1609, les trois sœurs Elissalde vivent libres au Pays basque. Jeannette, l’aînée, refuse depuis toujours de prendre la suite de leur mère en tant que guérisseuse de la région. Catherine gère un commerce maritime florissant qui attise la jalousie du seigneur D’Urtubie. Enfin Morguy, naïve et rêveuse, peine à trouver sa place. Leur monde menace de s’écrouler quand arrive le juge Pierre de Lancre, missionné par le roi pour chasser les sorcières du Pays basque.
Après le mariage célébré au château d’Urtubie, le juge de Lancre lance une chasse aux sorcières dans toute la région pour trouver les complices de Gratianne. Jeannette, accusée de sorcellerie, échappe de peu à la torture et découvre qu’elle peut compter sur son ancien amour revenu au pays depuis peu, Damien. Alors que Catherine et Jeannette cherchent le moyen de s’enfuir, elles réalisent avec horreur que Morguy est sous le charme de De Lancre.
De Lancre multiplie les procès, résolu à mettre la main sur l’auteur du meurtre du soldat retrouvé dans la forêt. Pour survivre, Jeannette et Catherine s’entourent de nouveaux alliés au village et au château, et commencent à résister à l’autorité du juge. Sous l’influence de De Lancre, Morguy goûte quant à elle à l’ivresse du pouvoir.
Le juge de Lancre est prêt à tout pour découvrir le lieu de l’Akelarre, tandis que Jeannette, acceptant enfin son don, organise les préparatifs en secret. Libérée des assauts de D’Urtubie, Catherine se résout à déclarer ses sentiments à Madeleine. Mais le pire se prépare quand de Lancre confie à Cariel une nouvelle mission le rapprochant plus du boucher que du médecin.
Après avoir condamné au bûcher les femmes capturées à l’Akelarre, de Lancre envoie la garde s’installer dans les maisons du village pour surveiller chaque habitante. Cariel commence ses expériences scientifiques sur des prisonnières. Malgré le risque, Jeannette tente de libérer les femmes emprisonnées, et confectionne une potion mortelle destinée au juge. Au château, Catherine et D’Urtubie ont un ultime duel.
Jeannette se réveille sur la table d’opération de Cariel. Elle ruse pour gagner du temps et parvient à s’extraire du laboratoire grâce à la mutinerie de soldats menée par Zéphyr. Ils sont rejoints par les hommes du village revenus en urgence au Pays basque, avec Catherine à leur tête. La bataille éclate au château. De Lancre, menacé, rechigne à s’enfuir et fait une dernière victime...
