帝都最弱にして、屈指の高レベルハンター、クライ・アンドリヒ。自身がマスターを務めるクラン《始まりの足跡（ファースト・ステップ）》の新規メンバー採用面接の会場に顔を出すクライだが、無責任な発言によって場は大騒動に……。後日、探索者協会から呼び出しを食らうクライは騒動の責任を取るため、比較的楽そうな依頼――とある宝物殿での遭難者救助を引き受ける。だがクライはとことん人任せ。その依頼をティノになすりつけるのだった！
宝物殿【白狼の巣】での救助依頼。ティノ、ルーダ、ギルベルト、グレッグ様による、即席パーティが結成された。反発するギルベルトはクライに勝負を挑むも、差し向けられたティノに負け、さらに宝具を高度に扱うクライの姿に畏れ慄き、その実力を認めるに至る。無事に依頼をなすりつけ安心するクライ。しかし、どうやら最近【白狼の巣】が異変によって危険地帯と化していると知り、今更ながら自らの無茶振りに気づくことに……。
高レベルの幻影（ファントム）に苦戦するティノ達。一同は強敵を相手に、チームワークを駆使してなんとか宝物殿を進んでいく……。そして迎えたボスファントム戦。死力を尽くし辛くも勝利を収めたものの、新たに４体のボスが出現した！ 絶望的な状況に撤退を決めるティノ。だが決死の作戦も失敗に終わってしまう。死を覚悟した一同の前に現れたのは――クライ。レベル８ハンター、《千変万化》の実力が今ここに発揮される！……のか？
出口なんて分かるはずもなく、適当に宝物殿の中を進むクライ。そんな中、すっかり忘れていた依頼にあった遭難ハンター達を偶然発見してしまう。話によると遭難者達は「怨念の化身」という凶悪な敵にやられたらしい。出会えば全滅必至。一刻も早く宝物殿を出ようとするクライ達だが、運悪く怨念の化身に遭遇してしまう！ その禍々しいオーラに圧倒される一同。と、その時、もう一人謎の仮面をつけた人物が現れて……。
リィズの活躍によって依頼を解決したクライだったが、今度は別の災難に見舞われていた。預かっていたシトリースライムがいなくなっていたのだ！ それは帝都を滅ぼすほどの脅威。気が気じゃないクライだが……考えることをいったん放棄。面倒なことは全て他人に押し付けて、リィズと共にデートへと出かける。一方、今なお異変が続いている【白狼の巣】。その地下では、魔術結社『アカシャの塔』による巨大な陰謀が渦巻いていた。
シトリースライムは一体どこへ？ 助言を求めるべく、クライはそれを作った張本人、シトリーの帰還を待つことに。その頃、『アカシャの塔』はとある決断を下した。クライにアジトを特定されたと勘違いしたことで、ハンターとの全面抗争の道を選んだのだ。そんな事はつゆ知らず、協力を仰がれた【白狼の巣】への追加調査をアーク任せにしようとするクライだったが、その適当発言が曲解され、まさかのハンター大調査隊が結成されてしまった！
待望のシトリーが帰還した。だがスライムの件はそこそこに、シトリーはクライに不吉な予言をする。このままでは調査隊は全滅する、と……。宝物殿に集結したハンター達はスヴェンを陣頭に、クライの《千の試練》に対して最大級の警戒心で臨んでいた。そんな中、『アカシャの塔』きっての俊英ソフィアによる、ハンター殲滅作戦が着々と実行に移されており――。ハンターｖｓ『アカシャの塔』。総力を挙げた戦いの幕が切って落とされた！
シトリーの手腕によって、ピンチを脱したハンター達。焦った『アカシャの塔』の構成員達はソフィアの命令を無視してしまい、あえなく自滅する。さらにシトリーは敵の本陣を難なく特定。ハンター達は一気に攻勢に出ようとするも――。突然、アカシャ屈指の魔導師フリックによる一撃必殺の雷撃魔法が一同を襲う。形勢は逆転しハンター達は全滅してしまった。かに思えたが……。クライもようやく動き出し、戦いはいよいよ最終局面へ。
