スカブコーラルによるスカブバーストの危機。そしてシークレットの襲来。それは10年前に沖縄本島を襲った危機の再来だ。混乱の中、ブレスレットの紛失に気づいたガゼルは改めてアオに接触。アオを連れて依頼主の乗る日本軍特命輸送艦「しもきた」に乗り込もうとする。その時、シークレットがしもきたを狙ってビームを発射。 爆発に巻き込まれたガゼルのFPからアオは放り出される。その時、アオは甲板におかれた日本軍のFP、マーク・ワンのカバーを掴む。そしてアオの手にしたブレスレットこそ、そのマーク・ワンの鍵だった。島をシークレットから守るためアオはマーク・ワンを起動させる。その時モニターに浮かぶ文字。「WELCOME HOME EUREKA」。
マーク・ワンと呼ばれるIFO、その名前はニルヴァーシュ。島の洞窟にニルヴァーシュを隠したアオは、ナルの父・ミツオと出会い拘束され、カズユキの道場へと連れて行かれる。カズユキは語る。13年前、謎の妊婦が空から落ちてきた。その女を助け、かくまったのが医師のフカイ・トシオ。その彼女から生まれたのがアオだった。そして10年前にスカブコーラルが出現し、スカブバーストが起きる。 青色の髪の彼女が、スカブコーラルを呼び、海巨人(うみきょんちゅ)を怒らせたのではないか。その噂は根強く磐戸島の島民に信じられてきた。チーム・パイドパイパーのレベッカは、沖縄自衛隊の幹部に、再びシークレットが襲来すると説くがなかなか信じてもらえない。またイビチャは、ニルヴァーシュを動かしたのがアオという少年であることを知る。
宇宙より飛来した謎の生命体イマージュと人類の戦いは既に半世紀に及ぼうとしていた。西暦2054年。ホランド・ノヴァク(声:藤原啓治)の指揮の下、イマージュと戦う第303独立愚連隊の戦闘母艦・月光号に一人の少年がいた。彼の名はレントン(三瓶由布子)。レントンは人型機動メカ、ニルヴァーシュに搭乗し戦場へと赴く。彼の夢はただひとつ。8年前に連れ去られた幼なじみの少女エウレカ(名塚佳織)をいつの日か助け出し、故郷へ連れて帰ることだった。だが運命は、レントンとエウレカの小さな恋を試すように試練を与える。使命と感情、真実と嘘、過去と未来、生と死、現実と夢、そしてホランド。二人の前に世界の全てが立ちはだかる。イマージュとの最終決戦が迫る中、レントンとエウレカは神話の扉を開いた……。