追われて逃げ込んだ山奥で、天道琉朱菜という女性と出会った虎島弥次郎。その翌日、弥次郎は殿様を救い出す戦いに加わっていた。城を占拠している敵の名は悪鬼那号。巨大なガトリング砲で城に攻め入る兵士たちを撃ち倒していた。長刀を手に城に突入する弥次郎。そこに、一点の曇りもない笑顔とともに、琉朱菜が現れた…。
蛮州・太羅之国の山中で琉朱菜は金髪の閃士に襲われた。戦いで傷ついた琉朱菜は酒屋で働く女の子「琴」に助けられる。弥次郎とともに傷が癒えるまで酒屋にお世話になる琉朱菜。そこに現れる謎の道化師。不思議な武器を操り襲いかかる。その戦いに巻き込まれ、琴は傷ついてしまう。怒りの琉朱菜は、銃を手に城へ向かい…。
一人、太羅城に突入する琉朱菜。兵士たちを蹴散らし、ついに琴の仇、道化師に遭遇した。その時、琉朱菜の前に立ち塞がる巨大な影。それは山中で襲ってきた金髪の閃士だった。道化師と同じ不思議な銃「魔の閃」で襲いかかる。向日葵38式で応戦するが、圧倒的な力に追い込まれる琉朱菜。絶体絶命の危機に琉朱菜は…。
日銭を稼ぐため、宿場町で大道芸をする琉朱菜と弥次郎。だが、その町の人々には誰一人、笑顔がなかった。そんな中、藍という女の子と出会う琉朱菜と弥次郎。町の人々に笑顔がない元凶は、町で横暴の限りをつくす通称「ハゲ天狗」率いる野党であった。町に笑顔をとりもどすべく、琉朱菜と弥次郎が立ち上がった…。
山間の人目につかぬ場所にある豪奢な門を渡ると、遊郭“桃華楼”の建物が見えてくる。琉朱菜と弥次郎は、山賊に襲われていた桃華楼の娘たちを助けたお礼に桃華楼に招かれる。琉朱菜たちは、そこで二人の人物と出会う…。一人は風船使いの少女、紅みかん。もう一人は桃華楼オーナーにして元十天閃、紅桃華である。
伝馬ガン蔵率いる野党に襲われる桃華楼。迫る巨大な砲弾。迎え討つは弥次郎。親の仇であるガン蔵を討つべく、一人復讐に向かうみかん。それを助けるべく琉朱菜が追う。弥次郎は桃華楼を守れるか？ みかんは仇を討つことが出来るのだろうか？ そして琉朱菜の前に武者貴族、造師蛮丸が操る鬼蛮天が立ちふさがった…。
目的地、中央天都に向かう琉朱菜と弥次郎。そしてみかんが加わり、あらためて旅が始まる。そんな三人に道化師の魔の手が迫る。刺客として立ちふさがったのは、蒼馬三蔵。十天閃が一人、牙楽閃士の蒼馬である。十天閃相手に苦戦を強いられるも切り抜けた琉朱菜。そして天都への近道“霊峰チャランボ”を超えようとして…。
霊峰チャランボ二合目。岩の道を進む琉朱菜たち。突如、巨大な岩石が一行の頭上に降ってくる。刀で岩石を叩き切る弥次郎。岩石の一つが琉朱菜を押し潰そうと降ってきた瞬間、琉朱菜を助ける人影。それは琉朱菜と十天閃予備軍として訓練を受けていた藍前鉄破だった。鉄破は琉朱菜に天都へ向かうのを止めさせようとして…。
猛吹雪の中を進む琉朱菜たち。この山は、かつて弥次郎が天都に攻め込むとき多くの仲間を失ったところである。仲間たちのことを想う弥次郎。その時、風雪の中に人影が見えた。風雪の中、白いマントを羽織った一人の少女がこちらを向き、微笑んだ。そこにいたのは、この山で死んだはずの仲間“白土風花”であったが…。
天都を囲む巨大な湖「白仙ノ湖」を船で渡ろうとする琉朱菜たち。湖をすこし進んだところで船頭がニヤリと笑い、つぶやいた「都に無法者を入れるワケにはまいりません」。白仙ノ湖の霧の中、爆音が轟き、吹き飛ばされる琉朱菜と弥次郎。船頭は変身し、素早い動きで琉朱菜の足を抱えて水中へと引きずり込んでしまい…。
天都に乗り込む琉朱菜！ 「なぜ天子は琉朱菜に賞金をかけたのか？」「道化師とは何者？」「グレネーダーとは？」数々の謎がついに明らかになる!? 一方、別ルートで乗り込んだ弥次郎は一人の人物と出会う！ 様々な人間関係を巻き込み、天都史上最大の戦いが始まる!!
琉朱菜と弥次郎。おのれの生き方、そして思いに決着をつけるため、それぞれの戦いに臨む二人！ 琉朱菜と弥次郎に待ち受ける運命とは!? そして「グレネーダー」の真の意味とは!? オールスターキャスト！で送るクライマックス!! 果たして、大団円を迎えることはできるか!?
