Bent on the destruction of the human race, the secret underground organization Shocker secretly planned to plunge the world into chaos. But they didn’t count on the revolt of both of their experimentally “reconstructed” human beings, the Masked Riders. Two years after their first battle with Shocker, a 3rd Rider arises to confront them, known only as “Version 3.” The arrival of the third Masked Rider will hurl the heroes into their most terrible battle yet and the fate of the world hangs in the balance.
本郷猛と一文字隼人がショッカーを裏切ってから2年。本郷猛は、高校教師という日常を送っていた。そんな中、世間では顔面を無残に切り刻まれた惨殺死体が次々と発見され、必ず国民的歌手のChiharuの歌が流れている、という噂が立った。猛は生徒の菊間琴美と共に彼女の親友だというChiharuのマンションへ向かうが、偽の彼女が顔を刻まれて発見される。猛達は更にChiharuの兄、風見志郎の元を訪れるが、彼はナノロボットによる改造手術を受けたショッカーの改造人間＝V3として猛達に襲い掛かる！
