童守小に新しく赴任した教師・鵺野鳴介。どこか頼りなさそうな一面はあるが、実は日本で唯一の霊能力をもつ教師だった。ある日、担当クラスの生徒・広の様子に異変が現れる。怒りを抑えられず、まるで別人のようになってしまった。そんな広を心配するクラスメイトたち。異変を察知した鵺野は背後に潜むある妖怪の存在に気付く。
鵺野たちの前に突如として現れた、謎の存在・玉藻に連れ去られてしまった広。鵺野は広を救おうと訳も分からぬままに立ち向かうが、玉藻の幻術と巧妙な罠が待ち受けていた。一方、玉藻はある目的のために儀式を執り行う準備を進めていた。いったい広を連れ去った目的とは。
夜の学校に現れる不気味な影…。誰もいないはずの教室で黒板を消し、花を取り替え、ウサギ小屋を掃除してくれるという。そんな噂を確かめるため、広たちは夜の学校に忍び込む。しかしそこで出会ったのは、奇妙な少年の姿だった。静かに微笑むその少年の正体は！？
霊能力に憧れを抱き始めていた美樹は、雑誌や動画に夢中になり妄想が大爆発！寝る時間も惜しんでのめり込んでいた。そんなある日、空を飛ぶ夢を見ていると思った美樹は調子に乗ってやりたい放題。しかし、みんなの様子がなにやらおかしい。怯えたクラスメイトたちは、禍々しいものを見るような表情で美樹を見つめていた。
克也は、妹・愛美のためにとある神社で見つけたお金を使ってしまう。しかしそれは罪人の首を狩る呪われた妖怪、はたもんばの罠だった。その日を境に克也と愛美の周囲で不可解な出来事が続き、ついには恐怖の刃が二人を狙い始める。追い詰められ、逃げ場を失っていく克也たちは…。
まことは、ネットで話題の「てけてけ伝説」を知り、その恐怖に取り憑かれる。「この話を聞いた者の前に3日以内に現れる」という噂を信じ不安に苛まれるまこと。やがて彼の周囲で不可解な出来事が続き、踏切の音や謎の気配に怯えるようになる。そして迎えた3日目、ついに“それ”が姿を現す。逃げ場のない恐怖に追い詰められたまことは必死に助けを求めるが…。
季節外れの雪が降る童守町。広たちは異常気象を怪しむが、鵺野はどこか浮かれ気味だった。降り積もる雪とともに、鵺野の前に現れたのは一人の美しい少女・ゆきめ。彼女は5年前に交わした約束を果たしにやってきたのだという。喜びの再会に見えたが、ゆきめの様子が一変する。
発明が大好きな晶は、ジャンク品のタブレットを手に入れて以来、異様なほど発明にのめり込んでいた。次々と生み出される発明品にはなぜか霊の気配が宿り始める。ついには「死んだ命を蘇らせる」と言い出し周囲は困惑する。晶の手によって亡くなったはずのウサギ・シロがモニターに現れるが、それは本当にシロなのだろうか…？異変に気付いた鵺野が真相を探る。
ある日、ぬ～べ～は街中で小さな少女と出会う。それは人々に幸運をもたらす妖怪「座敷わらし」だった。ぬ～べ～に懐き学校までついて来た座敷わらし。その日からクラスメイトたちに次々と思いがけない幸運が舞い込むようになる。しかし、次第にクラスの生徒たちが努力を忘れ、幸運に頼るようになっていく様子を見て、ぬ～べ～は言いづらそうに座敷わらしに別れを告げるが…。
裕福な家庭で育ち、何不自由ない暮らしを送っていた秀一。物を大切にすることを忘れ、不要になったものを簡単に捨ててしまっていた。そんなある日、秀一はボロボロの黄色い傘を見つける。何気なく拾った傘は意思を持ち、彼の前に姿を現したのだった。その傘妖怪をきかっけに、秀一は幼い頃の記憶を呼び起こすことになる。
玉藻が再び童守町に姿を現す。かつて敵対したぬ〜べ〜の前に現れた彼は、どこか余裕のある態度で「しばし休戦」と告げる。しかし、その言葉の裏には別の目的が隠されていた。そんな中、町では霊的磁場の乱れとともに巨大な霊獣・霊霧魚が出現。何度切り裂いても再生を繰り返す霊霧魚に為すすべがないぬ〜べ〜たちは…。
童守小に突如として現れた霊獣・霊霧魚。その巨大な姿は、見る者に圧倒的な恐怖を与える。ぬ〜べ〜は霊霧魚の復活を阻止しようとするが、その力はあまりにも強大だった。町を包む霧はますます濃くなっていく。刻一刻と迫る危機の中、ぬ〜べ〜と生徒たちは霊霧魚を封じる最後の手段に挑む。
突然、学校から姿を消したぬ〜べ〜。雷雨の夜、彼の体には不気味な人面疽が巣食い、ゆっくりと彼の意識を侵食していた。異変を察知した広たちは旧校舎へと足を踏み入れる。しかしそこで目にしたのは、異様な雰囲気を漂わせる、まるで別人のようなぬ〜べ〜の姿だった。
日本で唯一の霊能力教師ぬ〜べ〜が5年3組に来てから不思議な体験ばかり。そんな時ぬ〜べ〜はいつも助けてくれる最高の先生。郷子はぬ〜べ〜に日頃の感謝を伝えるため、素敵なプレゼントを用意していた。しかし朝起きると26歳のOLに?!昨日まで小学5年生だったはずなのに、みんな大人になってどうしたの…。
妖怪チャブクロ――天から下がる巾着袋の姿をしたそれをつかんだ者は、過去へと戻り、自分の失敗を一つだけ修正できるという。ぬ～べ～がたった一つだけやり直したい過去。それは小学校の恩師にまつわる悲しい出来事だった。生徒たちを命がけで守る霊能力教師ぬ～べ～。現在の彼を形作った少年時代のエピソードが今明かされる。
ぬ～べ～宛に届いたクール便を開くと、箱から飛び出てきたのは雪女のゆきめ！ ぬ～べ～を愛するあまり、ふたたび山から戻ってきたゆきめは「この町で先生と暮らします！」と宣言。だが雪女と人間の同棲は上手くいくはずもなく…。冷たく突き放すぬ～べ～に怒ったゆきめは部屋を飛び出すが、そこでトラブルに巻き込まれ⁉
警察官やパトカーがひっきりなしに行き交い、大人たちの携帯電話には緊急速報が鳴り響き、険しい顔で噂話…。いつもより不穏な空気が漂う童守町。そんな中、下校中の広、郷子、美樹の目の前に、赤いマントをまとった謎の仮面の男が現れる。「赤が好き？ 青が好き？ 白が好き？」奇妙な質問に答えてしまった子供たちは…⁉
建設中のビルの陰でしおれる花を見つけた美樹は、ビルに向かって「どっか行きなさいよ」と悪態をつく。すると翌日、ビルは道路の反対側に移動していた！ だが美樹以外誰もそのことに気づかない。ぬ～べ～に相談しても「妖気のたぐいは感じない」という。自分にしか認識できない、という状況は次第に不安から恐怖へと変わり…。
愛美にもらったお守りを片手に、最近見つけた釣りの穴場へ向かう克也。しかし子犬を助けるために奥の禁足地に踏み入ってしまう。そこは神獣・麒麟が憩う聖域だった。思わぬ事故から麒麟を怒らせてしまった克也だが、助けを求めたぬ～べ～はいつもと違う厳しい表情。妖怪ならぬ神獣を相手に、決死のぬ～べ～に勝機はあるのか⁉
生徒たちを連れて海に遊びに来たぬ～べ～。そこに現れたゆきめは、暑さに弱い雪女であるにもかかわらず、灼熱のビーチでぬ～べ～に猛アピールしフラフラに。一方郷子は、かつてぬ～べ～を雪山にさらおうとした彼女にまだ強い警戒心が。距離を詰めてくるゆきめを冷たく突き放す郷子だったが、海水浴中に危険な影に襲われ…⁉
５年２組の風間守は広のサッカー友達。人ならざる怪しい影が屋根の上で踊るのを目撃した時から、体調が急激に悪化。怖くなった彼は担任の律子先生ではなくぬ～べ～に相談する。普段の頼りないぬ～べ～しか知らない律子は憤慨するが、入院した風間を見舞いに訪れた病室で、自身もまた生徒を襲う妖怪の姿を目撃してしまう。
嵐が接近し全校生徒が早めに帰宅した童守小。帰りそびれた広と美樹は当直のぬ～べ～と合流。そこに一台の暴走車が校庭に侵入してくる。「化け物からかくまってくれ」と叫ぶ男女二人組。「なんて厄介なものを……」と頭を抱えるぬ～べ～。互いの怨念が絡み合う極めて凶悪な妖怪・七人ミサキ――広と美樹、決死のかくれんぼが始まる。
ぬ～べ～宛に届いた一通の手紙、盗み見たその文面はどう見てもラブレター⁉ 手紙に書かれた約束の日、ぬ～べ～にこっそりついていった生徒たち。たどり着いた海辺の公園にいたのは、かつての教え子・秋山恵だった。教育実習生時代のぬ～べ～、霊能力教師の最初の一歩とは。そしてぬ～べ～が恵と交わした「約束」とは…。
それは小学生なら誰でも知っている超有名な学園七不思議。メリーさんから手足の無い呪いの人形を渡された子は、１週間以内に学校のどこかに隠された手足を探し出さなければ、足りない部分をもぎ取られてしまうという。法子に狙いを定めたメリーさんを除霊すべく相対したぬ～べ～だったが、彼女の意外な過去を知り…⁉
「絶命受死日」、それは一生のうちで霊力が最も下がってしまう日。ぬ～べ～は鬼の手の制御ができなくなり倒れ、苦しんでいた。このままではぬ～べ～は心も体も鬼に支配されてしまう。異変に気づいた玉藻は広たちとともに、鬼を左手に封印した方法を探るべく、ぬ～べ～の過去の記憶へダイブする。そこで出会った鬼の真の姿とは。
ぬ～べ～の過去の記憶の中で、姿を現した禍々しき鬼、覇鬼。その妖力はぬ～べ～の力の数百倍！ 勝てるわけがない相手、だが負けていたら今のぬ～べ～はいない…間違った過去を見ているのかと戸惑う玉藻と広たち。それでもぬ～べ～は目の前の生徒を救うべく傷だらけで立ち向かう。その時、懐かしい霊力が鵺野を包み込み…。
