警察犬係でハンドラーの一平（池松壮亮）は、相棒である警察犬オリバーといつものように朝のトレーニングを終えて、鑑識課に戻ってきた。スーパーボランティアの小西さん（佐藤浩市）が１１年間行方不明だった少女の遺体を見つけたという話題で盛り上がる中、とある家で詐欺被害があり出動の要請が入る。家に残る匂いを頼りに捜査する一平とオリバーだったが、オリバーはとんでもないものを見つけてしまい…
偶然が重なり、拳銃の発見と半グレ集団「ＴＭＴ」の関与するキャバクラ摘発という大手柄となった一平とオリバー。拳銃は、発見された少女の遺体と関係があり、ヤクザ組織「関東明神会」のメンバーの持ち物だったらしい。一平は先輩の漆原（麻生久美子）と明神会へ向かう。一方、少女の事件を追っていたフリーライター・溝口健一（永瀬正敏）は遺体発見を受けて情報収集に奔走、明神会の若頭・龍門（松重豊）に取材を申し入れる。
一平（池松壮亮）はオリバーからユキナ（本田翼）が事件に巻き込まれたという知らせを受けるが、警察犬係の仲間は誰も信じてくれない。時を同じくして、宗手（永山瑛太）率いる半グレのもとに警察のガサ入れがあり大混乱となっていた。一平とオリバーは、逃げ出す半グレの１人を尾行。思わぬ場所に辿り着く。かたや、溝口（永瀬正敏）が張り込んでいた関東明神会にも動きが。
半グレ集団「ＴＭＴ」とヤクザ織「関東明神会」の抗争、そして明神会の若頭・龍門（松重豊）の死から１０日。１１年間行方不明で遺体として発見された北條かすみ（玉城ティナ）の葬儀が執り行われていた。そんな中、警察犬係のもとにスーパーボランティアの小西さん（佐藤浩市）が行方不明との連絡が。警察犬係ハンドラーの一平（池松壮亮）と相棒である警察犬オリバー（オダギリジョー）は、ある人物に遭遇する。
姿をくらませていた「関東明神会」の渡（仲野太賀）が突如、一平とオリバーの前に現れる。北條かすみを殺したのは自分だと自供する渡だが、なぜか話が噛（か）み合わない。一方、フリーライターの溝口（永瀬正敏）は、かすみの幼馴染み・あやめ（浜辺美波）から事件の鍵となる重要な情報を入手する。ユキナからの情報で小西さんのリアカーが発見された近くのトントン牧場が怪しいとにらんだ一平とオリバーはその内部に潜入を試みる
トントン牧場の所有者である神々廻（橋爪功）がなにやら怪しいと考えた一平（池松壮亮）たちは、捕まってしまったオリバー（オダギリジョー）を助け出すため、監禁されていた小西さん（佐藤浩市）を連れてトントン牧場に向かう。時は同じくして、鑑識課には、とある行方不明者捜索の出動要請にユキナ（本田翼）が対応する。かたや、ある喫茶店で神々廻と「ＴＭＴ」の半グレ・宗手（永山瑛太）がついに対面し、事件が起きる。
