腐食していく街。正体不明の剣士と怪人との戦い。そして消える少女。必死に手を伸ばす幼き日の自分。手には不思議な本―――― 小説家の神山飛羽真は15年前から同じ夢を見ている。成長した自分の手には夢に出てきた赤い本がある。ただの夢とは思えない不思議な夢。何か大事なものを失くしているのではないかという喪失感。そんな中、飛羽真は異変に巻き込まれる。その異変の中で、聖剣と出会い運命が大きく動き出す。
聖剣・火炎剣烈火を手にし、異変から街を救った飛羽真だったが、剣と本、不思議な世界など謎が深まるばかりだった。そんな飛羽真の前に現れたのは、古より“力を持つ本”（ワンダーライドブック）を守ってきた組織・ソード・オブ・ロゴスの剣士・新堂倫太郎だった。彼に導かれて訪れた組織の本部・ノーザンベースで飛羽真は驚くべき事実を知る。
ライオンに乗った青年の次に現れたのは空飛ぶ絨毯に乗った青年だった。飛羽真に親しげに話しかけるその青年の名は富加宮（ふかみや）賢人。賢人は飛羽真の幼なじみだった。飛羽真が見る夢、15年前の出来事の何かを知っているのか・・・。さらに異変に駆けつけた飛羽真と倫太郎の前に新たな剣士が現れる。大剣を担ぎ豪快にメギドを一刀両断する土の剣士・仮面ライダーバスターこと尾上亮。尾上はなんと子連れ剣士だった。
メギドを倒したにも関わらず異変が元に戻らない。息子のそらを心配する尾上に飛羽真が「そら君を必ず助ける」と約束する。しかし、その言葉が逆に尾上の逆鱗に触れる。「お前に、俺の！親の気持ちがわかるのか！」 それでも、絶対に約束は守ります、と言い残し出て行く飛羽真。 イライラがおさまらない尾上に賢人があることを告げる。 メギドの謎、そして人々はどこへ消えたのか。必死に考えを巡らせる飛羽真と倫太郎。 一方、責任を感じている芽衣はとんでもない行動に出る。
闇の剣士・仮面ライダーカリバーが動き始め、危機感を募らせるソードオブロゴス。ノーザンベースで改めて態勢を整える中、飛羽真（内藤秀一郎）は刀鍛冶の大秦寺（岡宏明）に火炎剣烈火の調整をしてもらう。 人の話も上の空の賢人（青木瞭）を心配する飛羽真だったが、実はカリバーの正体は賢人の父親だった。かつてソードオブロゴスを裏切った父＝カリバーを賢人は自らの力でなんとかしようと悩んでいたが、尾上（生島勇輝）から「これは組織の問題だ」と諭される。 そのころズオス（才川コージ）らが活動を開始。新たなメギドを創り出し…！
闇の剣士・カリバーは賢人の父親だった。しかし、その事実を飛羽真はまだ知らない。そんな飛羽真の前に新たな剣士が現れる。明らかに自分より年下の緋道蓮に格下扱いされて内心穏やかではない飛羽真。賢人を慕う蓮は、飛羽真が賢人の幼馴染みだと知りライバル心を燃やす。そんな中、ストリウスとデザストが動き出し飛羽真に迫る。一方、ズオスと遭遇した倫太郎と芽依は…。
傷だらけで戻ってきた倫太郎は、何も言わずにリベラシオン（修練場）に入る。 剣の封印を解くためにアヴァロンを目指す飛羽真は、ノーザンベースの古文書から手がかりを見つけていた。同じ頃、カリバーもアヴァロンへの道を開く。アヴァロンへの行き方とは？アヴァロンで待ち受けるものとは？ 一方、現実世界では、街が３箇所同時に消える事件が起きる。尾上と蓮が現場に向かうとズオスとレジエル、そしてデザストが現れる。さらにストリウスも現れ、芽依が絶体絶命の危機に。そこに現れたのは――。
リベラシオンで新たな力を手にし、芽依のピンチを救った倫太郎。一方、アヴァロンに辿りつき、キングオブアーサーのワンダーライドブックを手に入れた飛羽真だったが、なぜか浮かない表情。かつて誰にも扱えないほどの強大な力を持ち、それ故に封印されし力。その力を使いこなせているのか？ 迷いの中にいる飛羽真にカリバーが襲いかかる。いつもの調子が出ない飛羽真の危機に体を張って守ったのは尾上だった――。
アーサーの力を使いこなした飛羽真。カリバーとストリウスはそれに対抗して新たなライドブックを生み出そうと画策する。それにはジャアクドラゴンと複数のアルターブック、そして剣士たちが持つワンダーライドブックの力が必要となる。 ストリウスが生み出した特殊なメギドとともにカリバーが飛羽真達に迫る。 カリバーの本気の攻撃にライドブックを奪われるブレイズとエスパーダ。さらに続くピンチについにあの男が剣を手にして現れる。 そして、ノーザンベースには謎の女性が・・・。
カリバーにライドブックを奪われ、なおもピンチのセイバー達を助けたのはソードオブロゴスの刀鍛冶・大秦寺こと仮面ライダースラッシュだった。 新たな剣士と共にカリバーを退けたがライドブックは奪われたまま。そして、飛羽真はカリバーが語った「お前が見ているものが真実とは限らない」という言葉に引っ掛かりを覚える。そしてソフィアもまたカリバーの正体が賢人の父・富加宮隼人ということに疑問を感じていた。 それに対して賢人は再び父のことを想い、一人考えに沈む。飛羽真と倫太郎がその様子に気づくが、賢人は15年前に父がしたことを思い出し２人と距離を取ろうとする。そしてサウザンベースからの使者・神代玲花が賢人に接触する。 一方のカリバーとストリウスは、新たなライドブックの完成まであと一歩のところまで来ていた。様々な思いと思惑が交錯する中、若い剣士達は再びカリバーに挑む。
破滅の書に封印されていた不死身の剣士バハト / 仮面ライダーファルシオンが出現し、破滅の書によってワンダーワールドの消滅を目論み、その影響は現実世界にも及び、大異変が巻き起きる。 神山飛羽真 / 仮面ライダーセイバーたち6人の剣士は二つの世界を救うため、ファルシオンと破滅の書から出現した魔物の群れに挑む。
15年前に組織を裏切り、メギドと手を組み、異変を起こしてきたカリバー。その正体は先代炎の剣士・上條大地だった。自分の父が15年前の事件を起こしたと苦悩していた賢人の心は大きく乱れる。心配する飛羽真の声は賢人には届かない。裏切ったのは本当に父なのか。そして、父は今どこにいるのか。賢人は父への思い、そして上條に執着するあまり、冷静になれと諫める倫太郎と対立してしまう。 一方、街では複数の場所が同時に消えていた。飛羽真たちはそれぞれの異変に立ち向かう。しかし、賢人は…。
2020年11月21日より配信の剣士たちの紹介動画。スペシャルムービーはYouTubeバンダイ公式チャンネルで、各剣士は東映特撮YouTube Officialで配信。
15年前の真実、そして父の行方を求めて上條に立ち向かった賢人だったが、カリバーの新たな力の前に、絶体絶命のピンチに陥った。その時、体を張って救ったのは倫太郎だった。カリバーの凶刃に倒れた倫太郎は……。 一方、街では６箇所が同時にワンダーワールドに取り込まれ、セイバーと剣斬が２箇所でメギドを倒したが、街が元に戻らず巨大な光の柱が立ち上り、上空に光の輪が現れる。残る４箇所では今なおメギドが人々を苦しめている。 ソフィア不在の中、罠だと知りつつ人々を救うために４つの街に向かう飛羽真たち。しかし、賢人だけはその様子を見て、何かを思い出していた。鍵は15年前。賢人は一人、１５年間の想いに決着をつけるため、ある場所を目指す。
15年間、背負ってきた思いに決着をつけるべく、一人カリバーに立ち向かった賢人。しかし、カリバーの圧倒的な力の前に思いは絶たれた。 一方、街には５つの光の柱と上空には５つの光の輪。記憶が戻った飛羽真は15年前と同じことをしようとしていると告げる。６つ目の光の輪ができたとき、中央に扉が開く。決戦は６箇所目の街。カリバーを止めるべく必死に戦う剣士たち。しかし、カリバーが自らの剣の力を使い最後の柱が立ってしまう。 このままでは世界は――。その時、空に不思議なオーロラが広がる。
カリバーによって大いなる力につながる巨大な本“扉”が現れた。戦いの最中、飛羽真は新しい力を手にし、カリバーを討ち果たした。しかし、その代償はあまりにも大きかった。賢人が闇の力に飲まれ、消えてしまったのだ。 危機はまだ続いている。悲しみを抱えた剣士たちは、賢人が残した雷鳴剣黄雷、トライケルベロス、ニードルヘッジホッグ、ランプドアランジーナをそれぞれ手にし、最後の戦いに挑む。それぞれの思いを剣に宿して――。
飛羽真はカリバーとの一騎打ちに挑む。その中で明かされる15年前の真実。そして上條の覚悟。かたや現実世界でメギドと相対する倫太郎たち。彼らの決断はいかに？15年前に端を発した事件もいよいよクライマックスです。様々な謎が明らかになります。 坂本監督がキャストと相談しながらキャスト自身によるアクションも盛り込みつつ、お互いの思いも戦わせる。ドラマもアクションも盛り上げます。それぞれの覚悟と決断の行方は？ 次週、お見逃しなく！
飛羽真はカリバーを倒し、仲間とともに世界を救った。しかし、上條は新たな謎を残し息を引き取った。既に世界の最後が決まっている。ルナが世界を繋ぐ特別な存在。そして、15年前の事件に関わっている組織の中の真の敵。 上條とは違い仲間と共に真実を明らかにすることを誓う飛羽真。しかし、その裏ではサウザンベースの使者・神代玲花が暗躍していた。そして、飛羽真の前に現れた倫太郎たちは「聖剣とワンダーライドブックを渡せ」と飛羽真に告げる。 昨日までの仲間と戦うことになり戸惑う飛羽真。その時、現れるフードを被った男。 「俺は世界を守る剣（つるぎ）だ！」 その男が変身した姿は何と――
仲間と対立することになってしまった飛羽真は迷いの中にいた。そんな飛羽真の前に光の剣ことユーリが現れる。一方、飛羽真と剣を交えた倫太郎たちも飛羽真が裏切るとは思えず考えに落ちる。しかし、玲花から聖剣とワンダーライドブックの回収を急ぐように告げられる。 そんな中、メギドが人間を使って新たな本を作ろうとしていた。飛羽真は斬ろうとしていたメギドが元は人間だと知りショックを受ける。迷う飛羽真にユーリが告げる。 「救いたかったら斬るんだ。剣士にできることはそれだけしかない」 再びメギドが現れ芽依とともに向かう飛羽真だが・・・。
飛羽真はメギドになってしまったゆきを助ける術がなく、メギドを斬ろうとするユーリの剣から体をはって守ることしかできなかった。 そんな飛羽真にユーリはかつての本をめぐる戦い、自らが剣になった理由を語る。そして、飛羽真に覚悟を問う。 早くしなければゆきが完全にメギドになってしまう。答えを見つけられずに焦る飛羽真の前に、倫太郎と大秦寺が現れる。話し合いに来た２人だったが、そこにメギドが現れる。すぐさま変身してメギドを倒そうとする倫太郎。飛羽真もセイバーに変身するが・・・。
飛羽真の覚悟がユーリに伝わり、ユーリは協力を申し出る。そして、ユーリは今の組織が全知全能の書を復活させようとしていると告げる。その力の使い方を誤れば世界が危険に晒させる。敵はメギドだけではなく、組織の真の敵。 一方、メギドを庇ったことが倫太郎たちに波紋を呼ぶ。迷う倫太郎と暴発寸前の蓮を心配した尾上と大秦寺。大秦寺はユーリ＝光の剣の「今の組織に正義はない」と言った言葉を気にする。そして、大秦寺、自ら剣を交えることを尾上に告げる。真意を問うために。 そんな最中、ストリウスがある高校生を使って新たなメギドを生み出す。
上條を刺し、自らのアルターライドブックを手にしたデザストが久々に登場。彼の登場が、剣士同士の対立、メギドとの戦いにもたらすさらなる混沌とは？ 第１９章に引き続き石田演出です。ユーリでとことん遊んでいます。面白演出満載。そして、石田組と言えば芽依。第７章ではズオスが芽依を放り投げ、ブレイズ・ファンタスティックライオンにハートマークをさせたり、キングライオン大戦記にもハートマーク。そして、今回も芽依が大変なことになってます。これも芽依に対する愛情表現の成せる技か。かっこよさと面白さのギャップをお楽しみください。
飛羽真のもとに芽依が駆け込み、行方不明者が続出していると告げる。早速、調査に向かうと、ゆきや来島の他にも多くの被害者がいたことを知る。救えなかった人がいたことに心を痛める飛羽真と芽依。 一方、サウザンベースでは大秦寺が組織を支えてきた刀鍛冶のプライドにかけて、火炎剣烈火を組織に持ち帰ると宣言する。そこにはかつて祖父から伝え聞いた聖剣を巡る伝説に対する特別な思いがあった。 そんな中、ストリウスは剣士から聖剣を奪うため特殊なメギドを生み出そうとする。幻獣、生物、物語の３つジャンルのメギドを食わせ新しいメギドが生まれる。 剣士同士の戦い、そして新たなメギドの脅威が飛羽真に迫る。 その頃、剣士としての体を取り戻す、と告げたユーリはタッセルの元を訪れていた。
サウザンベースでは大秦寺の離脱が大きな波紋を呼んでいた。大秦寺を蔑む発言をした玲花に対して尾上が意を唱える。 一方、久しぶりに仲間が戻り喜びを噛み締める飛羽真。そして、火炎剣烈火が赤く光り、メギドと人間を分離しかけたことに希望を見出す。 そんな中、ストリウスは前回倒されたメギドのアルターブックをもう一人のターゲットに入れる。それは、前回の被害者であるマミの双子の妹・レミだった。レミを探す飛羽真と芽依の前に尾上が立ちはだかる。果たして、その真意とは？
飛羽真たちは大秦寺に今のサウザンベースの状況を聞く。大秦寺曰く、組織の長であるマスターロゴスとは直接、会うことができず、全ては柛代玲花を通じて指示があるとのこと。組織の真の敵は玲花なのか。思い悩む中、芽依がとんでもない発言をする。 「その一番偉いマスター何とかって人に直接会って話せばいいじゃん！」 大秦寺は否定するが、飛羽真とユーリは乗り気に。そして、サウザンベース侵入作戦が始まる。 一方、ストリウスもサウザンベースに侵入して禁書を奪うことを画策する。 それぞれの思惑でサウザンベースに侵入する飛羽真、大秦寺、そしてストリウス。飛羽真は謎の青年に導かれ、禁書を手にしたストリウスと遭遇する。その禁書はストリウスにも扱えないほどの強力な力を秘めていた。
ストリウスがサウザンベースの禁書庫から持ち出した本は偶然にも飛羽真の手に渡った。その力はあまりにも強く、制御不能な危険な本だった。 柛代玲花は、その本を取り戻すように剣士たちに伝える。場合によっては、神山飛羽真を斬ってでも・・・。それに反発する尾上。マスターロゴスと直接、話をするという尾上に対して、玲花はマスターの指示だと撥ね付ける。怒りに震える尾上だが、そらの一言である決意をする。そして、飛羽真に再び立ち合えと迫る。 「お前の全ての力をぶつけてこい」 そして、始まる飛羽真と尾上の真剣勝負。それを見つめる芽依とそら。勝負の行方はいかに？ 一方、セイバー・プリミティブドラゴンの力に完膚なきまでに叩きのめされたレジエルは復讐するべく再びセイバーを狙う――。
プリミティブドラゴンにより暴走を繰り返す飛羽真。倫太郎からワンダーライドブックを奪い、芽依を襲うプリミティブドラゴンを止めたのは最光・エックスソードマンと何とカリバーだった。 飛羽真はプリミティブドラゴンで暴走中に仲間を倒す悪夢を見る。このままでは組織の真の敵やメギドと戦う前に仲間を傷つけてしまうと思い悩む。 一方、倫太郎はマスターロゴスと謁見するが、飛羽真の危険性を改めて告げられる。そんな中、芽依が倫太郎を呼び出し、そこに飛羽真も現れる。久々に会う二人だが・・・。 その頃、ノーザンベースの尾上と大秦寺があの剣士によって急襲されていた。
カリバーの正体は死んだはずの賢人だった。 しかし、賢人は世界を滅びから救うために、全ての聖剣を封印すると告げて去る。 飛羽真達はきっとまた一緒に戦えると信じ、三度暴走したプリミティブドラゴンと向き合う。一方、賢人復活を伝えられた蓮は喜ぶが玲花に敵だと告げられる。 賢人に一体何があったのか？ 最初の闇黒剣の持ち主であるユーリが語る本をめぐる戦いの始まり。そして闇黒剣に秘められた力。ユーリは一人、賢人と対面するが戦いに発展する。 そして、遂にあの男が動き出す。
賢人は、未来を見たと告げた。必死に話をしようとする飛羽真に「これで話は終わりだ」と戦いになってしまい、遂に「世界を滅びから救うために、全ての聖剣を封印する」との言葉通りに大秦寺の音銃剣を封印してしまった。 飛羽真は、話はまだ終わっていない、今度こそ一緒に戦うと気持ちを新たにする。しかし、それにはプリミティブドラゴンを何とかしなければならない。飛羽真はプリミティブに乗っ取られた時に会う、不思議な少年と対話しようとする。 一方、セイバーへの復讐に燃えるレジエルはパワーアップした姿で現れ、バスター、最光を圧倒する。飛羽真を信じて戦うユーリ達、その様子を見つめる賢人、そして倫太郎は――。
セイバーを暴走させていたプリミティブドラゴン。それは一人ぼっちになり、死してなお仲間を求めるドラゴンの哀しい物語だった。その物語の続きを作った飛羽真はエレメンタルドラゴンという新たなワンダーライドブックを生み出し、復讐に燃えるレジエルを打倒した。それを目の当たりにした倫太郎はある決意をする。 そして、蓮は組織を離れ賢人と行動をともにすると一人、賢人の元へ向かう。 そんな中、芽依が編集長から飛羽真の代表作「ロストメモリー」の続編を作れないかと打診される。こんな状況の中、断られてもしょうがないと思いつつ、遠慮しながらも飛羽真にお願いすると、飛羽真は物語の始まりを語り出す。 一方、賢人と対峙する蓮。賢人と蓮の邂逅は何をもたらすのか？ さらにマスターロゴスの元に一人の男が現れる――。
覚悟を決めた倫太郎が遂に動く。芽依に飛羽真たちの元に戻ると決意を告げるが、その前に剣士としてのけじめをつけると単身、マスターの元へ向かう。それを聞いた飛羽真たちは、倫太郎の身に危険が迫ると考えサウザンベース に乗り込もうとする。マスターロゴスと対面し真意を問いただす倫太郎。マスターロゴスが語る真の目的とは。そして、倫太郎の前に新たな剣士が立ちはだかる。神代凌牙、またの名を仮面ライダーデュランダル！非常な剣士の刃が倫太郎に迫る――。
倫太郎がノーザンベースに帰って来た。真の敵がマスターロゴスだと分かり、燃える尾上たち。思い詰めた表情で仲間たちに頭を下げる倫太郎。そんな倫太郎を暖かく迎える仲間たち。その様子を微笑ましく見つめる芽依は自分に何かできることがないか考え、あるものを作り出す。 一方、聖剣を狙うストリウスとズオスは組織に戻った倫太郎をターゲットに、新たなメギドを作る。 メギドが現れ、現場に駆けつけた飛羽真と倫太郎。飛羽真の剣士としての成長に目を見張り、自分も張り切る倫太郎だった。あと一歩のところでメギドを追い詰めるが、そのメギドはなんと芽依だった――。
芽依を救えず自分の不甲斐なさ、無力さに打ちのめされた倫太郎。自分の存在価値に揺れ、ノーザンベースを飛び出してしまう。飛羽真自身もまた、メギドと人を分離できていない不安の中、再び現れるメギド＝芽依。 一人でメギドと戦うセイバー。芽依を分離しかけるが完全には分離できない。それでももう一度、とメギドに向かうセイバーの前にズオスが立ちはだかる。２対１の戦い、そして時折メギドから芽依に戻るメギドにピンチになるセイバー。果たして芽依を救えるのか？ そして、倫太郎は――。
自分を許せず、自分の存在価値に揺れていた倫太郎。自分を信じて疑わない飛羽真、芽依の思いに応え、自分を信じる、諦めない心を取り戻した。そんな中、マスターロゴスが本気で動き出す。狙うはノーザンベースに眠る“力”。マスターロゴスが放った矢がノーザンベースの結界を破壊し、凌牙と玲花が飛羽真たちの前に現れる。時を同じくして、ズオスとストリウスもノーザンベースに侵入していた。２つの敵の侵入に対して戦える剣士は４人。飛羽真とユーリはデュランダルとサーベラ、そして尾上と倫太郎は、因縁の相手であるズオスに立ち向かうが――。
ノーザンベースの全知全能の書の一部により新たな力を手にした倫太郎。しかし、玲花により音銃剣、土豪剣、雷鳴剣とワンダーライドブックが奪われてしまった。マスターロゴスの狙いは聖剣とワンダーライドブック。蓮と賢人も狙われるのではないかと動き出す飛羽真たち。蓮の元へは倫太郎、芽依、そして倫太郎が新たに手にした力を守るためにユーリも同行。しかし、そのユーリが・・・。そのころ、飛羽真は一人、賢人のもとへ向かう。久しぶりに二人きりで話す飛羽真と賢人。 しかし、その前にマスターロゴス本人が現れる。
飛羽真と賢人、マスターロゴスの前に現れたルナ。再会も束の間、ルナは消えてしまうが飛羽真はルナが生きていた喜びを噛み締め、賢人は戸惑う。そしてマスターロゴスは新たな禁書を開く。その本には古の不死の剣士・バハトが封印されていた。 「人がいるから、世界があるから、力があるから争いが起こる。全ては無に帰す」 剣士を次々と襲うバハト・仮面ライダーファルシオン。ユーリの口から語られるバハトの過去。そして、セイバーを巡って戦うファルシオンとカリバーを前にして最光がまさかの――。
友を信じきれず、自ら友を封印した過去を持つユーリは、賢人に自分の姿を重ね必死で訴えかけた。しかし、思いは届かずユーリは飛羽真を守って消えた。 戦いの最中、現れたルナ。しかし、ルナはサーベラに攫われてしまう。マスターロゴスの手元にはこれまで奪った聖剣とワンダーライドブックが並ぶ。準備は全て整ったと、ほくそ笑むマスターロゴス。 戦いのダメージで気を失う飛羽真。飛羽真が目覚めた時には仲間達がマスターロゴスと決戦に挑んでいた。そこに蓮、賢人も加わり、さらにはバハトも乱入し大混戦になる。仲間の元へ急ぐ飛羽真。今、全ての聖剣と鍵となるワンダーライドブックが揃おうとしていた。その戦いの果てに待つものとはー――。
封印され、奪われた剣を取り戻した大秦寺、そして尾上は剣の重みを噛み締める。ユーリも復活したが、消えてしまったルナのことが気にかかる。 そして、新たな力を手にしたマスターロゴスはその顔に不気味な笑みを浮かべ動き出す。剣士たちを呼び寄せ、その力を試すように剣士たちを弄ぶマスター。さらに空に巨大な本を出現させる。その本は賢人が見た未来そのものだった。マスターロゴスの意図とは？ そして、あの兄妹が動き出す――。
マスターロゴスが人類に宣戦布告し、賢人が見た破滅の未来まで時間はもう残されていない。 飛羽真とともに一緒に戦った凌牙と玲花の次なる行動は？ 賢人が自らを犠牲にして世界を救おうとしていると知った飛羽真と倫太郎は賢人の元へ走る。 蘇ったバハトはマスターロゴスの前に現れる。その真意とは？ 走る飛羽真の前には蓮が現れ、ユーリと芽依がバハトと対峙する。覚悟を決めた賢人に倫太郎、そして飛羽真の思いは届くのか？ そして、遂にマスターロゴスが現れ、世界崩壊までの時が動き出す。
飛羽真は賢人を救ったがその代償はあまりにも大きかった。世界各地の上空に浮かぶ本は健在。そして、世界各地で崩壊が進む。 その様子を様々な場所、様々な立場で見つめる剣士たち。 ノーザンベースの剣士たちは、飛羽真の思いを察し、飛羽真に賢人の元へ行けと促す。そして、自分たちは決死の覚悟でマスターロゴスに立ち向かう。倫太郎たちがマスターロゴスと戦う中、飛羽真は賢人に会い、雷鳴剣を託す。しかし、その剣を手に取らない賢人。そして、バハトが飛羽真の前に再び立ちはだかる。そんな中、世界の崩壊は最終局面を迎える。
かつて眼魔世界で究極生命体を作ろうとしていたダントン派の残党が地球で暗躍を始める。残党たちは究極生命体である深海マコトを誘き出すために彼の妹である深海カノンのコピーを町に放つ。大天空寺の天空寺タケルは眼魔世界から連絡を受けてコピーカノンを探すために町へ出動する。一方、飛羽真は町でマコトを探すコピーカノンに出会うが、デザストに彼女が絡まれたことでコピーカノンは錯乱して怪力で暴れ出してしまう。そこにタケルも合流し、コピーカノンを守るために彼女を狙うダントン派の残党と戦う。
深海マコトの妹である深海カノンはダントン派の残党に利用されるコピーカノンたちを案じて眼魔世界から地球へと向かう。倫太郎はカノンと出会うが、カノンとコピーカノンを狙うダントン派の残党が現れたことで彼らと戦うも、聖剣では眼魔世界のテクノロジーには通用しない。そこにマコトが現れ、倫太郎にタッセルから預かったワンダーライドブックを渡し、カノンとともに変身してダントン派の残党と戦う。
飛羽真が手にした新たな聖剣の力により、マスターロゴスが生み出した本は全て無くなり、消えていた街も元に戻った。マスターロゴスを一旦退けたが、柛代兄妹、蓮、そして賢人は飛羽真たちの輪に加わることはなかった。 一方、マスターロゴスは飛羽真が生み出した伝説の聖剣と、ルナの出現を感じ、全てを手にするべく動き出す。飛羽真を中心に剣士たちの思いで生まれた聖剣は、マスターロゴスの思惑通りなのか。そして、飛羽真は改めてマスターロゴスと話がしたいと皆に告げる。そんな中、凌牙と玲花、そして賢人は自らの意志である行動をとる。
スランプに陥っていた神山飛羽真は、ユーリから薦められた『機界戦隊ゼンカイジャー』を読み始めるが、須藤芽依やユーリと共に『ゼンカイジャー』の物語の中に入り込んでしまう。一方、ブルーンが開いた本により、五色田介人、ガオーン、マジーヌ、ブルーンの4人が『仮面ライダーセイバー』の世界に召喚される。この異常は、禁書を納めていたアガスティアベースで保管されていた45の『スーパー戦隊の書』と35の『仮面ライダーの書』を叛乱を起こした衛士アスモデウスが封印を解いたことにより、現実と物語の境界が曖昧になってしまったことによるものであった。 飛羽真や介人たちは書架にすべての禁書を元通りに戻すべく、駆けつけた歴代のヒーローたちと共に敵に立ち向かうが、その最中に謎の少年に出会う。
刃王剣の力に再び退けられたマスターロゴスだが、彼の手にあるオムニフォースライドブックは全てのワンダーライドブックを統べる力があるという。その力の最初の犠牲者となったのは、神代兄妹だった。オムニフォースが凌牙の持つライドブックに干渉し、デュランダルが玲花を襲う。 そして、次にマスターロゴスが狙いを定めたのはワンダーワールドを彷徨っている世界を繋ぐ存在・ルナだった。タッセルも必死にルナを探し回るが、マスターロゴスの魔の手が一瞬早くルナを襲う。一方、現実世界ではルナを狙うマスターの前に飛羽真、倫太郎、賢人が立ちはだかる。しかし、剣士たちはオムニフォースの力によって・・・。
マスターロゴスが壮絶な最後を遂げ、一つの物語が終わった。新たな物語の担い手はストリウスとなる。そのストリウスの前に現れるデザスト。 そして、ルナを保護したタッセルは遂に飛羽真たちの前に現れる。 人ならざる者の物語。全知全能の書、ワンダーワールドと何か。そして、力を手にしたがゆえに始まった現在に続く物語。過去が今につながり、選択を迫る。その選択が未来となる。誰が物語の結末を決めるのか。
飛羽真は力を手にすると現実世界から消えることを改めて突きつけられる。それは賢人が見た未来と重なる。それでも飛羽真はルナとも会い、皆とも別れない、新たな運命を切り開くと誓う。しかし、タッセルがルナ迎えに行った時、ルナの姿は消えていた。代わりにタッセルの前にストリウスが現れる。２０００年の時を超えて再会した旧友との出会いは何をもたらすのか？ 不死身であるデザストは傷ついた自らのブックを見つめて蓮に刃を向ける。それぞれの結末に向かって物語は進んでいく。美しい終わりを目指して――。
ワンダーワールドの守り人であるタッセルがストリウスの手にかかって倒れ、ワンダーワールドに異変が起きた。それを一旦は飛羽真たちが止めたが、ストリウスの手に、はじまりの5人が持っていた力の全てが揃ってしまった。 ストリウスが思い描く“美しい結末”に飛羽真が必要不可欠だという。そんなストリウスを止めるべく飛羽真たちが動く。そして、これまで一線を隠していた凌牙と玲花も自らの意志？で動き出す。ストリウス、飛羽真、凌牙、玲花が存在価値をかけて動き出す。 そして、蓮とデザストもそれぞれの存在をかけて激突する。 「もういい。お前に存在意義はない」 迷いの中にいる蓮に対してデザストが容赦のない一撃を放つ！
ストリウスがマスターロゴス、レジエル、ズオス、タッセル、そして自らの本の力をカリュブディスに喰わせ融合させた。そして、新たに生まれた謎の本。そのページが遂に開かれる。タッセル亡き後、崩壊を始めたワンダーワールドは飛羽真たちが一時的に楔を放ち侵食を留めていたが、ストリウスの新たな力によりその楔は外れ再び侵食が始まる。さらに、地下の墓所からある者たちを復活させる。それはかつて剣士たちの剣技を生み出し、マスターロゴスとともにソードオブロゴスを治めた四賢神だった。ストリウスと四賢神、そして剣士たちの世界存亡をかけた最終決戦が始まる――。
進むワンダーワールドの崩壊、それは現実の世界の崩壊を意味している。最後の戦いに挑む９人の剣士の前に、闇黒剣を手にしたソフィアが現れる。揃う１０人の剣士。しかし、ストリウスに辿り着くためには大量のシミーと４人の賢神が立ちはだかる。一方、自分の存在意義を知ったルナ、そして、自分もワンダーワールド崩壊の影響で消えかかってることを知った芽依も立ち上がる。 そしてストリウスが思い描く“美しき終わり”が明らかになる。
力尽き、倒れた大秦寺。そして、他の剣士たちも次々に倒れていく。ワンダーワールドの消失と世界崩壊が進む中、ルナの異変も加速する。自らも消えながらある決意をした芽依はルナと遭遇する。そして、遂に飛羽真はストリウスの元に辿り着く。全知全能の書に何が記されていたのか？ストリウスは残酷な真実を飛羽真に突きつける。それを知った飛羽真は？ そして、飛羽真とストリウス、物語の結末を賭けた最後の戦いが始まる――。
力の源、そして物語の源であるワンダーワールドが消えていく。世界から物語が消えていき、世界そのものも消えていく。 ユーリは消えかかりながら前に進む。飛羽真に一目会いたい一心で歩を進めるルナ。最後の力を振り絞る賢人と蓮。そして、ワンダーライドブックが力を失い、ワンダーワールドが消滅する。消える世界。消える飛羽真。 全ては全知全能の書に記された定められた結末へ――。 「あなたには忘れられない物語がありますか？」
小説のネタが浮かばず空を見つめる飛羽真、心配そうに見つめる芽依、倫太郎、そして賢人。その時、空に流れ星が！ しかし、その流れ星が飛羽真たち目掛けて落下してくる。 「着地成功オリヒメ。さあ仕事をするオリヒメ」 落ちてきたのは流れ星ではなく、別世界から来た謎の怪人だった。さらに、それを追ってきたゾックスが現れ大混乱に陥る。そんな中、オリヒメワルドの能力でお宝＝ワンダーライドブックを失った飛羽真たちは、ゾックスと行動を共にすることに。颯爽と変身するゾックスに、倫太郎の心の声が漏れる。 「何故踊るんですか？」
長きに渡る戦いが終わり、新しいワンダーワールドができた。そして、飛羽真が無事に帰ってきて弛緩した空気が流れる中、皆がそれぞれ新たな一歩を踏み出そうとする。凌牙は倫太郎を連れ出し、飛羽真も賢人を連れ出した。飛羽真が賢人を伴い向かったのは約束の場所だった。そこで飛羽真は賢人にある思いを告げる。その二人の目の前で一人の少女が見たこともない怪人に襲われる。聞けば飛羽真たちと同じように幼馴染３人がこの場所で会う約束だったとのこと。しかし、その３人はもうすぐバラバラになってしまう。そのことが今回の事件の発端となっていた。 新たな出会いが、新たな物語の始まりを告げる――。
神山飛羽真や剣士たちが命を懸けて世界を救い、飛羽真がワンダーワールドから帰還してから8年の歳月が過ぎ、飛羽真は須藤芽依や幼馴染で親友の間宮の手助けを受け、犬のラッキーと、かつて剣士たちの戦いで親を亡くして孤児となり、笑顔を忘れた陸という少年を引き取って養子に迎え自身の過去の贖罪の意味も込めて父親代わりに育てていた。 一方で、富加宮賢人も翻訳家となり、恋人の立花結菜との結婚を間近に控え、新堂倫太郎も再編されたソードオブロゴスの中心となり、それぞれが充実した日々を送っていた。 そんな中、ノーザンベースの剣士たちが、行方不明となっていた無銘剣虚無を手にした謎の剣士によって聖剣を残して次々と消失し、倫太郎は調査を始めるが、そこに仮面ライダーファルシオンに変身する彼の父親を名乗る篠崎真二郎という男が現れ、飛羽真や賢人の前にも仮面ライダーファルシオンが現れる。篠崎は剣士たちの戦いに巻き込まれた声なき犠牲者たちの恨みを晴らすために、人の人生を改竄して作り替えるアメイジングセイレーンワンダーライドブックを手に全ての剣士を消し去ろうとしていた。
