主人公：高校生の少年は、今日も幼なじみの麻衣子と共に電車に揺られ通学する。明日もあさっても、いつもと変わらない日常が待っているはずであった。 だがある日、駅のホームで一瞬のうちに人々の姿が消えた。 周囲を見回す彼の目に映ったのは向かいのホームにたたずむ見知らぬ少女の姿。 その日を境に不可思議な出来事に次々と遭遇し、周囲の人々と共有しているはずの記憶や時間にズレが生じている事に気づく。「何かがおかしい。この世界は一体…!？」 運命であるかのように惹かれあう少年と少女・綾そしてふたりは巨大な謎の核心に迫っていく…
日常世界の向こうに、無人の月の街を発見した主人公。 鍵は「パンドラ･プロジェクト」と、弓を構えた少女「綾」だ。 綾は、月の街で懸命に日常繰り返していた。その姿に寂しさを感じた主人公は、綾と一緒に街を出る決意をし、世界の接点を目指す。 襲撃する妖精たちで騒がしくなる街。 二人は、ビル街で泉美たちや杉浦と再会するのだった。
月の街の市庁舎で、対峙する綾と睦月。ヘジホッグを倒された睦月は去り、市役所の課長冬木、死んだはずの杉浦が現れる。驚愕する一同に冬木は真実を語る。主人公は「兄さん」の言うことを思い出し…
