引き揚げに成功した沈没船から多くの資材を得たガルガンティア。船体そのものの修復も始まるなか、旧文明の記録媒体が発見される。そこにはマシンキャリバーの祖となる戦闘機械の記録が残されていた。破滅を前にしても争い続けた人類の姿は、レドの心に影を落とす。一方、改修を繰り返すガルガンティアは物資不足に悩まされ、人々の疲労もピークに達していた。対策を求められたリジットは、海上貿易拠点『竜宮城』への寄航を決定する。慰労施設もかねた竜宮城で思い切り羽根を伸ばす船団住人たち。 だが、平穏は長くは続かなかった。 本当の目的をあらわにし、動き出すリーマ。そして、ついにその全貌を現す謎のロボット・マズル。深まる混迷の果てにレドが直面する、驚愕の真実とは！？