大都会の人込みを必死に逃げる青年・南光太郎。彼を追う３つの不気味な影は、暗黒結社ゴルゴムの大神官ダロム・バラオム・ビシュム。ダロムは光太郎が世紀王ブラックサンであると告げるが、光太郎は信じることが出来ない。「お前の体は人間ではない。その証拠を見せてやる。」痛め付けられた光太郎は、三神官の前で仮面ライダーBLACKに変身した。
南光太郎＝仮面ライダーBLACK。だがゴルゴムは彼を世紀王ブラックサンと呼ぶ。なぜ、何のために選ばれ改造されたのか？秘密を知る女・月影ゆかりにヒョウ怪人の黒い影が迫る。
SL列車から乗客が消えた。ゴルゴムの仕業と知った南光太郎は、残された少年の証言によってクワゴ怪人を追う。そこには大神官ビシュムの壮大な計略が待ち受けていた。
オートバイレーサー速水徹。黒松教授の甘い誘惑に乗った速水はレースでの優勝と引き換えにゴルゴムの暗黒の淵へと引き込まれていく。妹・恵子の目の前で野獣と化していく速水の体。今、恵子の涙が光太郎の心に怒りの炎を点した！
夜道を走る1人の放浪者、茜（あかね）。茜の故郷はゴルゴムの陰謀によって今や悪魔の里と化してしまった。村に響き渡るヤギ怪人の不気味な呪文。急げ光太郎！平和な里からゴルゴムの暗い闇を吹き払え！
オオワシ怪人によって連れ去られた青年・高野。画家を目指す彼は、ゴルゴムのによってコンピューター戦争の戦士に仕立て上げられていく。次々と消滅していくスーパーコンピューターの回路図。今、オオワシ怪人の眼光は光太郎の姿を捉えた。
ゴルゴムに操られた青年・森田を救うためバトルホッパーを駆る仮面ライダーBLACKだが、サイ怪人の猛攻の前にバトルホッパーは傷つき、倒れた。立て！我が友バトルホッパーよ！もう一度あの爆音を聞かせてくれ！
音楽を通して心を通わす英男と百合。だが百合の奏でるバイオリンはセミ怪人の手によって恐ろしい怪音波に変えられてしまった。立て！光太郎。ゴルゴムの侵略は音楽を愛する百合の心までも侵そうとしている。
ストリートクィーンを巡って争い合うかおると悦子。ゴルゴムに魅入られた悦子は若者の街をハチ怪人の手に売り渡してしまった。咆えろ！立て！光太郎。怒りに握った拳だけがお前の愛する街を守る。
次々と起こる誘拐事件。最強テロリスト集団の育成を目論むゴルゴムは第2、第3の光太郎、信彦を生み出そうとしていた。聞こえるか！光太郎。助けを求めるあの声が。今、信彦の秘密に近づく光太郎の前に、牙を剥き立ちはだかるトカゲ怪人。
ゴルゴメスの実、それはゴルゴムの怪人たちの貴重な食料だった。次々とと目覚める怪人たちのために三神官はゴルゴメスの地上栽培に踏み切った。急げ光太郎。禁断の果実から人間の体を守ってくれ。手強いサボテン怪人に炎のパンチをぶち込むのだ。
人知れぬ山中でバイクの特訓を重ねる大門少年。彼には親子三代にわたる超マシン完成の夢が隠されていた。バイクにかける男たちの命が仮面ライダーの心を動かすとき、遂にその姿を現すスーパーマシン“ロードセクター”。爆音上げて突っ走れ！夢をかなえる時は今だ。
平和を侵す白い泡、次々と母親をさらうカニ怪人。母親を奪われた少年・太一のために戦う仮面ライダー。だが屈強のカニ怪人はライダーパンチさえも跳ね返してしまった。負けるな光太郎。もう一度熱き血潮を滾らせるのだ。
ゴルゴムの悪魔博士・黒松教授の大発明。恐るべきタウリンエキスを注入されパワーアップしたマンモス怪人が冷凍ガスで暴れまわる。勝てるか仮面ライダー。エキスの意外な原料とは何か？
ゴルゴムの新計画。恐怖の怪人カリキュラム。イワガメ怪人のコントロールで平和な学校が地獄になった。水槽の小さなイワガメが巨大化して暴れまわる。子供たちを、先生を救え仮面ライダー。
ゴルゴムはウルトラ・クォーツを使って首都埋没を企んでいた。三神官のターゲットとなった柳博士の前に現われた謎の男・滝竜介。光太郎と滝、敵なのか味方なのか。二人を結ぶ鍵を握るのはゴルゴムに囚われた秋月信彦だった。悪の野望を砕くため、怒りの炎をキックに変えろ！
杏子の見る夢、それは囚われた信彦との美しい思い出。だが三神官の契約は杏子からそんな夢さえも奪ってしまうのだった。信彦の影に引かれるまま闇の世界に消えゆく杏子。杏子を守れ、仮面ライダー！おまえの放つ炎の剣で愛する人の涙をぬぐえ！
仮面ライダー抹殺の命を受け長き暗闇の眠りから目覚めた男。かつては三神官さえもその剣の前にひざまずかせた男、それが剣聖ビルゲニアだ。ライダーの身体を切り裂く狂気の刃。立ち向かえ光太郎。負けていいのか邪悪の剣に。
ゴルゴムの大博士・黒松教授が光太郎のもとに助けを求めてやって来た。黒松は本当にゴルゴムを裏切ったのか？剣聖ビルゲニアとオニザル怪人の死の罠が、黒き英雄の伝説に最大の危機をもたらす。負けるなライダー。帰らぬ友のために。邪悪の剣をはねのけるのだ。
ビルゲニアの出現で追いつめられた三神官は、遂にライダーに対する総力戦に踏み切った。一人の少女とともに破滅の罠にのみ込まれていく光太郎。ライダーの闘志、三神官の暗黒超力が全面対決。くじけるな、勝利のチャンスはきっと来るはずだ。
三神官のターゲットはバトルホッパーに絞られた。タマムシ怪人によって狂わされたバトルホッパー。もはやライダーの声は届かないのか。荒馬と化したバトルホッパーとライダーの乗るロードセクター。2台の超マシンが戦いの火花を散らす。
茂少年がひろった不思議な生物マルモ。それはアンモナイト怪人の体の一部だった。マルモを求め、茂を狙うアンモナイト怪人。
女子大生を狙うゴルゴムの企み。それは女戦士作成のための恐怖のオペレーション。謎の教授高山の誘惑に、克美さえもが連れ去られた。救出に向かう光太郎にせまる絶体絶命の包囲網。蹴散らせライダー！ あくどいシーラカンス怪人から愛と自由を取り戻せ。
ゴルゴムの秘密工場で刻々と完成されていくマシン。それはロードセクターさえも凌ぐスーパーバイクだった。遂に超マシンを手に入れた剣聖ビルゲニア。ライダーかビルゲニアか。時速800Kmの風となり戦いの荒野を駆け抜けていく２台のスーパーマシン。
ある日突然、スーパーパワーを身に付けた少女麻美。だが麻美の中には一匹の悪魔が宿っていた。恐るべき力で街を破壊する少女。正義の光を放ち、戦え、光太郎！麻美の体から卑劣なバッファロー怪人を追い出し、天使の笑顔を取り戻すのだ。
あらゆるエネルギーに反応し爆発するイラガ怪人の前に全ての機能がストップした街には、心臓手術を待つ少年・久男がいた。だが三神官の仕掛けた罠に光太郎は追いつめられる。変身不能！負けるな光太郎。手術台で待つ久男におまえの勇気ある戦いを見せるのだ。
ビルゲニアの引き起こす悪夢のゴールドラッシュ。オオガネムシの虜となった大人たちは一人の少年サトルの心を引き裂いた。計画を阻止しようとする光太郎。だがその声を聞こうとするものは一人もいなかった。くじけるな！サトルの味方は君だけだ。正義をもたらす男は君しかいない。
三神官のターゲットとなった日本初の宇宙飛行士たち。その中には克美の先輩・君枝がいた。アルマジロ怪人によって命を吹き込まれたマネキン人形。計画に気づいた克美に迫るビルゲニアの魔剣。宇宙にかけた夢を救うため、南光太郎は立ち上がった。砕け！悪の野望。
刑事・滝竜介。ハワイを一人旅立った美少女ラナを追って日本にやって来た滝は光太郎と再会した。ラナの持つ神秘の力とは何か？巨大な謎に立ち向かう滝と光太郎。轟け！ビックマグナム。火を噴けライダーキック。最強のコンビが見せる、最高のファイティング。
罪もない子供たちを狙うゴルゴムの企み。ヤマアラシ怪人のニュー少年戦士育成計画をぶち壊すために立ち上がった4人の少年たち。ライダーと少年戦士たち、栄光の共同戦線が今ここに復活する。行け！光太郎。4人の仲間とともに悪に染まった天使の世界を破壊しろ。
大神官ビシュムの作り出す悪の世界。暗黒の中に一人投げ出された少女ユキを助けるために光太郎もまたその真っ只中に飛び込んだ。キノコ怪人の容赦ない攻撃が光太郎を襲う。倒せ、卑劣なキノコ怪人。おまえの心の熱き炎で邪悪な幻を打ち破れ。
ゴルゴムの作戦を目撃してしまった車椅子の少年トオル。トオルに迫るベニザケ怪人の前に光太郎は立ちはだかった。戦え！光太郎。少年に再び立ち上がる勇気を与えるために。見せてやれ、ライダーキックの大威力。
シャドームーン復活の絶対命令を受けた三神官は杏子の生命エネルギーの注入を開始した。だが世紀王の邪剣はビルゲニアに奪われてしまう。スーパーパワーを手に入れたビルゲニアとライダーの命を賭けた大決闘。そしてシャドームーンのカプセルが怪しく輝き始めた。
今や無敵となったビルゲニアの前に傷つき倒れた仮面ライダー。街は無法の荒野となり人々は狂った野獣と化した。再び正義の戦いを挑む光太郎。だが、ビルゲニアの振り上げたサタンサーベルは天空高く飛び去った。今、地響きと共に悪の後継者が姿を現す。
光太郎と信彦、二人を飲み込んだ邪まな運命は最後の対決へと走り始める。三大怪人へと生まれ変わったダロム、バラオム、ビシュムは一大攻勢を開始した。
北海道・夕張に向かった光太郎たちを狙うゴルゴムの使者・ケラ怪人。ターゲットとなった克美がシャドームーンの意のままに光太郎を襲う。
坂田代議士が結成したEP党。だが彼らは笑顔の下で牙を剥く悪魔の集団だった。見破れ！奴らの黒い罠を。
爆発的人気の新人歌手・大井裕子。だが少女の影には悪魔が潜んでいた。ビシュムの作戦は光太郎さえも裕子の虜にしてしまう。
カラテ名人・高杉とともに修行に励む少年サトル。だが、怪人を追う光太郎との出会いによって高杉の意外な秘密が暴かれてしまった。
タイムトラベラー・大一と万作を追って、渦巻く時間の流れに飛び込んだ南光太郎。失われた時間の中で出会ったものは？
超能力少年ユウキの霊的エネルギーを利用して怪人復活を企むハエ怪人。次々と甦る怪人たちの前に光太郎さえもなす術がなかった。亡霊怪人に占拠される首都東京。怒りと憎しみに満ちた街に光もたらすために、黒きファイターは立ち上がった。
シャドームーンの作り上げた未来マンション。それは怪人育成のための地下帝国への入り口だった。一人の少年リョウによって暴かれた恐怖の策略を叩き潰すため、光太郎が新たなる戦いを挑む。燃やせ！熱いパワー。壊せ悪魔の楽園！
ゴルゴムのワープ装置によりバラオムの秘密基地と繋がってしまったイサオ少年の部屋。バラオムの東京水没作戦壊滅のため、黒きヒーローの激闘が始まった。次々と捻じ曲げられていく空間を光太郎の怒りが貫いていく。走り抜け！悪の空間。許すな！悪魔の大怪人。
Kotaro Minami reflects on the events that lead to his ultimate destiny, as Kamen Rider Black and his fight against Golgom. Looking over allies, weapons and monsters, it all leads up to his final battle with Shadow Moon, for the title of Golgom's Century King...
西暦2000年。日本アルプスで謎の古代墳墓が発見された。遺跡に記された古代文字の解析を任された沢渡桜子はそこから「死」と「警告」という不吉な意味を読み解く。その夜、発掘現場で異常が発生。翌朝、現場に到着した五代雄介は遺跡で不思議なベルトを目撃。雄介は桜子にベルトの古代文字の解読を依頼する。
五代雄介が白い戦士に変身し、クモのような怪人と死闘を繰り広げたその夜。長野市内では、翼を持った謎の存在が人々を襲撃する怪事件が起きていた。未確認生命体と命名された怪人を追う長野県警の一条刑事は、事件現場に向かう途中、雄介と再会し、雄介がベルトの力で白い戦士に変身して戦っていたことを知る。
怪我を負った一条刑事を病院に運んだ五代雄介は、東京へと戻って行った。雄介を戦いに巻き込んだ自責の念をぬぐえない一条は、本部長から未確認生命体の射殺命令を通達されてしまう。自分の命を救った白いクウガ＝未確認生命体第2号と赤いクウガ＝未確認生命体第4号は射殺の対象から除外すべきと主張する一条だが……。
未確認生命体第4号と第5号が出現したという情報を聞いた一条は、雄介の安否に危機感を募らせていた。未確認生命体の射殺命令が通達されていたのだ。そんな時、東京の本庁に捜査本部が設置され、一条が長野県警代表として出張することに。一条は、雄介を呼び出し、クウガに変身しないよう説得しようとするのだが……。
一条刑事は関東医大病院の椿秀一の元に雄介を連れていき、身体の調査を行った。その結果、雄介の身体は他の未確認生命体の体組織と同じような特徴を持ち、ベルトから全身に神経組織のようなものが広がっていることが判明。いずれ雄介も他の未確認生命体のように戦うための兵器になってしまうのではないかと危惧を抱く。
杉並区に出没した未確認生命体第6号ズ・バヅー・バとの闘いの中で、身体が赤から青に変化したクウガ。しかしジャンプ力は増したものの、パンチ力が衰え、ズ・バヅー・バに追いこまれてしまう。この戦いで重傷を負った雄介だが、平気な顔をして病院を抜け出してしまう。一方、桜子は雄介の妹・みのりに会ってみることに。
一連の事件が発生してから3ヶ月が経ち、解決の糸口さえ見出せない一条は、苛立ちを隠せないでいた。そんな中、一条の元に未確認生命体事件の遺族が訪ねてきた。第0号の謎を解明してほしいと訴える遺族に、一条は城南大学の桜子を紹介する。その頃、街では何かに頭頂部から身体を貫かれるという事件が次々と発生していた。
空から迫る怪人メ・バチス・バとの戦いの中で、身体が青から緑に変化したクウガだったが、知覚が増大したことで怒濤のように押し寄せる周囲の音と映像に困惑。バランスを崩し、怪人と対峙していた高所から墜落してしまう。雄介は、椿医師の検診をうけ、体内の霊石の疲弊によりあと2時間は変身できないことを告げられる。
これまでの捜査で、未確認生命体がひとつの場所に集まるという習性を確認した一条刑事らは、未確認生命体の特殊なフェロモンを嗅ぎ分ける警察犬を導入することで、彼らが集まる場所をつきとめようという結論を出した。一方、雄介と桜子は、白、赤、青、緑に続く、クウガの変身形態を解明するため、碑文の解読を進めていた。
怪人メ・ギイガ・ギと戦うクウガだが、その攻撃は怪人の柔らかい身体に吸収されてしまう。一条と合流した雄介は、碑文に書かれている、剣を持つという未知の形態のクウガならば怪人に勝てると考え、剣道の訓練を始めた。一方、みのりは戦いに明け暮れる雄介の姿に、兄は変わってしまったのではないかと不安を募らせる。
3月25日。雄介はある約束のため、母校の小学校へ向かっていた。そんな時、未確認生命体第22号怪人ズ・ザイン・ダが出現。雄介は、桜子に約束の相手へのメッセージを託して、ズ・ザイン・ダに立ち向かう。果たして雄介が交わした約束とは……。
怪人ズ・ザイン・ダの猛攻を受け、大ピンチのクウガ。だが、そこへ新たな怪人が現れ、戦いは中断された。その頃、桜子は13年前に雄介が再会の約束を交わした恩師・神崎昭二と出会い、再会場所である雄介の母校へ向かっていた。ズ・ザイン・ダの前に苦戦する雄介は、果たして恩師との約束を果たすことができるのか。
未確認生命体による水上バス惨殺事件の現場で、首にタトゥをした不審な人物が逮捕された。蝶野という名のその男は、未確認生命体ともとれる発言で警察を挑発する。念のため一条は、椿医師に蝶野の検査を依頼。椿の元に呼ばれた雄介は、未確認生命体に憧れる彼に疑問を抱く。そんな中、未確認生命体第23号が出現した。
未確認生命体第23号怪人メ・ビラン・ギの前に苦戦するクウガは、一条刑事の助けで辛くも危機を脱した。激戦の中で負った傷の手当をするため、関東医大の椿医師のもとを訪れた雄介は、そこで蝶野と再会。生きることに背を向ける蝶野に語りかけるが……。
事件が解決したのも束の間、未確認飛行体の出現で捜査本部は緊迫していた。そんな中、一条に思いを寄せる婦警・望見は、一条に誕生日のプレゼントを手渡そうとするが拒否される。落ち込む望見に榎田は、一条の誕生日は父の命日でもあり、特別な日なのだと聞かされる。一方、怪人を追うクウガの頭上に未確認飛行体が現れた。
クウガのもとに飛来した未確認飛行体はトライチェイサー2000と合体し、新しいマシン・トライゴウラムとなった。だが、それも束の間、未確認生命体第24号怪人メ・ギャリド・ギが運転するトラックに激突されてしまう。間一髪、危機を脱したクウガは敵を爆発の中に葬った。一方、一条の母が倒れたという知らせが入る。
未確認生命体第24号事件が解決したのも束の間。未確認生命体第25号怪人メ・ガドラ・ダが現れた。一条からの連絡をうけた雄介は、直ちに現場に急行。警官を惨殺するメ・ガドラ・ダに挑むが、戦いの中で、トライチェイサーのコントロールパネルを破壊されてしまった……。
すがすがしく晴れ渡ったある日、1808番目の技・ストンプの練習をしていた雄介の元に、一条から未確認生命体出現の知らせが入る。雄介は現場に急行、未確認生命体第26号怪人メ・ギノガ・デと対決する。赤いクウガに変身した雄介は第26号に対して優位に立ったと見えたが、怪人が吐いた毒胞子を吸い込んでしまった。
未確認生命体第26号怪人メ・ギノガ・デに毒胞子を吹きかけられ、緊急入院した雄介は、懸命の救急措置を受けたにも関わらず心停止状態に陥り、椿の努力も空しく、遂に死亡してしまう。椿から雄介の死を知らされた一条は事実を受け入れ、みのりに事態を告げる。しかし、みのりは雄介の生還を信じ続けていた。
死の淵から生還し、第26号を倒した雄介は、その身体を調べるために、一条と共に椿のもとを訪れた。さらに2人は、雄介の安否を心配していた桜子、みのり、奈々、そして榎田たちを次々と訪問。雄介は元気な笑顔を振りまいていく。しかしその頃、第26号の破片から新たなる怪人、ギノガ変異体が誕生しようとしていた。
東京・長野間を往復して謎の行動をとる未確認生命体第3号怪人ズ・ゴオマ・グが目撃され、合同捜査本部では未確認生命体の新たな動向に警戒を強めていた。一方、雄介は、ゴウラムを調査したいと希望する桜子とジャンを科警研の榎田のもとに案内していた。そんな中、未確認生命体第31号怪人メ・ガルメ・レが現れる。
クウガと未確認生命体第3号怪人ズ・ゴオマ・グの戦いは、謎のライダーによってさえぎられた。雄介と合流した一条は、第3号が残した超音波の航跡をもとに、未確認生命体たちの集合場所を突き止め、そこでバラのタトゥの女と遭遇する。しかし女は、一条を全く意に介さず、バラの花びらだけを残して再び姿を消してしまう。
未確認生命体と戦っている内に、体に電流が走ったような感覚を意識するようになった雄介は、その謎を解くため、桜子にさらなる碑文の解読を頼んでいた。しかし桜子は、ある碑文を見つけたことから思い悩み、関東医大病院の椿を訪ねる。その帰り道、桜子が乗った電車の中には、なんと未確認生命体B郡6号の人間体が……。
クウガはトライゴウラムで未確認生命体第36号怪人メ・ガリマ・バに立ち向かうが、通用しない。一条たちは、第36号の殺人の法則性を探るため、被害者の多くが持っていた遺留品のライターを手がかりとして、聞き込み捜査を続ける。一方、図書館に出かけた桜子のバッグには、第36号の被害者が持っていたライターが……。
紫のクウガが強化された姿に変わってから1ヶ月。雄介はあのビリビリの影響で、紫のクウガのほかに、赤、青、緑のクウガも強化されそうだと予感していた。その頃、未確認生命体第37号怪人ゴ・ブウロ・グが暗躍を開始。そんな中、雄介の恩師である神崎先生の教え子が、栃木から東京へ向ったという連絡が飛び込んできた。
ライジングペガサスになったクウガは未確認生命体第37号に向けて空気の矢を放つが、とどめを刺すことはできず、エネルギーを失って変身を解除してしまった。変身できなくなった雄介は、恩師・神崎の現在の教え子で、東京に１人で来ているという霧島拓を探すため下町を走り回り、とある神社で拓に声をかける。
夏のある日。雄介と桜子が店番をする一方で、おやっさん、奈々、みのり、みのりの同僚である恵子たちはプールに出かけていた。そんな頃、プールで殺人ゲームを行う未確認生命体第38号怪人ゴ・ベミウ・ギが出現。一条からの連絡で雄介は現場へ向うが、そこへ、あの謎のライダーが現れた……。
謎のライダーが変身した怪人ゴ・バダー・バに、クウガは苦戦を強いられた。戦いの後、一条と合流した雄介は、未確認生命体の犯行に法則性があることを推測する。一方、ついさっきまで泳いでいたプールが未確認生命体の犯行現場になったことを知り、ショックを受けた恵子はお腹に子供を宿していたため、大きな不安を感じる。
クウガの金の力は、雄介の強くなりたい、という意志に呼応して、雄介の体内の霊石アマダムが生み出したものであることが判明。椿はさらなる変化を続ける雄介の体を案じるが……。その頃、未確認生命体第39号が暗躍を開始。事件の中、かつて雄介に命を救われた蝶野潤一が戦いに巻き込まれてしまう。
怪人ゴ・ガメゴ・レの前にクウガは倒れ、雄介は椿の元へ運ばれた。同じ頃、ガメゴ人間体との接触で意識を失った蝶野もまた椿の病院へ運ばれる。やがて、ゴ・ガメゴ・レが再び出現、雄介は赤の金の力を使う決意を固め、怪人に挑む。しかし、その頃、蝶野は椿に向かって雄介の戦いに非難の言葉を浴びせていた……。
未確認生命体第39号怪人ゴ・ガメゴ・レを赤の金の力で倒した雄介だったが、第39号の大爆発による被害は甚大で、マスコミの追求に対して警察当局も第4号の単独行動であることを強調する。そんな中、未確認生命体第41号怪人ゴ・バダー・バが出現。ゲームを開始したゴ・バダー・バは、バイクで人々をひき殺していく。
ゲームを開始した未確認生命体第41号怪人ゴ・バダー・バ。不調のトライチェイサー2000では対抗できないと感じた一条は、科警研が開発したビートチェイサー2000の発動を要請する。だが警察上層部は、第39号の大爆発によって世間が敏感になっていることを受け、ビートチェイサーの使用禁止の通達を出す。
ゴウラムとの合体による金属疲労と怪人ゴ・バダー・バとの戦いによって、ついにトライチェイサー2000はリタイアを余儀なくされる。諦めずにゴ・バダー・バに立ち向かう雄介は、ゴウラムを使ってこれを追うが、超速により振り切られてしまう。万策尽きたかと思われたその時、陽炎の向こうから新たなるマシンが現れた。
緑川学園二年の男子生徒が連続して怪死を遂げるという事件が発生。なんとその被害者が、いずれも4日前に怪しい青年から死を宣告されていた、という噂があることが分かった。一方、長野でも虐殺事件が起こり、現場に残された謎の文字の解読のため桜子は長野へ向かうが……。
緑川学園二年の男子生徒を殺す、というルールを揚げ、殺人を重ねる未確認生命体第42号怪人ゴ・ジャラジ・ダは、獲物としていた生徒のひとりが自殺してしまったため、新たな獲物を狙って暗躍。雄介と一条は、ゴ・ジャラジ・ダに狙われた少年を守るため、少年が保護された病院を警備するが……。
未確認生命体惨殺事件の現場に残された文字を調べる桜子は、一条に対して、その文字が元々グロンギの文字だったのではと語る。一方、東京では怪人ゴ・ザザル・バが殺人ゲームを開始。しかし、そのザザルの前に、謎の破片を腹に押し込み変化したズ・ゴオマ・グが出現。クウガは、互いに争う怪人たちに挑みかかる。
桜子が信濃大学で、復元された遺跡に刻まれた「戦士」の文字を調べる一方、東京では未確認生命体第3号のズ・ゴオマ・グと第43号ゴ・ザザル・バの出現に対して雄介や桜井たちが奔走していた。やがて、一条が長野から帰還。雄介と一条は探知された音波を辿って第3号へ向かう。しかし、第3号が降り立った廃工場には……。
バラのタトゥの女に傷を負わされた一条は、関東医大に運ばれた。一条の分までがんばろう、と思う雄介は、未確認生命体第43号ゴ・ザザル・バのゲームのルールに思いを巡らせる。しかし、そんな中、再び未確認生命体第3号ズ・ゴオマ・グが、行動開始。2体の未確認生命体に対して雄介は苦慮するが……。
都内で殺人ゲームを続ける未確認生命体第43号ゴ・ザザル・バと、千葉県で暴れる未確認生命体第3号ズ・ゴオマ・グ。急行した雄介は桜井の援護を受け、第43号をからくも打ち倒した。さらに一条と合流した雄介は、警官たちを襲う第3号に挑むが、より強力な姿、ズ・ゴオマ・グ究極体に変貌した3号に圧倒されてしまう。
未確認生命体第0号が、他の未確認生命体の大量惨殺を続ける中、雄介たちは城南大学でそれぞれの研究の成果を報告していた。復元された遺跡の壁に描かれた碑文。桜子はその中に、第0号を表すと思われる4本ヅノの「戦士」と似た文字を見つけていた。そんな時、新たな未確認生命体が旅客機を襲撃したという報告が入る。
未確認生命体第44号怪人ゴ・ジャーザ・ギに迫るクウガは、突如海中から攻撃を受けて傷を負った。一方、オーディションに出掛けた奈々は、ポレポレに着くなり「誰かを殺したいと思ったことない」と言うと、おやっさんの言葉も聞かず店を飛び出してしまう。事情を知った雄介は、奈々を捜しだし、奈々に語りかける。
未確認生命体第45号怪人ゴ・バベル・ダが現われ、これまでにない大規模な殺人を街中でくり広げていた。駆けつけたクウガも苦戦を強いられるが、一条の放った未確認生命体用強力弾（筋肉弛緩弾）によってなんとか危機を脱した。その後、科警研で会議を終えた一条は、長野から久々に上京した夏目実加を訪ねる。
ゴ・バベル・ダを倒し、束の間のやすらぎを許された一条は、夏目実加が参加するフルート演奏コンクールの会場へ向かった。そこで一条は昔の同僚・桂木と出会う。会場で不審人物を見かけたという通報があり、その後コンクールの主催者も会場から姿を消したため捜査に入っているという。桂木は捜査への協力を申し出るが……。
次々と強力になる未確認生命体に対して危機感を強めた合同捜査本部は、科警研の榎田に対策を依頼。ひかりは第3号の解剖結果などに基づき、新装備の開発を進めていた。一方、クウガとしての強化を図る雄介は、ジャンの言葉をヒントにして椿のところへ向かう。そんな中、未確認生命体第46号怪人ゴ・ガドル・バが出現する。
ついに未確認生命体第46号怪人ゴ・ガドル・バがゲゲルを開始した。新たなる力を身につけたゴ・ガドル・バの前に、クウガも瀕死の状態に追い込まれてしまう。一方、第46号の出現によって息子・冴の授業参観への出席を断念し、神経断裂弾の開発に取り組む榎田ひかり。しかしそのため冴は傷つき、部屋にひきこもる。
第0号との戦いのために金の力を強化しようとしていた雄介は、金の力を操るようになっていたゴ・ガドル・バによって倒された。雄介の想いを桜子から聞いた椿は、再び雄介への電気ショックを試みる。一方、ひかりが完成させた神経断裂弾でゴ・ガドル・バ、さらにはラ・ドルド・グに挑む一条は、バラのタトゥの女と遭遇する。
クウガや警察の活躍によって怪人ゴ・ガドル・バは倒された。しかし、それは同時に第0号が究極の闇をもたらすことを意味していた。雄介は、黒の金のクウガとなってこれに挑むが、ダグバの完璧な非道さの前に敗れ去る。なんとしてもダグバを倒したい雄介は、遂に一つの結論にたどりつき、そのことを一条に打ち明ける。
第0号を倒すため「凄まじき戦士」になることを決意した雄介は、最終決戦を前に、彼を支えてくれた人々に改めて挨拶をするため、一人バイクを走らせていた。一方、バラのタトゥの女と遭遇した一条は強化型神経断裂弾を撃ち込み、その存在を海に沈めることに成功。そして雄介は一条と共に、第0号の待つ九郎ヶ岳へと向かう。
究極の闇をもたらす者、ン・ダグバ・ゼバを倒すため、凄まじき戦士、アルティメットフォームに変身した雄介。白一色の雪原を赤い血で染めながら続いた文字通りの死闘は、ついに決着した。そして、それから3ヶ月の時が経った……。
容体が急変した恵里を置きざりにして戦いに赴く蓮。そんな蓮の決意を知った優衣は、自ら兄・神崎士郎との対決に挑む。一方、そんな蓮がナイトに変身する姿を目撃してしまった少年・拓也。仮面ライダーに憧れた拓也は、真司のカードデッキを奪うが……。
13人目のライダー・オーディンは「タイムベント」のカードを使った。真司が気がついたとき、時は2002年2月にさかのぼっていた。否応なしに同じ出来事を繰り返しながら、再び時は流れていく。未来の記憶が薄れる中、必死の抵抗を試みる真司だったが……。
令子に持ちこまれた見合い話。これも勉強、と軽い気持ちで引き受けてしまった直後から、令子はストーカーにつけ狙われ、ついには拉致されてしまう。犯人は誰か。令子はどこに？ 普段の確執を捨てて、共同作戦を張る面々だったが……。
弁護士・北岡秀一を婚約不履行で訴えたのは、元秘書の浅野めぐみだった。色めきたつ真司に、義憤に燃える令子。そして吾郎とめぐみとの間にくり広げられる、新旧秘書対決。だが、めぐみには北岡も知らない秘密があった。
無人で漂流していたフェリーのたったひとりの生存者・浜崎実加は、3匹の化け物を見たと証言。そこに浅倉の影を見てとった真司と蓮は警察・海保合同の実況検分に潜り込むが、再び人が消え始め、航海は悪夢と化す。実加と浅倉との間に、いったい何が？
浅倉はもはや、3体の契約モンスターを押さえきれなくなっていた。浅倉の自滅をうながそうとする蓮と北岡。だが真司は、浅倉でさえ必要としている人間がいると考えていた。一方、「高見士郎」の謎を追う令子は、アメリカでの士郎の指導教授と面会する。
ミラーワールドから帰還するところを、新記者・めぐみに目撃されてしまった真司。その日から、めぐみは真司の秘密を解明するために、真司をつけ回しはじめる。一方、着実に連続失踪事件の手がかりを積み重ねてきた令子は、一つの着想にたどり着いていた。
「高見士郎」の手がかりを求め、401号室実験の謎に迫る令子は清明院大学を訪れるが、元江島研究室の仲村の口は固い。一方、吾郎は北岡と浅倉との対決を、なんとしても避けようとするのだが……。そして、恵里の命を賭け、蓮は龍騎との決戦に突入する。
恵里の命が、あと数日であることを知った蓮は、最後のライダーになって恵里を救うため、なりふりかまわずに戦いに走る。そんな蓮を救うには、ライダーの戦いそのものを止めるしかない。その方法を探す真司の前に、新たなる仮面ライダー・タイガが現われた。
戦いにはやる蓮と呼び合うように、長い昏睡から目覚めた恵里。しかし、オーディンを倒した勢いに乗った蓮は、王蛇との対決をめざして、浅倉の護送車を追う。そんな蓮を追って走る真司と優衣だったが、優衣の周辺には黒い影がつきまとい始めていた。
ミラーワールドに引きずり込まれた優衣を追う、龍騎。敵は、どうして優衣を狙うのか。その正体は誰か。そして、優衣が生身でもミラーワールドに平気でいつづけられるのはなぜか。真司の脳裏に、手塚の遺した「神崎優衣から目を離すな」という言葉がよぎる。
ほんの一時的な覚醒から、いつ昏睡状態に戻ってしまうか分からない状態の恵里。しかし蓮は、優しい言葉ひとつかけることなく、彼女の元を離れる。一方、清明院大学・香川研究室の東條悟が、花鶏でアルバイトすることに。それは偶然なのか、それとも……。
同志のはずのオルタナティブを裏切り、あっさりと倒したタイガ。一方、恵里を失った蓮は、優衣が狙われていることを知り、再び立ち上がった。その前に立ちはだかる香川教授。あくまでも優衣を亡き者にしようとする、揺るぎない信念が、蓮と激突する。
暴走するタイガを牽制しながら英雄を説く香川教授。だが、優衣を亡き者にせんとする香川に対し、神崎士郎は彼の妻子を人質にとって揺さぶりをかける。一方、策を弄して浅倉の担当弁護士に収まった北岡の指示で、浅倉は厳しい拘禁下に置かれるが……。
家族を犠牲にしても英雄の道を貫こうとした香川に、ますます傾倒する東條悟。一方、神崎士郎の謎を追って、香川研究室をかぎまわる令子。そんな彼女を排除しようとする悟と対決する北岡。そして、仮面ライダーインペラーを名のる謎の青年が暗躍を始めた。
優衣を守ろうとする真司・蓮と、殺そうとする香川・悟。その間を飛び回り、うまく自分を売り込もうとするインペラー。一方、悟が英雄に取りつかれることを危惧した香川は、悟に人間らしい気持ちを取り戻させようとしていた。そんな悟を探す浅倉は……。
モンスターたちを自在に操った優衣は、ミラーワールドに姿を消した。オルタナティブ・ゼロはタイガの前に倒れ、スポンサーを失ったインペラーは次なるスポンサーを求め歩くが、北岡には拒絶されてしまう。一方、悟は浅倉の挑戦を受け、死闘が始まった。
父の死で、莫大な資産を遺贈されたインペラー。いい暮らしがしたいがためにライダーになった彼だったが、一夜にして願いがかなってしまう結果となった。だが、ライダーとしての運命は彼を離さない。一方、王蛇・ゾルダに痛めつけられたタイガは……。
インペラーを倒し、英雄に近づいたと思うタイガは王蛇に再戦を挑む。深く落ち込む真司をよそに、優衣たちはクリスマスの準備で大忙し。だが、そんな優衣の体が、ミラーワールドで時間切れを起こしたときのように蒸発を始めた。一方、ミラーワールドでは……。
誰かを助けるためにライダーになると誓った真司。しかし、優衣を襲っている危機はモンスターを倒せば済むような問題ではなかった。本当に優衣を救うために行動しているのは神崎士郎ではないのか。一方、タイガが全ライダーを招集し、最後の決戦を挑む。
20歳の誕生日とともに、消滅する運命にある優衣を救いたい。戦う決意を固めた真司と蓮の壮絶な戦い。迷いを捨て去り、ライダーの戦いに没入していく真司に、蓮は、北岡は……。そして、優衣の過去に迫る蓮。そうするうちにも、タイムリミットは近づいていく。
優衣の誕生日まで、あと3日。タイムリミットを宣言した神崎士郎は全ライダーを召集し、最後の決着をつけることを求める。20歳の誕生日とともに、消えゆく優衣の運命を覆すために。そして、明かされていく優衣の過去。12年前、幼い妹と兄に、何が起こったのか？
優衣の誕生日まで、あと2日。真司の変身を目撃した令子。仮面ライダーをめぐる謎が暴かれ、喧騒に包まれるOREジャーナル。一方、死期が迫る北岡は令子を最後のデートに誘う。モンスターの大群が空を埋めつくす中、真司はライダーとして何を願うのか？
自ら消えることを選んだ優衣。自分が本当に願うことを見つけた真司。死期が迫る中、令子とのデートよりも浅倉との決着を選ぶ北岡。そして、最後のライダーとしてオーディンとの最終決戦に進む蓮。仮面ライダーという名の人間たちの戦いが終わりを迎える。
容体が急変した恵里を置きざりにして戦いに赴く蓮。そんな蓮の決意を知った優衣は、自ら兄・神崎士郎との対決に挑む。一方、そんな蓮がナイトに変身する姿を目撃してしまった少年・拓也。仮面ライダーに憧れた拓也は、真司のカードデッキを奪うが……。
13人目のライダー・オーディンは「タイムベント」のカードを使った。真司が気がついたとき、時は2002年2月にさかのぼっていた。否応なしに同じ出来事を繰り返しながら、再び時は流れていく。未来の記憶が薄れる中、必死の抵抗を試みる真司だったが……。
令子に持ちこまれた見合い話。これも勉強、と軽い気持ちで引き受けてしまった直後から、令子はストーカーにつけ狙われ、ついには拉致されてしまう。犯人は誰か。令子はどこに？ 普段の確執を捨てて、共同作戦を張る面々だったが……。
弁護士・北岡秀一を婚約不履行で訴えたのは、元秘書の浅野めぐみだった。色めきたつ真司に、義憤に燃える令子。そして吾郎とめぐみとの間にくり広げられる、新旧秘書対決。だが、めぐみには北岡も知らない秘密があった。
無人で漂流していたフェリーのたったひとりの生存者・浜崎実加は、3匹の化け物を見たと証言。そこに浅倉の影を見てとった真司と蓮は警察・海保合同の実況検分に潜り込むが、再び人が消え始め、航海は悪夢と化す。実加と浅倉との間に、いったい何が？
浅倉はもはや、3体の契約モンスターを押さえきれなくなっていた。浅倉の自滅をうながそうとする蓮と北岡。だが真司は、浅倉でさえ必要としている人間がいると考えていた。一方、「高見士郎」の謎を追う令子は、アメリカでの士郎の指導教授と面会する。
ミラーワールドから帰還するところを、新記者・めぐみに目撃されてしまった真司。その日から、めぐみは真司の秘密を解明するために、真司をつけ回しはじめる。一方、着実に連続失踪事件の手がかりを積み重ねてきた令子は、一つの着想にたどり着いていた。
「高見士郎」の手がかりを求め、401号室実験の謎に迫る令子は清明院大学を訪れるが、元江島研究室の仲村の口は固い。一方、吾郎は北岡と浅倉との対決を、なんとしても避けようとするのだが……。そして、恵里の命を賭け、蓮は龍騎との決戦に突入する。
恵里の命が、あと数日であることを知った蓮は、最後のライダーになって恵里を救うため、なりふりかまわずに戦いに走る。そんな蓮を救うには、ライダーの戦いそのものを止めるしかない。その方法を探す真司の前に、新たなる仮面ライダー・タイガが現われた。
戦いにはやる蓮と呼び合うように、長い昏睡から目覚めた恵里。しかし、オーディンを倒した勢いに乗った蓮は、王蛇との対決をめざして、浅倉の護送車を追う。そんな蓮を追って走る真司と優衣だったが、優衣の周辺には黒い影がつきまとい始めていた。
ミラーワールドに引きずり込まれた優衣を追う、龍騎。敵は、どうして優衣を狙うのか。その正体は誰か。そして、優衣が生身でもミラーワールドに平気でいつづけられるのはなぜか。真司の脳裏に、手塚の遺した「神崎優衣から目を離すな」という言葉がよぎる。
ほんの一時的な覚醒から、いつ昏睡状態に戻ってしまうか分からない状態の恵里。しかし蓮は、優しい言葉ひとつかけることなく、彼女の元を離れる。一方、清明院大学・香川研究室の東條悟が、花鶏でアルバイトすることに。それは偶然なのか、それとも……。
同志のはずのオルタナティブを裏切り、あっさりと倒したタイガ。一方、恵里を失った蓮は、優衣が狙われていることを知り、再び立ち上がった。その前に立ちはだかる香川教授。あくまでも優衣を亡き者にしようとする、揺るぎない信念が、蓮と激突する。
暴走するタイガを牽制しながら英雄を説く香川教授。だが、優衣を亡き者にせんとする香川に対し、神崎士郎は彼の妻子を人質にとって揺さぶりをかける。一方、策を弄して浅倉の担当弁護士に収まった北岡の指示で、浅倉は厳しい拘禁下に置かれるが……。
家族を犠牲にしても英雄の道を貫こうとした香川に、ますます傾倒する東條悟。一方、神崎士郎の謎を追って、香川研究室をかぎまわる令子。そんな彼女を排除しようとする悟と対決する北岡。そして、仮面ライダーインペラーを名のる謎の青年が暗躍を始めた。
優衣を守ろうとする真司・蓮と、殺そうとする香川・悟。その間を飛び回り、うまく自分を売り込もうとするインペラー。一方、悟が英雄に取りつかれることを危惧した香川は、悟に人間らしい気持ちを取り戻させようとしていた。そんな悟を探す浅倉は……。
モンスターたちを自在に操った優衣は、ミラーワールドに姿を消した。オルタナティブ・ゼロはタイガの前に倒れ、スポンサーを失ったインペラーは次なるスポンサーを求め歩くが、北岡には拒絶されてしまう。一方、悟は浅倉の挑戦を受け、死闘が始まった。
父の死で、莫大な資産を遺贈されたインペラー。いい暮らしがしたいがためにライダーになった彼だったが、一夜にして願いがかなってしまう結果となった。だが、ライダーとしての運命は彼を離さない。一方、王蛇・ゾルダに痛めつけられたタイガは……。
インペラーを倒し、英雄に近づいたと思うタイガは王蛇に再戦を挑む。深く落ち込む真司をよそに、優衣たちはクリスマスの準備で大忙し。だが、そんな優衣の体が、ミラーワールドで時間切れを起こしたときのように蒸発を始めた。一方、ミラーワールドでは……。
誰かを助けるためにライダーになると誓った真司。しかし、優衣を襲っている危機はモンスターを倒せば済むような問題ではなかった。本当に優衣を救うために行動しているのは神崎士郎ではないのか。一方、タイガが全ライダーを招集し、最後の決戦を挑む。
20歳の誕生日とともに、消滅する運命にある優衣を救いたい。戦う決意を固めた真司と蓮の壮絶な戦い。迷いを捨て去り、ライダーの戦いに没入していく真司に、蓮は、北岡は……。そして、優衣の過去に迫る蓮。そうするうちにも、タイムリミットは近づいていく。
優衣の誕生日まで、あと3日。タイムリミットを宣言した神崎士郎は全ライダーを召集し、最後の決着をつけることを求める。20歳の誕生日とともに、消えゆく優衣の運命を覆すために。そして、明かされていく優衣の過去。12年前、幼い妹と兄に、何が起こったのか？
優衣の誕生日まで、あと2日。真司の変身を目撃した令子。仮面ライダーをめぐる謎が暴かれ、喧騒に包まれるOREジャーナル。一方、死期が迫る北岡は令子を最後のデートに誘う。モンスターの大群が空を埋めつくす中、真司はライダーとして何を願うのか？
自ら消えることを選んだ優衣。自分が本当に願うことを見つけた真司。死期が迫る中、令子とのデートよりも浅倉との決着を選ぶ北岡。そして、最後のライダーとしてオーディンとの最終決戦に進む蓮。仮面ライダーという名の人間たちの戦いが終わりを迎える。
