Season 3

This arc features the riders working to put an end to Kamen Rider Chronicle while fighting against Masamune Dan as the legendary warrior.

ゲームキャラクターへの考え方の違いから黎斗とパラドが決裂。ドクターたちに敗北した黎斗にふさわしいエンディングをと、パラドは黎斗を消滅させる。そして残されたのは、黎斗が完成させた最新ゲーム「仮面ライダークロニクル」。それはプレイヤーがゲームキャラクターとなり、現実世界でバグスターと戦うという刺激的なゲームだった。 　だが、敗北したプレイヤーに待っているのは〝消滅〟という恐るべき現実。このゲームを止めるため、ドクター側とバグスター側は激しく抗争する。戦いが苛烈を極め、パラドが永夢から分離したバグスターであったことが判明するなど驚愕の事実が明らかになるなか、ポッピーピポパポの導きにより黎斗がバグスターの身体を利用して現実世界に帰還。ドクター側に味方し、この戦いにも決着がつくかと思われた。 　しかし、かつてバグスターウイルスを大量発生させたゼロデイを引き起こした罪で刑務所に収監されていた黎斗の父・檀正宗が出所。正宗は伝説の戦士「仮面ライダークロノス」となり、ドクターとバグスターの前に姿を現す。そして、幻夢コーポレーション社長返り咲きとともに、仮面ライダークロニクルが永遠に愛されるゲームとなるため、正宗自身による管理を宣言する。その後、正宗は自分の陣営をより強固なものにするため、ある条件と引き換えに飛彩を味方に引き入れ、さらには貴利矢までをも復活させるのだった。