スラム街で暮らす少年ルドは、いつものように廃棄物集積所に侵入し、まだ使えるゴミを探していた。彼はそこで見つけたぬいぐるみを、密かに思いを寄せている少女チワへとプレゼントしに行く。だが帰り道、ルドは信じられない光景を目にする。
育ての親レグト殺害の濡れ衣を着せられたルドは、廃棄物や犯罪者が捨てられる《奈落》へと落とされる。汚染された空気で呼吸もままならない中、ゴミから生まれた斑獣に襲われ絶体絶命の危機に陥るルド。そんな彼の前にエンジンという男が現れる。
エンジンは、物に命を与え、力を引き出す能力者・人通者（ギバー）だった。同じく人通者としての力に目覚めたルドは、エンジンから、ゴミから生まれた斑獣を倒す《掃除屋》という組織にスカウトされる。これまで住んでいた《天界》に戻る方法を探すため、それを承諾するルドだが、教育係のザンカといきなり揉めてしまう。
掃除屋の本部に連れてこられたルドは、天界に戻る方法を知るという掃除屋のボスと面会することになる。だが放浪癖のあるボスは不在。しかもボスがいないと掃除屋で正式に仕事をする許可が下りない。そこでルドは見習いとして小型の斑獣狩りをすることに。だがそこに現れたのは大型の斑獣で……。
ルドは初めての現場で何の役にも立てなかったことを悔やみ、自信を失っていた。次の日、掃除屋に「天界から落ちてきた生者を取り戻して欲しい」という依頼が入る。また足手まといになるかも、とためらうルドだが、天界に戻る手がかりを掴むために仕事に同行することを決意する。
掃除屋にきた依頼は、荒らし屋が出したニセモノだった。彼らの狙いは天界人であるルド。荒らし屋の対応に当たったザンカを残し、ルドはグリスやフォロとともに逃走経路を探す。そんな彼らの前に新たな荒らし屋ジャバーが立ちはだかった。仲間を守ろうとするグリスに両手を武器化させたジャバーが襲いかかる！
グリスのお守りの力を引き出すことで、ルドは敵意を察知しジャバーの攻撃をすべて回避してみせる。しかしジャバーは自らに毒を打ち、意識を失うことで対抗。無意識の攻撃でルドを追い詰める。ジャバーの毒の爪が迫ったそのとき、ルドを救ったのはザンカだった。ルドは合流したザンカと協力してジャバーに立ち向かう。
掃除屋のボス・コルバスが帰還した。コルバスは仲間を命懸けで守ったルドに感謝し、掃除屋へと正式に迎え入れると、天界に関する情報を教える。コルバスによると天界と下界の狭間には《境界》があり、そこを越えると死んでしまうらしい。だが、とある場所に、《境界》を生きたまま越えた人間を知っている女性がいるという……。
コルバスから《禁域の女》を探しに行く許可が出た。捜索にあたってエンジンは、新たなチーム編成で、ルドを落書きの街《キャンバスタウン》へと連れて行く。そこには《描いた物に「護符」を付ける》能力を持ったギバーが住んでいるという。エンジンはルドの身体に護符を描いてもらおうとするのだが……。
護符を描くまじない屋のゴブは死んでいた。だが彼に認められていたレムリンがゴブの人器を引き継ぎ、新しくまじない屋になる。レムリンに護符を描いてもらうルドたち。掃除屋の本部に戻り、完成したルドのフルフェイスを受け取ると、《禁域の女》がいるという砂漠の禁域《ペンタ》へと向う。
ルドたちはペンタの奥でアモという謎の女と遭遇した。天界と下界を行き来する人間を見たというアモは、自分の家で話をしようと誘う。誘いに応じて彼女の部屋へ入り会話をしていると、アモの態度が豹変。 デルモンがエンジンを攻撃しはじめ、何が起きたのか分からなかった掃除屋一行だったが、アモの靴にルドのグローブと同じ印をみつける。
アモの人器は「好きな人との幸せな時間」を思い出させる匂いで相手を操るものだった。アモに操られ、味方に攻撃をしかけるルド、デルモン、リヨウ、フォロ。タムジーは人器《トクシン》で4人を捕縛するが、それでも正気に戻らない。捕縛を強引に振り払おうとする彼らを見たタムジーは、味方ごとアモを攻撃し、館の最下層まで落としてしまう。
ルドに殴られた傷をトウムに治療してもらいながら、アモは幼い日の頃を話し始める。アモはかつて母親に連れられ、とあるギバーの男に引き取られることとなり、この砂漠の館に来た。《おじさま》と呼ぶその男と二人でここに暮らし始めて数年後、彼女はそこで背中から羽を生やし、天界に向う人物を目撃する。
アモが目撃した天使は、レグトを殺したマスクの人物だった。情報を得たルドたちが掃除屋のアジトに帰る途中、セミュから「害虫がわいてるから裏口から入ってきて」という連絡が入る。意味がわからずにいるルドだったが、なんと害虫とは、掃除屋の本部に侵入を試みる襲撃者のことだった。
荒らし屋の奇襲を受けたルドたちは、クトーニの能力でいずこかへと飛ばされてしまう。そこで待ち構えて いたのは、荒らし屋のボス・ゾディルとその手下たちだった。その直後、突然流し込まれた大量のゴミに飲み 込まれバラバラに分断されてしまった掃除屋たちは、それぞれに待ち構えていた荒らし屋たちと戦うことに なる。
ブロとディアのコンビはゴミに流された先で、荒らし屋のブンドゥスと対峙していた。 ブンドゥスは掃除屋のボス・コルバスが何者なのか知ろうとブロに質問を投げ掛ける。 ブロが答えられたのはコルバスが「甘いもの好き」という事だけだったが、 ブンドゥスはそれに満足し、代わりに衝撃的な情報を提供する。
ゴミの濁流に流された先で、ジャバーと激闘を繰り広げるザンカは、中央獄卒訓練校に在籍していた頃のことを思い出していた。 天才の名をほしいままにしていたザンカだが、途中で入学してきたヒョウという女生徒にあっさり敗れ、打ちのめされる。 それがザンカの人器・愛棒と出会ったきっかけだった。
リヨウはゴミに押し流された先で、荒らし屋のネルデと戦っていた。 ネルデは櫛の人器“ミレイ”を用い、髪の毛を武器とする強敵。リヨウはその髪をハサミで切ろうとするが、ネルデは髪を自在に操ってハサミの刃をかわし、髪と体術を駆使して猛攻を仕掛けてくる。 徐々に追い詰められていくリヨウは、禁じられていた手段を用いて、反撃を試みる。
アモの靴、ゾディルのコート、そしてルドのグローブは《番人シリーズ》という、その昔一人の人間が身に着けた品だった。 ゾディルは《番人シリーズ》を新たに作り出そうとしたが失敗。だが実験の過程で人器を核とした巨大な斑獣の作り方を発見。それに乗って天界に向かおうと考えていた。
ルドたちがいたのはゾディルが生みだした巨大な斑獣モドキの体内だった。斑獣モドキは巨大な翼を広げ、いままさに上空の《境界》に向けて飛び立とうとしていた。このまま飛ばれると《境界》を越えて死者が出る可能性がある。それを知ったエンジンは、全員を捜し出して脱出しようと試みる。
ゾディルと対決するルドの元に、掃除屋の仲間たちが到着した。しかし斑獣モドキはすでに飛び立ち、天界に向っている。このままでは《境界》を越えるのは時間の問題だ。ルドたちは急いで斑獣モドキの核を破壊しようとするが、その前に、義手を人器とするブンドゥスが立ちはだかる。
ゾディルの目的は、斑獣モドキの性能や新しく荒らし屋に加入したメンバーの能力、そして他の番人シリーズの力量を確認するためだった。 目的を達成したゾディルは斑獣モドキから脱出。ルドたちは《境界》を越える前に斑獣モドキを止めようとするが、覚悟を決めたネルデが立ちはだかる。
巨大な斑獣モドキの核を破壊したルドたちは、ギータの人器の能力によって地上へと生還した。 ザンカが重傷を負ってはいるものの命に別状はなく、全員無事だったことに安堵するルドだったが、「共に天界を落とさないか？」と誘ってきたゾディルの言葉が気になっていた……。
ルドがザンカの病室にお見舞いに行くと、そこにはキャンバスタウンのレムリンが来ていた。 彼はザンカのまじないにだけ悪戯をしていたため、ザンカのみが重傷を負ってしまったことを謝罪に来ていたのだ。ルドは落ちこむレムリンを不器用ながらも、自分なりの方法で励まし、元気づける。 そんな中、コルバスの命を受け、レムリン達と共にキャンバスタウンへ向かったルド達。彼らがそこで見つけたのは、壁画に隠された《番人シリーズ》とルドの秘密だった……。
