はるか宇宙の深淵、人類銀河同盟は種の存続を賭けて、異形の宇宙生命体群ヒディアーズと終わることのない戦いを続けていた。人類銀河同盟の兵士レドは撤退中、不測のワープ事故に巻き込まれる。上官であるクーゲル中佐の援護もむなしく、レドは乗機である人型機動兵器チェインバーとともに空間のひずみへと投げ出された。レドが次に気付いた時、チェインバーは見知らぬ格納庫に横たわっていた。緊急事態に陥ったレドは半年間人工冬眠し、外部から刺激を受けたチェインバーがレドを覚醒させたのだ。周囲を取囲む、未知の原語を話す、未知の人々。現在位置を喪失し、救難信号にも応答はない。どうすればいいか。文明の劣った辺境惑星にたった一人漂着したのだと考えたレドは、人気がなくなったのを見計らい、戦線に復帰するために行動を起こす。チェインバーの外へ出たレド。その前に、一人の少女が立っていた。その時レドは……。
太陽系第３惑星・地球。眼前に広がる広大な海。レドは自分が漂着した惑星が、既に滅んだとされていた地球と知って驚く。そしてレドは今、その海上をゆくガルガンティア船団の人々に取囲まれつつあった。チェインバーの翻訳機能を通じて話しかけるレドと、対話を試みる船団長補佐のリジット。だが、お互いの会話はすれ違い、緊張感が高まっていく。ガルガンティア側でも、レドを放り出せと主張するピニオン、チェインバーをサルベージしたベローズ、船団長フェアロックらの間で意見は割れる。レドに人質にされかかったエイミーは、パイロットは驚いているだけで、敵意は無さそうだと語るが、紛糾する会議では注目を集めない。エイミーの弟ベベルは、少年が、大昔に宇宙へと旅立った人類の子孫ではないかと語る。戦線復帰を保留し、住人と再度接触すべきかと考え始めたレド。その目の前に使者が現れる。それはレドが人質にした少女、エイミーだった。
圧倒的な力で、ベローズのサルベージ船団を海賊の襲撃から救ったレドとチェインバー。しかし、海賊を殲滅させたことは、ガルガンティア船団にショックを与える。仲間を殺された以上、海賊からの報復は必至だからだ。強すぎる力を持つレドとチェインバーの処遇を一旦保留にして、船団長フェアロックらは海賊の動向を探ることを優先する。レドとチェインバーを戦いに巻き込んだことを謝りに来るエイミー。また、ベローズは、海に生きるもの同士にとっての戦いの意味、海賊の生き方と、船団の生き方の違いをレドに説く。ヒディアーズとの戦いしかしらなかったがゆえに、ベローズの言葉に胸を打たれるレド。そんなレドにエイミーは、ガルガンティアにとどまってみてはどうかと提案する。そのころ、メンツをツブされた女海賊ラケージは、ガルガンティアへの報復を決める。近海すべての海賊が集まろうとしていることを察知したガルガンティアに緊張が走る。
船団にとどまることになったレドは、破壊した格納庫の修理費を労働でまかなうよう言い渡される。チェインバーを使って簡単な荷運びを手伝い始めたが、慣れないレドはなかなか仕事がうまくできず失敗ばかり。ついにはチェインバーだけ貸し出すことになり、レド自身はお払い箱になってしまう。レドの様子を見に来たエイミーは、手持ちぶさたなレドを気にかけ、会話に誘う。レドは、エイミーと会話するうちに、家族や社会に関して自分の常識が彼女たちとまったく異なることを実感する。その様子を見たエイミーは、五賢人の一人、医師のオルダムに会うことをすすめる。オルダムに会い、宇宙へと帰還する方法を尋ねるレド。オルダムはそれに対し、現在の人類はかつての英知の大半を失ってしまったと説明する。そして船団の運営が非合理的に見えるというレドを、オルダムは「船団は生き物なのだよ」と諭す。そしてエイミーの弟ベベルと会うレド。レドの中で、何かが少しずつ変わり始める。
子供たちに仕事を教えているうちに、幽霊の出る廃墟船に迷い込んだ女の子の怪談を話してしまうエイミー。 そんな時、ガルガンティア船団に無人の廃墟船団が接近する。調査に赴くのはレドとチェインバー、ペローズ、ピニオン、リジット。さらに彼らを追いかけてサーヤとメルティ、エイミーも加わった。 リジットは調査中に、この船団がかつてガルガンティア船団と交流があったことを思い出す。 それはリジットの淡い恋の思い出でもあった。
「ヒディアーズを全部倒したら、銀河同盟はどうするの？」「レドさんは、どうするの？ その目的が達成されたら」――。ベベルにそう問われたレドは、ガルガンティアで仕事を本格的に探そうとする。「俺にできること、教えてくれ」とエイミーに協力を頼んだレドは、漁業、農工業、サルベージ業といったさまざまな職業を紹介してもらうものの、これといったものは見つからない。そんな時、突如、ガルガンティア船団全体が航行を停止した。何事が起きたのかと怪訝なレド。そこに現れたピニオンに誘われるままレドはついて行く。船団が止まったのは、風がやむ「凪」の日だから。「凪」の日は波がおさまるため、船団を停止し船体を修理するのだという。つまり修理屋以外にとってはちょっとした息抜き。ピニオンはレドやエイミーをバーベキューパーティーに誘いにきたのだった。既に会場にいたサーヤ、メルティも加わり、水着になって泳ぎ始めるエイミー。パーティーの準備は順調に進んでいるかに見えたが……。
偵察に出た船が「めぐり銀河」を発見した。船団の動力源であるヒカリムシが群れをなしたその場所は、たくさんの魚が集まる絶好の漁場なのだという。漁の仕事を手伝うことにしたレドは、チェインバーではなく潜水ユンボロを使って参加。ところが泳いだことのないレドは、水中での機体操作の感覚がつかめずあえなく失敗。漁師ギルドのメンバーに引き上げられたレドは、役に立つことのできない自分をかみしめる。そんなレドはピニオンに声をかけられ、大漁の祭りに連れていかれ酒を飲みながら「俺と組んでサルベージをやれよ」と誘われる。そこにベローズも現れ「組むなら本業のサルベージ屋と組みなさいよ」と語り始める。二人のやりとりを聞きながら、レドは祭りのステージでサーヤやメルティとともに踊り子として踊るエイミーの姿を見つける。そこにチェインバーから緊急信号が入る。単独で漁をしていたチェインバーが問題を起こしたというのだ。いそいで解決に向かうレド。
ベローズの下でサルベージ業に就いたレドは、海中での作業中にクジライカという大型の生物に遭遇する。クジライカは凶暴だが手出しをしなければ無害な生き物。だがその姿がヒディアーズと酷似していたためレドは、ベローズの制止も聞かずチェインバーで攻撃し、殺してしまう。クジライカは、大昔から人々に神聖視されてきた生き物。レドが禁忌を犯したことは瞬く間にガルガンティア全体に広がり、船団の中には不安が渦巻く。一方レドは、ヒディアーズの侵攻が地球にまで及んでいるのではないかと、臨戦態勢をとる。レドはエイミーに、かわいそうだと思わないの？なんで地球にまできて戦争の続きをするの？と責められるが聞く耳をもたない。逆に、ヒディアーズとの接触は時間の問題なのに、人類は人類同士で争っているとレドから反論され、言葉を失うエイミー。一方、ピニオンはこれを機に一攫千金を狙う。さまざまな気持ちが交錯する中、膨大な数のクジライカの群れが船団に迫ってくる。
持病を悪化させたフェアロックが急逝。フェアロックが最期に船団を託したのはリジットだった。だが、求心力に欠けるリジットという選択に、大船団主たちの胸中は複雑だった。そのころ、チェインバーがレドに、地球の座標が特定できたと報告する。地球の位置は、人類銀河同盟の勢力圏よりもはるか遠く、光速でも6000年以上かかるという。超光速航法が使えない以上、レドが人類銀河同盟へと復帰することは不可能だ。ショックを受けるレド。フェアロックの葬儀の準備が進む中、大船主フランジが離脱を表明。対処に追われるリジットは葬儀をクラウンに任せ、かえって船主たちの反発を買ってしまう。リジットはフランジと面会するが、フランジの問いかける言葉に言い返すことができない。メルティもまたフランジの船団と一緒に離れなくてはならないし、ピニオンはピニオンで、クジライカの巣に眠る手付かずの遺物を目的に船団を離脱しようとする。揺れる船団の中、帰還の夢が絶たれたレドは……。
ガルガンティアを離れたピニオンたちが到着したのは「霧の海」。霧の中には旧文明の海上プラントがあり、その海底にはお宝が多数眠るはずの海底施設があるのだ。いまは遺跡として静かに眠る施設に、ピニオンはかつて兄とともに迫ろうと試みたことがあった。だが、そこを巣とするクジライカの大群によって兄は命を落とし、ピニオンはその仇をとろうと心に誓っていたのだった。同じくガルガンティアを離れ、霧の海に挑んだレドは、襲い来るクジライカをチェインバーとともに次々と撃退する。禁忌の生物と思われていたクジライカを倒すことができるとわかり、快哉をあげるピニオンたち。さまざまな武器を駆使してクジライカをほぼ全滅まで追い込んだチェインバーの前に、ついに女王クジライカが姿を見せる。その力に苦戦を強いられるレド。かつて研究施設であったとおぼしき海底遺跡で、レドやピニオンを待つのは果たして何なのか。そしてついに、レドは旧文明の滅びの真実を知る。
ついに自分たちの船団をプラントに接舷させたピニオン。旧文明の遺物の力を目の当たりにしたピニオンは、「クジライカを倒し、自分たちが圧倒的なお宝を手に入れた」と無線で宣言する。近づく船は容赦なく沈めると断言するピニオンに、船団は大きく揺れる。ピニオンの考えに抵抗を感じるもの、賛成するもの。メルティは渦中に巻き込まれ苦悩する。一方、海底遺跡の中で手に入れた記憶媒体を通じて、ある真実を知ってしまったレド。すべてを捧げて戦ってきた人類銀河同盟の戦争に意味はあったのか。レドは自分の行ってきた行為を振り返り、嫌悪感を抑えることができなかった。一方、ピニオンの無線を聞いたガルガンティア船団にも、大きな衝撃を受が走る。レドとチェインバーがクジライカを殲滅したと知り、動揺を隠せないエイミー。「レド、どうして……」。やがてピニオンの警告にもかかわらず、お宝を狙った海賊船が接近してくる……。
霧の海に接近する大船団。攻撃を仕掛けたピニオンだったが、圧倒的な戦力の差を見せ付けられる。率いていたのは、人類銀河同盟でのレドの上官・クーゲル中佐。クーゲルもまた乗機ストライカーとともに地球へと漂着していたのだ。クーゲル船団でレドを迎え入れたのは、オンデリアと神官たち。クーゲルは、地球の人々に戦い方を教え、ヒディアーズを殲滅するという思想で船団を築き挙げていていた。レドはクーゲルに海底遺跡で知った真実を告げる。ヒディアーズと人間は、同じルーツを持つ種だったのだと。だがクーゲルは驚かなかった。それは人類銀河同盟の上層部では暗黙の了解だったのだ。同盟はそれを知りつつ、人間であることをやめたヒディアーズと生存をかけた戦いを続けていたのだった。力による統率で自らの船団に“幸福”をもたらしたと語るクーゲルは語りかける。「なぁレド、俺と一緒に、この星を変えてみないか？ 」
クーゲル船団がたくわえてきた遺物の修復を一手に任されることになり、狂喜するピニオン。そこに接近してきたのは、女海賊ラケージ。ラケージは一旦はクーゲル船団に身を寄せていたものの、そのやりかたに相容れないものを感じていたのだ。一方、銀河道に沿って航行するガルガンティア船団も、クーゲル船団のいる海上プラントへ接近しつつあった。ガルガンティア船団も武力により併合することを考えるクーゲルは、接収に成功したらその統治をレドに任せたいと語る。「文明の後退したこの星に、新たな秩序をもたらすことは我々の使命だ」。だがレドは、その考えに素直に頷くことができない。地球を第二のアヴァロンにするのだ、というクーゲルの言葉を思い返すレドの脳裏に浮かんだのは、ガルガンティアで過ごした日々、そしてエイミーのことだった。
クーゲル船団に反旗をひるがえしたピニオンは、ラケージ、フランジらと共同戦線を張っていた。上空ではマシンキャリバーの、海上ではユンボロたちの総力戦が激しさを増す。チェインバーとストライカーが激しい空中戦を繰り広げる中、衝撃の事実が明らかになる。レドがチェインバーのコックピットを強制的に開け放った時、そこにいたのは既にミイラ化したクーゲルだった。ストライカーのAIは、生前のクーゲルが構想した社会形態を、その死後も維持し続けていたのだ。ストライカーはレドに迫る。「レド少尉、貴官もまた自ら思考し判断することを負担と感じていたはずだ。私はその重圧から貴官を解放できる」。レドが反論しかけた時、チェインバーが割り込みストライカーの論理に反論する。この地球にも居場所はなく、さらに人類銀河同盟にも幻滅したレド。レドは、ただ自らの命を賭けてストライカーを止めようとする。行き場のないレドが最後の戦いの果てに見たものは……。
特別編
ヒディアーズ母星侵攻作戦失敗の際、レドと同じくクーゲルもまた地球へと飛ばされていた。情報収集のため現地人と接触を試みた彼は、海賊の身内争いに巻き込まれてしまう。結果、偶然にも海賊団船長の末娘であり、亡き父から船団を譲り受けたため姉たちから命を狙われていたリナリアを助ける形になり、船団から空神として崇められるようになる。
クーゲル船団との戦闘から半年。マシンキャリバー・ストライカーの圧政から解放された船団は、ガルガンティア船団に合流し、新たな人々が船団メンバーとして暮らし始めていた。レドは、サルベージの仕事をしながら、旧文明の情報を集めていた。人類はどうして地球を捨てたのか。どうして人類と人類から分化したヒディアーズが争うことになったのか。レドは人類の歩みを探る考古学への関心を深めていた。一方、エイミーのもとでは新人のメッセンジャー、リーマが働き始めていた。リーマは元クーゲル船団の一員。船団解体後、ガルガンティアに合流して新たな生活を始めていた。 レドと初めて会ったリーマは尋ねる。「教えてほしいんです。あなたの乗っていたユンボロのこと」レドはそんなリーマに驚きつつも、クーゲル船団との戦いの中で別れたマシンキャリバーのチェインバーのことを語る。またレドもリーマに尋ねたいことがあった。自分のかつての上官だったクーゲル中佐が率いた船団が、なぜ狂信的な集団になったのか。レドはその理由が知りたかったのだ。その夜、レドはエイミーに語る。レドがかつて所属した人類銀河同盟は今も遠い宇宙で、ヒディアーズと戦い続けている。あの戦争が地球まで及んだ時、自分は「戦う」以外の別の道を見つけられるだろうか、と。自問するレドに、エイミーは「そんなことにはならないよ」と断言する。エイミーはかつての大嵐の夜、レドとチェインバーがどんな働きをしてみんなを守ったのか話始める。「あれはチェインバーがいたからできたことだ。けど、あいつはもういない」「ううん。もし今、同じ
引き揚げに成功した沈没船から多くの資材を得たガルガンティア。船体そのものの修復も始まるなか、旧文明の記録媒体が発見される。そこにはマシンキャリバーの祖となる戦闘機械の記録が残されていた。破滅を前にしても争い続けた人類の姿は、レドの心に影を落とす。一方、改修を繰り返すガルガンティアは物資不足に悩まされ、人々の疲労もピークに達していた。対策を求められたリジットは、海上貿易拠点『竜宮城』への寄航を決定する。慰労施設もかねた竜宮城で思い切り羽根を伸ばす船団住人たち。 だが、平穏は長くは続かなかった。 本当の目的をあらわにし、動き出すリーマ。そして、ついにその全貌を現す謎のロボット・マズル。深まる混迷の果てにレドが直面する、驚愕の真実とは！？
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