Class 3-D is awarded for catching a thief during a secret night visit to school, yet their celebration is short-lived when they get into a scuffle with a few classmates who gets themselves involved with a bad crowd. With only a few months left before graduation, Yankumi strives to reunite everyone and restore 3-D's friendship.
卒業後の進路について考える時期になったが、相変わらず３Ｄの生徒たちは進路の事など全く考えてなく、久美子（仲間由紀恵）はやれやれとため息。その上、村山（夕輝壽太）ら５人は遅刻や欠席が増えていた。
そんな中、校内にある創立者の銅像が夜になると歩くという 『赤銅学院の怪伝説』 の噂が広まった。緒方大和（髙木雄也）たち３D生徒は噂を確かめに夜の学校へ忍び込んだ。その頃、携帯を学校に忘れて、ビクビクしながら戻ってきた久美子が物音に振り向くと、銅像の顔が久美子の目の前に現れ、焦った久美子は銅像を投げ飛ばしてしまった。
なんと、久美子が投げ飛ばしたのは、名うての 『学校荒らし』だったのだ。警察から表彰され、大喜びする久美子と３Ｄ生徒たち。そこへ最近、学校をサボっていた村山たちが入ってきて「そんなのどうだっていい。ガキじゃねえんだから」と水をさし、教室内は険悪なムードに…。そしてたちまち乱闘が始まってしまった。必死に止める久美子に村山たちは「どうせ卒業までのつきあいじゃねえか、仲間はほかにもいる」 と出て行ってしまう。
村山らを学校に連れ戻したい久美子は、３Dの生徒たちにも協力してほしいと頼み込むが、生徒たちの間にはさめた空気が漂っていた。どうやら村山たちは、芝山（八神蓮）と言う不良たちと付き合っているようで、久美子は心配を募らせる。
一人、村山たちを説得しに向かう久美子の元に、大和と廉（三浦春馬）からクラスの全員が村山たちを呼び出したと連絡が入り−−。
