳的玉佩，鐵穆耳的手下阿桑哥反錯怪華是賊。
鐵穆耳拜會元求醫治哮喘病的藥方，君自稱是元的親戚名魏子尹，可代為引見，實際想戲弄鐵穆耳。翌日君又想戲弄鐵穆耳，以魏公子身分，約鐵穆耳上山見元，君自作孽變成泥鴨。璧不滿某食店的閣樓被君及鐵穆耳包起，欲出手暗算君，幸鐵穆耳出手相救，君跌入鐵穆耳懷中，二人四目交投，鐵穆耳懷疑眼前人是女兒身。華及鐵穆耳被璧的手下圍攻，君出手相救。華以王子剛之稱跟鐵穆耳、女扮男裝的君及馬可勃羅結拜為兄弟。飲至醉醺醺的君聽見後園傳來熟悉的笛聲，前往查看，誤會吹笛人是鐵穆耳，芳心暗許。
璧在廟中對黃花閨女摸手摸腳，實時現眼報撞傷頭。雪及蘭到廟幫君求籤，璧拜到雪的石榴裙下，誤會她是君。君跟鐵穆耳湖上泛舟，席間君大談治國之道，令鐵穆耳對她刮目相看。元的舊友敬上門提親，元一口答應讓君下嫁華，更叫敬兩父子在家暫住。君聽見華的名字卻露出痛恨的表情，向雪及蘭説出跟華的一段童年過節。鐵穆耳求元給予醫治哮喘藥方，元見他是蒙古人便拒於門外。華半夜聽見君的琴音，心頭一動。
鐵穆耳在君暗中幫忙下，打動元給他治病藥方。璧知道提親一事被孟家拒絕，要父親捷幫他出一口氣。於是捷請元過府，逼元替君比武招親。君知道華要與璧決鬥不知如何是好，約鐵穆耳到城西庵堂見面，打算向他表白是女兒身，怎知鐵穆耳突然有事回大都，要華代為赴約。比武最後一回合，捷要求華及璧策馬出鎮外取紫玉袍，璧的家丁阻華去路，幸華機警脱身，取得勝利。君聲稱要覓真愛才結婚，並帶蘭離家出走。
君的哥哥儒四出找君下落。元指君染了風寒要華將婚期押後。君躲在庵堂暫避。華欲買玉鐲給君，正好璧的妹妹玉看中同一只。璧跪地向華道歉，要華收他為徒，更邀華回家談拳術，華不虞有詐誤飲毒酒暈倒，玉救走華。璧帶下人搜玉房間，玉以寬衣就寐為由救了華一命。玉將璧搜房一事告知捷。捷擔心華會告官，便誣告敬有意謀反，將他收監。雪帶華去庵堂找君想辦法救敬，不料君已離開。
華劫獄救父親，原來璧一早已佈下天羅地網捉華，玉要華脅持自己逃走。華決定前往其它鎮找父親的舊朋友求助。君決定往大都見鐵穆耳。鐵穆耳將江南帶回來的藥給父親真金，但真金喝藥後返魂乏術，可汗忽必烈認定是漢人間接害死皇太子，跟鐵穆耳感情決裂。顏為了撥款賑災一事在可汗面前跟九皇子忽哥赤罵戰。郡主闊真做中間人令可汗與鐵穆耳兩爺孫和好。真問鐵穆耳，江南還是蒙古的女子漂亮，鐵穆耳不期然想起君。君在路上不幸遇上四名山賊。
山賊欲向君及蘭搜身取銀兩，君避免被拆穿女扮男裝，情急下訛稱自己是富商之子，要求有上賓款待便寫信通知父送十萬兩給他們，於是寨主娥叫眾人替君鬆綁。君花言巧語及親手畫了一張肖像討娥歡心，令娥對君神魂顛倒。顏與忽哥赤再為賑災一事罵得面紅耳熱，鐵穆耳幫口直斥忽哥赤不是，忽哥赤便扯開話題叫可汗早覓皇太子。君教山賊重整旗鼓，以捉朝廷欽犯為生。山賊們認出華是欽犯，將他引入預設陷阱的樹林，君一見是三弟王子剛則奮勇相救。
華向君表示因比武招親開罪了捷，而變成欽犯。君頓時知道眼前的王子剛就是華，怒摑了他一巴掌。璧在捷面搬弄是非，捷便從中作梗要處斬敬。君試探華對自己的心意，君聞言動容，差點兒説出自己非魏子尹而是君。儒擅自劫獄救敬，被璧生擒，璧乘機再逼元將君下嫁給他。眾山賊為答謝敬當日救命之恩，計劃與華往劫法場，華知道相當危險，只讓假扮魏子尹的君做支持的工作，還託他好好照顧君。君不理危險前往法場援手，混亂間中箭受傷。
璧命令士兵向華等人放箭之際，敬的舊同僚東打扮成黑衣人衝入法場，成功將敬等人救走，其後往茅屋接回帝昺上山寨暫避。可汗贊成鐵穆耳提議跟高麗議和，赤不滿可汗有心偏袒鐵穆耳，大怒。君逼儒發誓保守其女扮男裝的祕密。君傷口惡化，暈倒在房間，華路過見狀把她扶起，還悉心替她包紮傷口。君為免再被娥痴纏，欲撮合華及娥，便提議東一起收華及娥為徒，東爽快答應，眾人舉杯暢飲。翌日，君一覺醒來，驚訝華睡在自己身旁。
君將華踢下牀，怒罵他佔其便宜。另邊廂，傳來儒的慘叫聲，原來儒也錯入了娥的房間就寐。赤派人刺殺高麗使節，失敗。可汗冊封鐵穆耳為皇太子，赤與心腹欲阻無從，赤大發雷霆，妻子思勸赤到江南稍作休息。可汗病倒仍記掛着皇后察必，鐵穆耳決往江南找其下落。君與儒打算從後山逃離山寨，君一時跣腳從樹墮下，儒攬着君，華剛好路過，以為君有同性戀癖好。璧以緝拿儒為由，再要脅元將君許配給他，更派守衞監視孟家，雪請求元讓她代君嫁給璧。蘭扮出外買燕窩，上山寨向君求救。
華、君等人偷下山救雪。璧送聘禮到孟家，聲言要提早婚期。翌日，璧準時到孟家搶人，元拔劍對付，不敵。此時，雪穿上嫁衣步出，與元夫婦哭別後，跟璧上花轎。君與華潛入劉府救雪，玉透露雪身處石舫內。璧向雪坦言娶她是為了出一口氣，洞房後會將雪賣到妓院，雪反抗打傷璧。君趕到時已聞雪投河自盡。君等人整晚在河邊打撈雪的屍體，只尋得雪的絲巾，華以為「君」已死，抒發對君之情，更流下男兒淚，君感動。璧指控元教女兒謀殺親夫，押元到衙門受審，華利刀指向璧要他放元走，玉求華饒璧一命。
君等人改頭換面入城打探元在獄中的消息，遭官差截查，幸得玉及時出現解圍，更收留他們在母親的祖屋暫住。君喬裝成倒夜香婦與儒回家見母。胡大人公審元，眾村民替元講好説話，胡見羣情洶湧，將元收監押後再審。君入獄探元，見元鄰倉的囚犯因認識蒙古人可大魚大肉，於是拿了鐵穆耳的玉佩見胡大人，果然胡大人一見玉佩便諱忌三分，答應會秉公辦理元的案情。華與君上大都找元的舊友救元，君母送了一張君的自畫像給華留念。君在溪澗洗澡忽聞熟悉的笛聲。
君四處找笛聲的來源，不獲。璧逼玉下嫁海味店的老闆，玉離家出走，上京找捷。璧擔心玉在捷面前告狀，亦趕上京找捷。雪在赤的船上昏迷多日終於甦醒，雪向思道出一段可憐的身世，更答應為報答思求命之恩，願為奴為婢，赤不滿她是江南人，表示船泊岸後趕她走。雪變賣君母送贈的金鐲，執藥給思，赤見思病情好轉，而且雪與思也相當投契，容許她留下。中樞省急召元入宮醫可汗，儒以為別有內情，上京查看。君與華偷上一戲班船渡江，二人藏身在一木箱內掩人耳目。
君胡謅了一故事，感動了班主容許他們留下。君到常州遇見鐵穆耳，相約是夜前往城西湖再作詳談。花旦英吃芋頭後出風疹，班主叫君代花旦英出場。華看見君的花旦造型，覺得眼前的四弟與畫像中的君十分相似。華知君被惡霸捉走，趕往救人，不幸遭人暗算受傷，幸好鐵穆耳及時趕到將二人救走。鐵穆耳看見君煲藥給華，感不是味兒。華對鐵穆耳坦言對四弟有所遐想，鐵穆耳慫恿華暫時離開君。華不辭而別，繼續上路，在黑店內遇見玉被人打劫。
玉邀華一起上京，互相照應。鐵穆耳突然問君有否妹妹，希望可親上加親，君心如鹿撞。鐵穆耳等抵達揚州，即打聽到皇后察必曾到錢莊兑現銀票，大喜。君在市集見察必被騙，使計為她贏回銀兩。察必為多謝君請她到怡紅院飲花酒，君顯得不自在。鐵穆耳帶君遊玩，君欲説出自己是女扮男裝，不果。蘭知道後叫君製造機會説出真相，可惜鐵穆耳因事再匆匆離開，只約君在城西見面。鐵穆耳勸察必回京，二人忽聞可汗病危，慌忙上京。鐵穆耳叫阿桑哥給信君，阿桑哥遇見華，即託他代交信給君。華硬着頭皮到城西，驚見女裝打扮的君。
君向華訛稱扮花旦給鐵穆耳看，華懷疑君是女兒身。華推測君與鐵穆耳互生情愫，警告自己勿再胡思亂想。華買笛時玉扭傷腳，剛巧君見華扶着玉及為她捽藥酒，不滿。赤得悉可汗病重，宣佈返大都，更答應帶雪上京。鐵穆耳與察必回宮，可汗感欣慰。娥暈船浪而不適，君母叫儒按着娥手腕上穴道，又指娥已是儒的女人，不用避嫌，儒與娥錯愕。可汗與察必欲撮合鐵穆耳和真，鐵穆耳聞言苦惱。華因救人而染風寒，君為他煎藥，當知道玉也為華煎藥，感不是味兒。君輾轉難眠，忽聞笛聲以為是鐵穆耳，跑出房時驚見吹笛的竟是華。
君恍然當日吹笛的是華，頓感晴天霹靂。顏為防洪一事建議暫緩撥款興建寺廟，鐵穆耳擔心與赤再起衝突。華、君四人行至筋疲力竭，華為君摘水果解渴，接着華將身上所有銀兩給賣身葬父的女孩，君對他另眼相看。君再被笛聲引出房，蘭終知道令君芳心暗許的笛聲由華吹奏而非鐵穆耳。國師八思巴反對延遲建寺廟，察必義正詞嚴反駁，巴無言以對。可汗急召鐵穆耳，着他在自己死前完成一項心願，鐵穆耳答應。蘭叫君勿再逃避，君反駁指華喜歡的是畫中的「君」。鐵穆耳大婚日，借意跟真對飲，欲灌醉她逃避洞房。
鐵穆耳與真向可汗及察必請安，驚見可汗在睡夢中駕崩。君、華四人到德州，華為賺錢投棧去斬柴，君也為食店寫新招牌賺錢，玉與蘭則偷偷去觀音廟求姻緣籤，二人更調轉了香囊。赤回大都即説要開棺驗屍，察必責他是不肖子。赤怒説不送靈，雪指可汗英雄蓋世，得父如此應感到自豪，若不送靈日後必後悔，赤不語。赤自薦送靈回漠北，察必欣慰。思頭風病發作，雪提議找元來醫治，赤吩咐捷找元，捷感為難。君四人在農舍投宿，君打開蘭的香囊後大罵玉不知廉恥，是夜見玉入華房及送新鞋給華，醋意大發。
真為不知如何討鐵穆耳而沮喪。璧遇玉即説賣她到妓院，幸君與華及時出現，君見華再次放走璧，怒然離去。元棋癮大起，儒與娥為他找棋藝高手時，重遇君與蘭。君等到衙門會元，驚聞胡已帶元等趕往大都，即追去。君等到大都得悉可汗駕崩，擔心元不用替達官貴人治病而出事，決定向富商酈若山求助。東知可汗駕崩，決定帶昺上大都伺機行事。胡聽到密旨取消，心知飛黃騰達無望，沮喪時遇捷，捷心生一計。君驚悉山已被抄家，四人為賺錢不惜賣藝，無功而回。胡帶元到劉府，元揭穿捷的詭計，拒絕跟他同流合污。
君等人終得一酒坊老闆收留投宿。君想出張貼街招找山下落，但連日來也沒有消息，無計可思之下到茶樓找鐵穆耳，可惜二人緣慳一面。酒坊老闆辭退私吞公款的山伯，君見山伯替兒子堂執的藥，遭神棍騙去，便免費幫堂醫病，果然令堂有起色。君細問山伯的身世，始知眼前人是酈若山，而堂當日因戀上赤的女兒，但赤不滿而棒打鴛鴦，間接害死自己的女兒，於是遷怒堂，將山抄家。鐵穆耳不惜一切將赤用來建寺廟的款項，改為修築堤壩，赤竟一反常態，贊成鐵穆耳的做法。
鐵穆耳正式登基成為可汗，真彈了一首鐵穆耳愛聽的樂章，令他不禁憶起君。鐵穆耳往茶樓見君，突然握着君的手，説不要怪他遲來相見。君實時縮手，並託鐵穆耳打探元的下落。華順利送玉到大都。鐵穆耳欲提升一羣年輕武將做接班人，赤大動肝火阻止鐵穆耳。從顏口中打聽到消息後轉告君，指元已遣返原居。蘭再問阿桑哥有關鐵穆耳的身世，阿桑哥堅持一切無可奉告華。在街上遇見君母何氏，見她變得瘋瘋癲癲，帶她往見君，但何氏連君及儒也認不出，還不停地叫嚷着要見元。
赤拒絕鐵穆耳命老將或年輕之輩上戰場打叛賊，於是自薦出征。君決定將貼告示，希望重賞之下有人幫忙找元。鐵穆耳趁赤出征，逼一眾老將告老歸田。鐵穆耳吹笛給君聽，君被笛聲牽引想起與華的往事。君未及開口再託鐵穆耳打探元下落，鐵穆耳便匆匆回宮接見凱旋而歸的赤。赤怒氣衝衝質問鐵穆耳逼走老將的原因，賊人訛稱得知元的下落，騙華及君到後巷打劫。華為救君弄致頭破血流暈倒，君見華不醒人事急得哭了出來，更向華承認是其未婚妻，華卻聽不到。
鐵穆耳提倡開科取試，讓漢人可為朝廷效力。元因跟捷鬥氣絕食，玉無意中發現元身處其家柴房內，向華通風報訊，君等人趕到元竟不知所蹤。華向何氏表示已戀上另一女子，在旁的君便認定華口中的女子是玉，氣上心頭。君以為捷帶元入了赤府看病，打算前往營救。鐵穆耳聽從察必勸告，前往探望患病的赤。赤的心腹巴自作主張行刺鐵穆耳，雪見刺客想傷赤，奮身相救，受了重傷。赤感激萬分，決收雪為義女。君在赤府無意中發現鐵穆耳跟捷談笑風生，誤會他們是同黨。
君單人匹馬潛入捷府，調查元的消息，暗中聽見元做了死囚的替死鬼而被困天牢內。君欲離開之際被璧發現，向她放箭。華及時出現救走君。山到衙門擊鼓為元伸冤，鍾大人重打山八十大板了事。山勸堂考科舉，他只做了大官便可吐氣揚眉兼救元。鐵穆耳聽從察必的建議，破例封雪為郡主。儒知娥生日送了一手帕給她，娥開心不已。雪見捷兩父子在赤家，出現嚇得神不守舍。堂為應試連日來不眠不休地讀書，弄致只剩下半條人命。山痛罵君只自顧救元，不理堂的死活。
君決定代堂考科舉，另一邊廂華、儒及娥則勤練武功，如果君科舉落第，便用武力劫法場救元。君陪華練劍，不惜跣腳跌入華懷中，二人四目交投。鐵穆耳看見不是味兒，仍沉着氣問君有何事相求。君冷言相向，更要與鐵穆耳斷絕誼兄弟關係。東等人離開山寨，往大都調查朝廷開科原因。雪在赤面前大數捷兩父子惡行。華替君添衣保暖，正睡着的君一轉身將華的手壓着，華欲吻眼前人。
儒拉君跟華説清楚，君叫華留下，但華不理，仍堅持趕往山寨。君看完華撕破的信後感慨與華有緣無分。君代堂應付完連日來的科舉考誡後即暈倒。君在論諫的試題上寫了一個故事，引起鐵穆耳注意。君實至名歸，以堂名義成為新科狀元君，穿上官服上殿。鐵穆耳替各新科狀元插花，君眼見皇帝是鐵穆耳一呆。其後鐵穆耳召見君，君在鐵穆耳嚴厲質問之下，仍鎮靜堅稱自己是酈明堂。
君第一日往中書省上任，鐵穆耳便傳召她委任她做欽差大臣，平反冤案。君實時開庭替元翻案。元看見眼前的欽差大臣竟是君，大惑不解。君見捷在庭仍諸多狡辯，便將捷停職候查。儒帶何氏往獄倉探望元。赤私會堂弟乃顏密謀造反，邀鐵穆耳出席四大汗國會議，藉此乘機行刺他。鐵穆耳找君，替察必治病，君還替察必畫一幅畫像。鐵穆耳見察必與君分外投契，大喜。
君故意令自己着涼，提前回大都，逃避鐵穆耳處處相逼。華與東準備衝入軍營，行刺鐵穆耳。乃顏與巴卻快他們一步，華即衝出救君及鐵穆耳。鐵穆耳回宮向赤訛稱，乃顏臨死前指赤是行刺計劃的主腦。赤面不改容，聲言遭誣衊。蘭救走阿桑哥，要求對方以身相許，阿桑哥摸不着頭腦。鐵穆耳對於華救駕有功封他做大將軍，鐵穆耳以兄弟相聚為名，試探華是否已愛上君。
阿桑哥與蘭回到大都。捷擔心元的案件一旦再開審，一定會被定罪，但官場的朋友不願幫他一把。玉見狀找華，但當聽到敬指捷是罪有應得，即不敢向華求救。赤安排雪拋繡球招親，陰差陽錯之下繡球落在君手上。君表示對赤亡女仍未忘情，故終身不娶，拒絕成為赤女婿，與赤各執一詞，要勞煩鐵穆耳定斷。君不想身分被拆穿，硬着頭皮跟郡主拜堂君，揭開郡主紅布時，見新娘是雪，開心不已。赤見有漢人來拜亡女，生疑。君得到赤批淮，帶雪回府見何氏。璧遇見雪跟蹤其後，得知君女扮男裝的祕密。
璧將君的祕密轉告捷，君再開庭審元的案件，璧在庭外擊鼓，指案件另有內情，更公然指證君是女兒身。雪惟有向赤解釋自己才是君，指責璧為求脱罪歪曲事實。赤特意旁聽元案件的審訊，在公堂上雪痛罵璧後，不支暈倒。元診斷出她有喜，捷不服，拉何氏上公堂辨認誰才是君。何氏猶豫了一會，指雪才是其女兒君。君紓了一口氣。判捷兩父子充軍塞外。玉不忍捷受苦，找君求情。君見原本華送給她的玉鐲竟在玉手上呷醋。鐵穆耳再向君表白愛意，更指可廢除皇后。此時欲告知鐵穆耳有孕喜訊的真聽到一切傷心不已。
華為捷父子向鐵穆耳求情，鐵穆耳獻計給華，叫他娶玉便可救捷兩父子。元過府跟敬相聚，敬提出華要與君退婚。君得知華要娶玉為妻傷心不已，君相約元等潛逃回鄉。赤突邀君與雪入宮，參與察必舉行的迎牙大會，另邊廂鐵穆耳軟禁元。察必用一首詩暗示已知君是女兒身，君亦不敢隱瞞，表示因救元才出此下策，更坦言無意跟真搶鐵穆耳。赤偷聽到君真正身分及鐵穆耳對君傾慕之情。玉明白華非喜歡自己，願與華只做掛名夫妻。儒要求華救元，君阻止。華從儒與君的對話終明白眼前人便是孟麗君。
鐵穆耳從巴手上得到赤造反的罪證。赤捉住君要脅見鐵穆耳，揭發君的身分及鐵穆耳與君有私情，指責鐵穆耳並非好君主，所以謀朝篡位有理。華乘赤不為意救君，不敵。鐵穆耳與赤雙方軍隊僵持之際，察必拿出一金箭，重提赤一段童年往事。赤動容放下劍，投降。君因欺軍被囚天牢。思追隨赤服毒酒自殺。鐵穆耳勸君穿回女兒裝，便可免罪處斬。君拒絕鐵穆耳好意。華攔阻東行刺鐵穆耳。真上吊自盡，鐵穆耳趕往看見奄奄一息的真。翌日鐵穆耳在大殿內審君犯人台上的卻是堂究竟君去了哪裏?華與君之情是否要來生再續?