近未来――、世界大戦後の日本はヴァリアントと呼ばれる特殊な力を持つ者たちの出現によって混沌としていた。彼らの能力は取るに足らないものだったが、異形のものへの恐れからヴァリアントは差別され、奈落と呼ばれる強制隔離地区に押し込められていた。ヴァリアントを取り締まるVCU［ヴァリアント犯罪課］・劉警部（岸谷五朗）のスパイであるヴァリアントの青年・ウミン（寛一郎）は、動画プラットフォーム・MAKUMAを運営する奈落の顔役・シド（水間ロン）を調べるため奈落へと潜入する。一方、奈落のインフルエンサーユニット・Lのリーダー・エマ（三浦透子）は、理不尽な生活を余儀なくされるヴァリアントたちを励ますため、動画をアップする日々を送っていた。そんな中、奈落の荒くれ者集団・KUMADORIのユナ（白宮みずほ）がVCUから暴行を受け連れ去られる動画が奈落内で拡散される。その隠し撮りを行った謎のアカウント“名無し”に興味を持ったエマは、奈落の情報が集まるシドのクラブでウミンと出会う。ウミンこそが動画を撮影した“名無し”だと勘づいたエマが、ウミンと手を触れ合った瞬間――ふたりの間に信じられない現象が巻き起こる……！
ふたりが手を繋ぐとなぜか強大なヴァリエーション［特殊能力］が生まれることがわかったウミン（寛一郎）とエマ（三浦透子）。エマはこの力があれば奈落を解放できるかもしれないと希望を語る。ウミンは、エマとの力のことを劉（岸谷五朗）に報告できぬまま、奈落内の抵抗勢力でありシド（水間ロン）の元恋人である女に取入れという新たな指令を受ける――その女は、他ならぬエマだった……！再びエマに近づいたウミンは、エマからふたりだけの秘密の力を使ったある計画に協力してほしいと頼まれる。“STAY FREE”と名付けられたエマの計画は、ふたりが有した強大な力を奈落の人々に示し自由を訴えるものだった。匿名でアップされたその動画は、日夜虐げられる奈落の人々の心に火をつけることに成功する。しかし、奈落を管理する“浮世”の知事・英公子（西田尚美）の逆鱗に触れることとなる。そして、エマと手を繋ぐことでウミンのヴァリエーションにも大きな変化が現れ始めていた……。
ウミン（寛一郎）は、ヴァリアントの脅威を世に知らしめた“紅事件”の首謀者・赤富士（村上淳）の息子であり、赤富士と同じ呪われた炎のヴァリエーションが眠っていた！幼い頃に棄てられ親の記憶のなかったウミン自身も、その事実に動揺する。しかし「力は使い方次第」と励ましてくれるエマ（三浦透子）の言葉がウミンの心に残る……。一方、“STAY FREE”に触発された者の犯行かVCU殺害事件が発生しており、公子（西田尚美）の子息でヴァリアント差別の権化・英詠一（早乙女太一）VCU管理官が捜査に当たることになる。そんな中、ウミンがスパイだと主張するLのメンバー・花蓮（向里祐香）と口論となるエマ。ウミンを信じたいエマは、親友の花蓮と仲違いしてしまう。一方、ウミンは劉（岸谷五朗）から“STAY FREE”の実行犯について聞かれるが、知らないと嘘をつく。ユナ（白宮みずほ）の仲間であるKUMADORIの晴人（山田健人）は、奈落の宗教団体・宿り木の代表でユナの父親でもあるパク（三浦誠己）導師の元を訪ねていた。“STAY FREE”動画に影響された晴人はユナを救う為、奈落と外の世界を繋ぐ唯一の橋・花道を突破する計画を立てていると告げる……。一方、ウミンと花蓮の間で揺れるエマは、ウミンに味方だと証明して欲しいと迫る――。
宿り木のデモに扮し花道突破を試みるKUMADORIの晴人（山田健人）たちとVCUが衝突し、多数の死傷者が出る……！同時に管理官・詠一（早乙女太一）の機転によって、連続VCU殺害事件の犯人が炙り出される。信者としてデモに参加していた花蓮（向里祐香）も騒動に巻き込まれたことを知ったエマ（三浦透子）が現場に急行するが、花蓮の姿はすでにそこにはなかった……。花蓮を失い大きなショックを受けるエマ。塞ぎ込み、花蓮の幻聴に悩まされるエマを連れ出したのは、かつての恋人・シド（水間ロン）だった。シドは忠告のためエマにある写真を見せる――それは、ウミン（寛一郎）がVCUの劉（岸谷五朗）と話し込む写真だった……！エマに問い詰められても、任務のため嘘を貫き通そうとするウミン。しかし、エマの最後の一言によって、劉への忠誠か、エマたちヴァリアントへの連帯かどちらかを選ばざるを得なくなる。一方、知事・公子（西田尚美）は花道暴動の現場で撮影されていた動画に映るウミンとエマの姿に目を止める……公子と詠一親子にも、何か隠し続けている秘密があるようで――。
葛藤虚しくウミン（寛一郎）は劉（岸谷五朗）への忠誠を選び、エマ（三浦透子）を“STAY FREE”の実行犯として売ってしまった。そこには、ウミンの過去や劉との深い関係があるようで……。反逆罪で逮捕されたエマはVCUによって奈落外へと連行されていく中、残された妹を想い悲観に暮れる。一方、知事・公子（西田尚美）は、先般の花道暴動について記者から問われ、近く奈落内で公聴会を開き、厳正なる処分を下すと発表する。記者の質問をきっかけに、公子は約30年前、ヴァリアントが確認され始めた頃の記憶を遡っていく――。若かりし頃、ヴァリアントを支援する団体に所属していた公子は、政界の重鎮でヴァリアント反対派である父親と対立していた。そんなある日、公子は孤独なヴァリアントの青年・宗形（富田健太郎）に出会ったことで、その後の人生を大きく変える出来事に巻き込まれていく――。公子が、そして英家が代々隠し通す重大な秘密が明らかになる……。一方、エマを裏切ったウミンは自分の選択が本当に正しかったのか苦悩する――そんなウミンの元に現れたのは、エマの幼い妹・陽毬（阿部久令亜）だった。そして、連行されたエマが行き着いた先は、“楽園”と呼ばれる謎の巨大施設で……。
公子（西田尚美）と赤富士（村上淳）の子どもだったウミンは、幼少期にヴァリアントを発症したことで公子の手により棄てられていた――それは、ヴァリアントの罪人・赤富士との繋がりを隠すためであり、残された長男・詠一（早乙女太一）と家柄を守るための公子の苦しい決断だった……。奈落での公聴会前夜、公子は偶然を装いウミン（寛一郎）に接触する――花道暴動の現場にいたウミンが、本当に自分の子ども・誠二なのか確かめるためだった。何も覚えていない様子のウミンを見て、立ち去ろうとする公子。しかし、ウミンの口から思いもよらぬ言葉が飛び出したことで、公子は再び決断を迫られることになる……。一方、“楽園”で厳しい拷問を受けるエマ（三浦透子）は、劉（岸谷五朗）から“STAY FREE”のもうひとりの実行犯を吐けと迫られる。拷問に耐えかねたエマは、「ウミンになら話す」と劉に告げるのだった。その頃、ウミンはエマのことを考えていた――最後に別れた時、エマは自分を信じると言ってくれた。しかし、ウミンは過去の悲しい経験から人と深く関わることを避けて生きてきた……様々な感情が入り乱れ、答えを見つけられぬまま、ウミンは楽園に囚われているエマの前に立つことになる――。
処刑されたと思われていた赤富士（村上淳）は、楽園の最深部で生きていた……！楽園に囚われていたヴァリアントたちの反乱に紛れ、衰弱し切った父親を連れ楽園を脱出するウミン（寛一郎）たち。ウミンとエマ（三浦透子）のヴァリエーションによって意識を失っていた劉（岸谷五朗）は、幼いウミンを拾い育ててきた日々を思い出していた――そこには、厳しい主従関係だけではない何かがあった。目を覚ました劉は、ウミンたちの後を追う。追手をやり過ごすため、廃墟に身を潜めることにしたウミンたち。会えることはないと思っていた父・赤富士との時間に戸惑いを隠せないウミン。そんなウミンに、赤富士は紅事件の真相について語り始める。あの事件の裏側には、今も解明されていないヴァリアント誕生の謎が関わっていた……。衝撃の事実を知ったウミンとエマは、問題を解決するため再び奈落に戻る決意をする。そんな彼らの命を狙い現れたのは、最凶のヴァリアント差別主義者であり、ウミンの実兄、VCU管理官の詠一（早乙女太一）だった――！
奈落では年に一度の祭典・フリードニアがはじまった。お祭りムードで賑わう奈落だったが、今年は例年とは違っていた。国の決定権を持つ議会中枢は、このイベントを利用し、奈落を新たなヴァリアント研究施設――言わば第二の“楽園”に仕立て上げようと目論んでいた……！すべてを計画した黒幕は、ヴァリアントの味方だと目されていたシド（水間ロン）だった。劉（岸谷五朗）の協力を得て奈落に戻ったウミン（寛一郎）とエマ（三浦透子）たちは、長年人々を騙し続けている議会の悪事を公表するため、シドに協力を仰いでしまう……。エマたちの計画を知ったシドは、それに賛同するふりをして逆に自分の計画に組み込むことを企てる。エマと別れ、議会の不正の証拠を取りに行ったウミンの元にも、シドの刺客が現れウミンは絶体絶命に陥ってしまう――。一方、エマはフリードニアの会場で、陽毬（阿部久令亜）とLのメンバーと再会を果たし、二度と離れないときつく抱き合う。そして、その時がやってくる。理不尽を受け入れてきた奈落のヴァリアントたちを救済するために、自分たちの過ちを隠蔽するため差別を容認する議会を糾弾するために、エマはすべてのヴァリアントたちの運命を背負い、大観衆のフリードニアの舞台に立つ――。果たして、シドの謀略に気づいたウミンはエマを守ることができるのか――？エマが願った奈落の解放は実現するのか――？