小学六年生の進藤ヒカルは、ある日、祖父の家の蔵で古い碁盤を見つける。その瞬間、碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士である藤原佐為の魂がヒカルの意識に入り込んだ。碁を打ちたいという佐為の強い願いに応え碁会所へ足を運んだヒカルは、同じ年頃の塔矢アキラと出会う。そして、ヒカルとアキラとの対局が始まった…。
ヒカルとの対局に衝撃を受けたアキラ。ライバルらしき存在がいなかったアキラは、それ以来ヒカルの一手のことが頭を離れず、その存在を強く意識するようになる。一方、佐為のために囲碁教室に通い出すヒカル。そんなある日、子供の囲碁大会に顔を出したヒカルは、佐為の言葉を聞き対局中に思わず口をはさんでしまい…。
子供の囲碁大会で対局中に佐為の言葉をそのまま口に出してしまったヒカル。しかし一目見ただけで的確な助言ができてしまったという事実は波紋を呼んでいた。一方、ヒカルとの一局で負けて以来そのことが頭から離れなかったアキラは、子供の囲碁大会にヒカルが出ているかもしれないと聞きつけ大会の会場に駆けつけるが…
アキラの父である塔矢行洋名人と対局することになったヒカルは、名人の輝くような碁石の打ち方に圧倒されつつも、自分もあんな打ち方ができたらと思うようになる。そんな中、ヒカルが次に打った一手は自分でも信じられないほどの輝きを放つ。しかし、このヒカルの一手は佐為がからだを乗っ取って打ったものと思い込み…。
佐為に頼らず自分自身の力でアキラやライバルたちを越えようと、日々、碁に打ち込むヒカル。そんなヒカルのもとに、日本、中国、韓国のジュニア団体戦『北斗杯』に出場する代表選手三人を決めるという知らせが入る。その中のひとりはアキラ。同世代の棋士の中でも抜きん出た実力を持つアキラは、戦わずしてすでに代表選手に決まっていた。ヒカルは自らも北斗杯に出場する事を誓い予選に臨む。そんな中、本田は、関西棋院の社清春と対局。その大胆すぎる一手一手に翻弄され、敗北を喫する。新たなライバルの出現により、一層激しくなる対局の数々。残りたったふたつの代表選手の座をめぐり、ヒカルとライバルたちの戦いが再び始まる！
