As the darkness continues to spread across the earth, Madoka, Lan and Muginami wake up seperated in a strange place similar to where she first met Yurikano. They each come up against a vision of Dizelmine's Vox and fight angrily against it. Meanwhile, Asteria confronts Moid, who reveals he manipulated Dizelmine into opening the Rinne, revealing his motives before receiving a prompt punishment from Yoko. As Madoka sinks into despair over being unable to defeat Dizelmine, she gains encouragement from Midori and is shown a vision of Dizelmine and Villagiulo's past, before managing to find Lan and Muginami. After regaining their resolve, the three resume their battle against Dizelmine, aiming to make him remember the goals he shared with Villagiulo.
ディセルマインのオービット“マグオルトル”の引き起こした異常気象は鴨川だけではなく、全世界へと広がっていく。それは2万年前の地球の惨劇と酷似していた。そんな中、鴨川の空に広がる不吉な暗雲を嬉しそうに見あげているのは、モイドだった。
まどか、ラン、ムギナミたちは輪廻の彼方に飛ばされていた。彼女たちの前に立ちはだかるのは、巨大化したマグオルトル。まどかは、何度となくマグオルトルに挑むものの、まったく歯が立たない。「こんなヤツも倒せないんじゃ、私なんてバツだ！」最後の力を振り絞って立ち向かうも、圧倒的な力の前に倒れたウォクス・アウラは輪廻の海の底へと沈んでいく――。あきらめかけたまどかの携帯に誰かからメールが入るとアウラの周りを光が包む。そして、まどかはディセルマインのヴィラジュリオに対する信頼と友情を知るのだった。
輪廻の海辺で再会したまどか、ラン、ムギナミの３人は今なすべきことを確認しあうと、ジャージをまとって最後の戦いに向かう――！
