記憶喪失のユーリは星間航行船D.Q.O.の中で目を覚ます。 セツに連れられ、人間を襲い消滅させるという「グノーシア」を特定するための会議に参加することに。
ループして初日に戻ったユーリは、誰がグノーシアなのかを知った状態で会議に臨む。 SQに疑いを向けようとするユーリだったが、思うように議論が進まず……？
新たにしげみちとステラが加わり、７人で会議が行われる。 会議中、直感でグノーシアを見抜くユーリだったが、他の乗員の説得に苦戦することになる。
グノーシアを特定し生存したにも関わらず、再び初日に戻り呆然とするユーリの前に、異様な迫力を持つ人物・夕里子が現れる。 彼女は何かを知っている様子だが…？
新たにコメット、シピが加わった会議で、エンジニアを名乗る者が2人現れるも、彼らへの投票は避けるべきだとラキオが主張した結果、投票が集まったのは……？
新たな役職「守護天使」として会議に臨むユーリ。 ジョナスとククルシカが加わり、12人で行われる会議で状況が混迷するなか、ある乗員が手を挙げる。
オトメとレムナンの2人が加わり会議を始めようとするが、もう一人の乗員・沙明が部屋から出てこようとしない。 一方、しげみちはステラへの恋心を語り始める。
人間であることが確定する役職「留守番」としてレムナンとククルシカが名乗り出る。 役職が増え複雑化する会議で、ククルシカに疑われた沙明はある行動に出て…。
グノーシアとして目覚めたユーリ。 乗員らを欺くことに戸惑いを覚えつつも、同じ立場であるコメットの想いに触れ、セツとの約束通り己の役割を果たす決意をする。
再びループしたユーリは、新たな自分の姿に驚く。 そんな中沙明の不参加によって会議は延期となり、困惑するユーリにラキオが語ったのは銀の鍵の秘密だった。
目覚めると、そこはユーリとSQが「留守番」の世界線だった。 互いに人間だと分かっている2人は距離を縮め、やがてSQは自らの「正体」について打ち明ける――。
噓をつき人を騙すことを極度に嫌うジナ。 ユーリからループについて打ち明けられた彼女は、苦い過去を思い出し、グノーシアになることへの恐怖と抵抗を口にする。
会議前に意識を失い医務室に運ばれたセツ。 互いが得た情報を共有しつつ、数百回のループによる疲労をにじませるセツに、ユーリは気分転換を持ち掛ける。
このループで生き残れば全てを教える。 夕里子に条件を出されたユーリは、15人の乗員全員が集まった会議に臨む。 しかし、会議が始まると夕里子から思わぬ提案が。
「エンジニア」のユーリにグノーシアと断定されたラキオだが、とある行動を根拠に潔白を主張。 「AC主義者」の登場により会議は混迷し、ユーリは追い詰められる。
目を覚ますとそこは船がグノーシア汚染を逃れた世界線だった。 「宇宙の終わり」を示唆するククルシカにユーリが困惑する中、異常生体反応検知の警報が鳴り響く。
己が本来存在しない「バグ」であるという真実を知ったユーリ。 二重存在によって引き起こされる宇宙崩壊、その時間の環から、抜け出そうと藻掻くユーリだが…？
ルゥアン脱出前——いつもループしていた日の一日前・「DAY0」に目覚めたユーリ。 そこで接触したセツは銀の鍵やループについて知らない様子で……？
ループを抜けたユーリだが、乗員たちはセツの記憶を失っていた。 着陸した星でセツの痕跡を辿るも、存在自体が消失してしまった事実を突き付けられる。
セツのループを終わらせるため、ラキオの「銀の鍵」を手にするユーリ。 再び鍵を宿そうとするユーリに、ラキオが声をかける。
次元の扉の先でセツと再会したユーリ。 そこは、最初に目覚めた銀の鍵を受け取る前の世界線だった。 そして、最後の話し合いが始まる――。
