経済問題の摩擦が激しい惑星メディアと惑星ファウヌスの調停の為に、宇宙惑星連合の役人を無事にメディアまで送り届けることになったエクレールとリュミエール。2人はガードロボットのドナシュラークと共に専用の高速巡航艦・ラミューズでメディアへ向かう。だが、メディア近辺は惑星ファウヌスの宇宙艦隊が封鎖していた。
ESメンバーのアールヴとドヴェルグは重力制御物質『Hi・G』の違法取引を摘発するが、押収したはずの『Hi・G』が何者かの手によって奪われる。アールヴ達に協力し事件の解決に乗り出すエクレールとリュミエールは、違法取引犯が拘置されている収容所を訪れる。だが、そこには重力爆弾の罠が待ち受けていた。
コルス星系で、星間詐欺事件の大立者・ドレイクとその一味を逮捕したエクレール達。コルス警察の孟警部とともに、ドレイクを銀河中央司法局まで護送する。護送中も若いエクレール達に憮然とした態度を取る警部。そんな中、囚人護送船襲撃を生業とする『保険屋』がドレイク奪還のためにエクレール達に襲い掛かる。
売買取引が制限されている戦闘サイボーグ。その闇取引が行われている宇宙ステーション『キュボス』では戦闘サイボーグの格闘大会が開かれていた。盗まれた強化パーツの捜査のため、エクレールは選手として闘技場に潜入する。だが、1体の戦闘サイボーグがエクレールの事を覚えていたために、周囲の者が敵となってしまう
久々の休日。エクレールはリッキィと食事に、リュミエールは優雅にオペラ鑑賞へ出かける。だが、エクレール達が食事をする高級クラブでは悪質な企業と経済界の裏情報を商品とした地下組織とのインサイダー取引が行われていた。
エクレールとSOメンバーのパドゥーシカは軌道エレベータでの盗難が続出している交易惑星サテュロスでデータ運搬の任務に就く。エクレールはESメンバーとしての身分を隠し、少し頼りないパドゥーシカの助手として同伴する事になる。
13歳の少年ティムは父の死去によりローゼンフェルト財閥を引き継ぐことになった。財産を相続するためには、遺言の指定日時までに父が生まれた惑星を探し当てる必要がある。エクレール達はティムに協力して指定の場所を探す事になるのだが…。
エクレールとリュミエールはジオソート弾流通ルートの解明と裏取引を阻止するべく、惑星クローニンへ向かう。だが、クローニンでは同じくESメンバーのトゥイードゥルディとトゥイードゥルダムの姉弟も局長から同じ特務を受けていた。エクレール達は姉弟と協力し合い、ジオソート弾の調査に乗り出す。
惑星ダルダノスでは、ここ数年経済界の大立者が次々と消息を絶つ事件が起きていた。エクレールはGOTTの地元出張所に所属しているSOメンバーのブッフフォルツとホルスを引き連れて事態の解明に乗り出す。
休暇中のエクレールはなじみの軽食店に行く。ウエイトレスのカプリスはエクレールが普段と違い、気力を喪失していることに気づく。やがて軽食店を出て、あてもなく歩くエクレールは湖畔の公園にたどり着く。芝生に寝そべり、自らにまつわる秘密と向き合い葛藤する。
地球に似たバカンスの惑星、アウレーでは銀河系を支配する支配階級『ノーヴルズ』が君臨している。美しい星とは裏腹に、ロボットのように働かされる住民を見てエクレールは複雑な気持ちになる。アウレー管理局の管理次官ミステルはそんなエクレールにデモ隊沈静の依頼を要請する。
アウレーでの件が原因でエクレール達はGOTTの登録を抹消されてしまう。逃亡するエクレール、リュミエール、そしてアームブラストの3人。だが、エクリプス局長の命令のもと、GOTTの局員達が追跡者として彼女達を追う。
エクリプス局長はアンオウ・エイオウの2人にエクレールとリュミエールの追撃を命じる。それを聞いて彼女達との因縁が深いアンオウは笑みを浮かべる。一方、追撃の手を逃れようとエクレールとリュミエールは辺境のとある廃棄コロニーへと向かっていた。
エクレール達2人の消去命令の特務を受けたトゥイードゥルディとトゥイードゥルダムはテラフォーミング中の惑星でメンテナンス中のラミューズを発見した。2人の消去に対して気が進まないトゥイードゥルディ。だが、特務と割り切りドナシュラーク、ヴィルヴェルヴィンドにとあるプログラムを仕掛ける。
惑星アイネイアースに現れたエクレールとリュミエール。エクリプス局長に会う為に、GOTT本局ビルを訪れる。しかし、本局ビルではそんな2人を待つ者達が出迎えるのだった。2人は意外な形での歓迎を受け、それに応える事になる。
ベッドで眠るエクレール。リュミエールは、そんなエクレールに付き添い、あれこれと世話を焼くのだった。一方、アームブラストは報告の為に連合監理委員会の上司の下に出頭する。その報告の内容には驚くべき事実が含まれていた……。
GOTTに新たなESメンバー達が配属される事となった。上司に呼び出さた、ESメンバーのデクステラとシニスラの2人は新規ESメンバーの教育係に任命される。新人に手を焼くデクステラ達だったが、2人はある事に気がついていた。
GOTTに軟禁状態のアームブラスト。しかし、エクレールに促され新規ESメンバー達のサポートにつく事に。新規ESメンバー達の任務はGOTTの活動を妨害する者達の追跡であった。その追跡行の途上、新規メンバーが体調不良を訴え、アームブラストはそんな新規メンバー達にある事を話し始める……。
遂にエクレール、リュミエール達の対決が始まる。敵は彼女達の能力と拮抗しうる力を持っている為、その戦いは一進一退を繰り返す事に。だが、そんな膠着状態は意外な人物によって撃ち破られるのであった。
様々な事件が起きる中、それでもGOTTは再建の道を歩んでいた。一方、エクレールは自分の記憶と身体に関する問題と向き合い、それを乗り越えようと決意を固める。しかし、その傍らで、リュミエールの身に異変が起きようとしていた。
GOTTでの事件をよそに、銀河系では《星暦》が始まって以来、最大の出来事が幕を開けようとしていた。トゥイードゥルディ姉弟が現場に向かう一方、アームブラストもまた密かにその実態を探っていた。その実態はGOTTを揺るがすのに十分なものであった。
GOTT長官のシュバリエによって幕が開けられた一大事件は、GOTTのみならず宇宙惑星連合のノーヴルズ、ひいては銀河全体を震撼させうるものであった。シュバリエの元に向かうエクレールとリュエール。やがて、シュバリエの前に現れた彼女達は…。
全銀河の人々が見守る中、エクレール達の戦いの場は大きく移動し、皆にとって懐かしい場所が舞台と成るのだった。退く事もままならぬまま、強大な敵を相手に苦戦を強いられるエクレール達は、ついに絶体絶命の窮地に立たされることになる。
最後の戦いの火蓋が切って落とされる。既に人外の力を手にした敵に対し、あらゆる術を尽くして対抗する一同。だが、力及ばぬ戦いを強いられる中、唯一残された手段は皆の哀しみを誘うものであった…。戦いの行方と共に、物語は最後の時を迎える。
人類が宇宙に進出してから数世紀。宇宙惑星連合の中の一機関・銀河通商関税機構（GOTT）で受付嬢をしているエクレール（声：永田亮子）とリュミエール（平野綾）。彼女たちは『Eシフト』を命じられると、経済紛争に実力で対抗するエージェント『ESメンバー』の任務に就く。今回の局長エクリプスからの特務指令は、経済問題の摩擦が激しい惑星メディアと惑星ファウヌスの調停の為に、宇宙惑星連合の役人を無事にメディアまで送り届けることだ。2人はガードロボットのドナシュラークと共に専用の高速巡航艦・ラミューズでメディアへ向かう。だが、メディア近辺は惑星ファウヌスの宇宙艦隊が封鎖していた……。
遠い未来、人類が外宇宙に進出、地球以外にも定住し、多くの惑星国家が成立した。しかし、空間の拡大と人口の増大に比例して、紛争規模も拡大していた。相次ぐ大規模紛争を回避する為に、各惑星系政府は協議の上、『宇宙惑星連合』を成立させ、平和と安全の維持、人類と言う「種」の更なる繁栄を目指した。その為、武力を使う紛争は減少し、各星系は繁栄の道を歩み始めたが、それに伴い今度は経済による衝突が顕在化し始めた。それらは新たな惑星間戦争の火種になる事が十分に懸念されたため、宇宙惑星連合は惑星国家群相互の関税と貿易を監視し、取り締まる実行機関として、銀河通商関税機構（Galactic Organization of Trade and Tariffs）＝GOTTを設立した。GOTTに所属する2人の少女、「美獣」とも言える戦闘能力を誇るエクレール（声：永田亮子）と超コンピューター的情報処理に長けているリュミエール（声：平野綾）は、普段はGOTTの受付嬢をしているが、局長エクリプスの特務指令『Eシフト』を命ぜられると、経済に基づく紛争に、実力で対抗するエージェント、『ESメンバー（Encounter of Shadow－work Member）』の任務に就くのだった。2人は専用の高速巡航艦・ラミューズを駆り、ガードロボットのドナシュラークと共に、各惑星間や組織間の諸問題を、時にはスマートに、時には破滅的に解決を図る。しかしその活動自体には、罠が潜んでいた……。
ワープ航法の技術が確立し、人類は地球を離れ銀河へと居住を移した。多くの惑星国家が誕生したが、それは様々な摩擦や軋轢を生じさせ、対立と抗争の時代の幕開けとなった。数次に渡る惑星間戦争の末、ひとつの組織が成立された。『宇宙惑星連合』である。この成立によって、人々は平和と安全の維持、そして人類のさらなる繁栄を目指した。宇宙惑星連合成立以前の武力戦争の多くは、地球時代のそれと大きくは違わず、やはり、国家間の経済問題に端を発するものが顕著であった。この事から、宇宙惑星連合は成立と同時に、その組織の中に惑星国家群相互の関税と貿易を監視し、取り締まる実行機関として、 GOTT（Galactic Organization of Trade and Tariffs＝銀河通商関税機構）を設立。大規模紛争の火種を未然に防ぐべく活動を開始させたのであった。人類が宇宙に進出して数世紀。1年以上前の記憶を無くした16歳の主人公の少女・エクレール（声：永田亮子）は、 GOTTに所属する受付嬢兼ESメンバー（Encounter of Shadow－work Member）である。パワー（Power）という特殊な能力を持ち、電子機器を自由に操れるパペット（Puppet）という能力を持ったパートナーの少女・リュミエール（平野綾）と共に銀河市民の固有財産と権利を守るべく、GOTT局長エクリプスの命令の元、特殊任務を行っていた。エクレールは次第に記憶を取り戻すが、それは銀河全体を巻き込む大事件へと繋がっていく。
