自動車整備工の間宮響 (竹内涼真) は、同棲中の恋人･小笠原来美 (中条あやみ) にプロポーズするはずだったその日、幸せを目前にして謎のトンネル崩落事故に巻き込まれてしまう! 数日後、命からがら脱出した響の前に現れたのは……夜になると凶暴化し、生き血を求めて人間を襲う恐ろしい“生ける屍”だった!! 愛する恋人にもう一度会いたい……! 化け物に占拠された街で、“世界イチ諦めの悪い男”間宮響の、死と隣り合わせの壮絶なサバイバルが始まる!
来美 (中条あやみ) が自衛隊に救助されたと推測した響 (竹内涼真) たちは、駐屯地へ向かおうと決意。一方、自衛隊のトラックで事故に遭った来美たちは、ゾンビたちに囲まれながら負傷者の緊急手術を敢行! 絶体絶命の状況が来美を襲う! そんな中、響たちの間でゾンビに噛まれた“感染者”が見つかる。仲間の命を諦められない響vs殺せと主張する等々力 (笠松将)。決断を迫られる中、ゾンビが凶暴化する“時”が迫っていた……!
避難所のはずの自衛隊駐屯地から、突然の銃撃を受け絶命した本郷 (大谷亮平)! 響 (竹内涼真) たちはリーダー不在の極限状態の中、封鎖地域の外、化け物のいない横浜を目指す! そんな中、巨大なショッピングモールに避難…。そこにいたのは、新たな生存者たち! 助けを求める謎の美女 (芳根京子)、しかしその背後には…刀で武装した謎の集団が! 一方の来美 (中条あやみ) は、愛する恋人･響を見つけ出すため、駐屯地を飛び出す!
ショッピングモールを占拠され、刀集団に投降した響 (竹内涼真) たち。一方、響を探す来美 (中条あやみ) は自衛隊と共に同じくショッピングモールに到着するも、刀集団に拉致されてしまう! しかし、響とすぐそこまですれ違い…!? 刀集団は自衛隊を駆逐するため、閉じ込めていた大量のゴーレムを解き放つ! 最大の裏切りを見せた美亜 (芳根京子)…彼女に隠された秘密とは? 響は仲間を、来美を救い出すことが出来るのか!
結月 (横溝菜帆) のために喘息の薬を探す響 (竹内涼真) たち。途中、街で助けた生存者の中に紹子 (安藤玉恵) の夫･狛江 (長谷川朝晴) を見つけるが、男の正体は実は…! 一方、自衛隊駐屯地では、首藤 (滝藤賢一) が“ある計画”を進めていた。そして、来美 (中条あやみ) は響と袂を分かった等々力 (笠松将) と再会。しかし、残酷な嘘を告げられる…。同じ頃、病院で自衛隊と鉢合わせた響たちは窮地を迎えていた!
医薬品を求め、海路から駐屯地を目指す響 (竹内涼真) たち。 一方、駐屯地では、ワクチン開発の最優先を唱える首藤 (滝藤賢一) が自衛隊内部での力を増していた。響が死んだと思い絶望に沈む来美 (中条あやみ) は、危険なワクチン開発の実験台に自ら名乗り出る…! 注射を打たれ、意識が朦朧とする来美…。駐屯地に乗り込んだ響はすぐそばまで来ているが…! 響と首藤の知られざる因縁! そして響と来美の間には巨大な罠が!
響 (竹内涼真) が遭遇したのは病死したはずの母･琴子 (臼田あさ美) のゴーレムだった! 一方、“テロリスト”が幼い愛奈 (新津ちせ) を殺したと信じて憎しみを抱く来美 (中条あやみ) は、首藤 (滝藤賢一) の考え方に染まり始めていた…。そんな中、ミンジュン (キム･ジェヒョン) が、ゴーレムに噛まれてしまう! ミンジュンを救うためのワクチンを手配する条件を出された響は、テロリストとして一人投降することを決める!
ミンジュン (キム･ジェヒョン) が駐屯地にいた“女”のせいでゴーレムに噛まれたことを知った響 (竹内涼真) は、その正体が来美 (中条あやみ) だとは知らずに、憎しみを募らせる。一方来美は、首藤 (滝藤賢一) が行う臨床実験をさらに進めていた。そんな中、傷ついた来美には等々力 (笠松将) が、怒りに心を支配された響には佳奈恵 (飯豊まりえ) が、切ない思いを抱きながら距離を縮める……。
自らの手で来美 (中条あやみ) を射ってしまったことに言葉を失う響 (竹内涼真)。自暴自棄になる響は、仇討ちに現れた勝利 (田中奏生) の前で自ら命を差し出そうとする…。一方駐屯地では、首藤 (滝藤賢一) が避難民たちに打たせているという『ワクチン』の正体が怪しく…。そんな中、勝利に撃たれた紹子 (安藤玉恵) の容体が急変…。響たちは抗生剤を手に入れるため、駐屯地との交渉に挑む。交渉に応じたのは、意外な相手だった!
響 (竹内涼真) に銃口を向け発砲した来美 (中条あやみ) ! その時、なぜか駐屯地の人々が次々にゴーレム化! そのまま逃げ帰る来美に響はショックを受ける。その日、島に戻った響たちは『希望の家』と名乗るシェルターの存在を知る。仲間たちはシェルターを目指すことにするが、響は別れを告げぬまま島を去り、再び駐屯地の来美の元へ向かう。一方、来美は首藤 (滝藤賢一) と「響を自分の手で殺す」という約束を交わしていた…。
ゴーレムに占拠された終末世界を来美 (中条あやみ) と共に生き抜いた響 (竹内涼真)。仲間たちとの生活を続ける響はある日、食料調達に向かった街から物資が消え、謎の印が付けられたゴーレムの死体が増えているのに気づく。そんな中、シェルター「希望の家」から来たという謎の男･野呂 (吉沢悠) が現れるが、何か隠している様子で……。一方、臨床実験が原因で体に異変が出始めた来美は、自分の感染を疑っていた。時々記憶が曖昧な時間があることに不安を感じる来美。さらにゴーレムのいないはずの島で仲間がゴーレム化する事件が発生! 疑惑の目は来美に向けられて……。再び仲間の間に生じる亀裂、症状の進む来美……。そんな来美の前に、シェルターの住人･秋吉 (本郷奏多) が現れ……。新たな試練の数々が響を襲う!
高度な生活レベルを維持するシェルター「希望の家」で目を覚ました響 (竹内涼真)。急いで来美 (中条あやみ) の安否を確認するが、ゴーレム化が迫る来美は、響のことはおろか自分の名前さえ覚えていない状態で……。さらに響は来美を診察した医師と対面。それは何と、死んだはずの響の父親で……!? 一方、希望の家のリーダー･美沙子 (濱田マリ) は、息子･秋吉 (本郷奏多) に響と来美を守るよう命じていた。シェルターを率いる二人の間には、何か重大な秘密があるようだが……。その頃、猿ノ島ではゴーレムに仲間を襲われた坪井 (小久保寿人) が暴走。「希望の家」による仕業だと考える坪井は、響の仲間たちを恐怖で支配し、復讐に巻き込んでゆく……。そんな中、平和で安全なはずの「希望の家」に、いるはずのないゴーレムが現れて……!?
一人福島へと旅立った響。シェルターに残された来美は、自分に苛立ちながらも必死に記憶を取り戻そうともがく。そんな中、元々リゾート施設の会員だった人たちの間では、後から来た避難民に対する差別が生まれていた。秋吉は、『新たな避難民の受け入れは親族に限る』というルールを決め、不満を抑えようとするが…。一方、復讐に狂う坪井と共に等々力 (笠松将) たちもシェルターに到着。夕闇が近づく中、ある奇策によって閉ざされた門をくぐることに成功する。そんな矢先、シェルター内で再びゴーレムが発生! 襲われたのは臨月の妊婦･菜々子 (真魚) で…!? 同じ頃、ジアン (玄理) と桑田 (浅香航大) が残る猿ノ島にも大量のゴーレムが現れる…! 大切な人の命を救う為、残された者が選ぶ道とは!? そして、新たな鍵を握る"謎の男" (キム･ジェヒョン) の驚愕の正体とは!?
婚約者だという秋吉の嘘のおかげでシェルターに残れることになった来美。しかし、リーダーとして苦悩する秋吉は、つい来美にきつくあたってしまう。お互いに孤独を抱える二人だが……。そんな中、猿ノ島がゴーレムの大群で全滅したというニュースが入る。島に残った仲間を心配する一同。さらにシェルターでは備蓄が不足し、避難民への風当たりが強くなる。等々力と佳奈恵 (飯豊まりえ) は、自ら調達組に志願し危険なシェルターの外へ。一方、家族を装いシェルターに身を寄せる甲本、紹子 (安藤玉恵) たちは、あるトラブルをきっかけに嘘がばれ、シェルター追放の危機に! そんな時、結月 (横溝菜帆) が事故に巻き込まれて……。そして、福島へ旅立った響の運命もまた、大きく狂い始める!
命がけで戻った響が目にしたのは、秋吉と寄り添う来美の姿! 薬を手に入れられなかった響は、来美が過去を思い出す可能性が低いと知り、やりきれない思いを抱く。そんな中、響は坪井から、シェルター内に仲間を殺した人物がいると聞かされるが……。一方、何者かに監禁された等々力と佳奈恵は、迫り来るゴーレムたちを前に絶体絶命の危機を迎える。そして、シェルター内でも、倉庫の備蓄が盗まれる事件が発生。さらには、甲本、勝利 (田中奏生) たちにも危険が迫り……。そんな折、響は秋吉が無線機で不審な交信をしているのを見かける。その夜、秋吉が会っていた相手、それはミンジュンに似た男で……! 秋吉の怪しい行動の目的とは? そして響には辛い別れの時が近づいていた……。
甲本たちが襲われ、シェルター内はパニックに! 狼狽する秋吉に変わり、響はリーダーシップを発揮する。そんな中、来美の妊娠が発覚。子どもの父親は……? 複雑な気持ちの中、新しい命を授かった来美を祝福する響。しかし、感染者である来美が子供を生むことにジアンは反対していて……。その頃等々力は、左手を失いながらも佳奈恵と共に監禁場所から脱出しようとしていたが……!? 一方、響はシェルター内に、秋吉に交渉を迫っている“奴ら”の協力者がいる可能性を考え始めるが……。そんな中、響はシェルター開設当時に起きた、ある事件を知る。そして最後の交渉に臨む秋吉には思わぬ危険が迫っていた……!? 一瞬も目が離せない、シーズン2最終話。
ゴーレムと呼ばれるゾンビに占拠された世界。噛まれた人間をゾンビ化させる未知のウイルスが蔓延する中、間宮響 (竹内涼真) は、自分の子を身籠りながらもウイルスに感染し姿を消した恋人･来美 (中条あやみ) を救うため、治療薬があるという病院の研究所に向かう。一方、病院では、運び込まれた患者が発端となり感染が爆発! 医師･五十嵐 (小関裕太) の子を身籠っていた看護師の亜希 (長濱ねる) は、何者かに階段から突き落とされ、意識を失う。亜希が目を覚ました時には、病院はゾンビパニックに襲われていた…。響は、研究所職員･シンジ (須賀健太) たちと協力して、ゾンビで溢れかえる院内から、隣接する研究所を目指す! 逃げ場のない極限状態でむき出しになる人間の本性! 究極の本格ゾンビドラマが幕を開ける!
ゴーレムウイルスに感染しながらも、響 (竹内涼真) の子を身篭った来美 (中条あやみ) が“謎の男”(キム･ジェヒョン) と姿を消して10ヶ月―。響と結月 (横溝菜帆) は、食料を強奪し殺戮を繰り返す集団“X”のもとで来美が生きていると信じ、行方を追っていた。そんな中、響はかつてゴーレムから助けたことがあるシンジ (須賀健太) と遭遇、“ゴーレムに噛まれても死なない男”の噂を聞く。そんな矢先、響たちは“ゴーレムの死体”を集める謎の宗教団体『光の紋章』と鉢合わせて…。生存者の伊織 (桜井日奈子)、梶浦 (和田正人) と共に光の紋章に保護された響たちは、教団の聖地＝サリートへ。なぜか豊富な食料が揃う教団で、響は教祖･ワンティーティ (玉山鉄二) がゴーレムに噛まれるも感染しないという信じられない姿を目の当たりにする…!
来美を救えるというワンティーティの言葉と、ゴーレムに噛まれても感染しないという人間離れした能力を目の当たりにし、心が揺れる響。そんな矢先、響はサリートに連行された等々力 (笠松将) と思わぬ再会を果たす。かつて教団に身を寄せた等々力は、佳奈恵 (飯豊まりえ) と共に“ある理由”で教団の施設を破壊し、逃走していた。等々力を助けるため、話し合いで解決しようとする響だが、教団に不信感を持つ等々力と激しく衝突してしまう! さらに、突然姿を消した結月 (横溝菜帆) を探す響は、施設内の隠された部屋で教団の思わぬ目的を知り…!? そんな中、等々力が謎の儀式『マリス』に処されることに。謎に満ちた教団『光の紋章』の恐ろしい実態が明らかに…!
等々力を助けるため、ワンティーティを人質にとった響。佳奈恵とジアン (玄理) も駆けつけ、形勢逆転したかに見えたが……。そんな中、食料を求める集団“X” (エックス) の一群が教団施設に侵入し、信者たちを襲っていく! 混乱の中、響たちの前に現れたのはエックスの1人･カイ (キム･ジェヒョン)。その姿は、死んだはずのミンジュンと瓜二つで……!? 子供たちを人質に取り、アジトへと引き上げていくエックスたち。響は、来美の居場所を突き止めるため、一群の後を追う! しかし、その前に思わぬ人物が立ちふさがる! 一方、エックスの車に忍び込み、アジトにたどり着いた結月とシンジの前には、想定外の出来事が待ち受けていた!
エックスのアジトで、冷酷に変わり果てた来美に再会した結月。来美はエックス内で、病に伏せるリーダー･郷田 (栗田芳宏) の主治医となっていた。そんな中、薬が不足し郷田に生命の危機が。シンジから薬のありかを聞き出したエックスたちは研究施設を目指す。一方、負傷した響は、等々力の力を借りてエックスのアジトに向かっていたが、再び信者たちに捕まってしまう。教団は、エックスより先に薬を手に入れる為、響たちを研究施設に向かわせる。等々力の無事を願う佳奈恵は、自分を置いて逃げるよう告げるが……。素直になれない等々力と佳奈恵に別れの時が……!? そして、ワンティーティの体にはある異変が現れ始める。
研究施設で深手を負い、意識を失った響。そんな中、来美を乗せたエックスの車両が到着する。ついに訪れた響と来美の再会の時。響は、来美から思いもしなかった言葉をかけられる。そしてエックス内部では、祖国との『約束の日』をめぐり、対立が勃発。祖国との連絡手段をただ一人知る病床の郷田に対し、しびれを切らしたイナバ (水石亜飛夢) 達が反旗をひるがえす! 一方、教団の施設へと戻った響たちを出迎えた佳奈恵は、そこに等々力の姿がないことに気づき……。途方に暮れ、教団施設の聖堂へと足を踏み入れた響は、教祖･ワンティーティから声をかけられる。ついに、人知を超えた力を持つワンティーティの過去と秘密が明らかになる……。
来美のためにできることがまだあると信じる響は、再びエックスのアジトへ。その頃、エックスでは、郷田に『約束の日』の情報を聞き出し、イナバたちが、アジトを去っていた。しかし、カイを手当するため、アジトに残った来美は、郷田から想定外の事実を知らされる。響のもとへ向かうと心を決めた来美は、響が近くに来ていたとは知らず、結月らと自分の子を連れ、教団の施設へ……。ワンティーティの正体が明らかになった今、教団内は無秩序状態。子供を奪われた来美は、牢屋に入れられてしまう! さらに、来美を追うエックスたちが攻め込んできて……!? 過酷な運命に抗う響、来美、そして二人の子供を、衝撃のラストが待つ!
ゴーレムと呼ばれるゾンビが蔓延る世界で、行方不明の恋人・来美（中条あやみ）を探し、旅を続けている間宮響（竹内涼真）と仲間の結月（横溝菜帆）。 彼らが旅の途中で出会ったのは、たった一人でゴーレムを狩りながら、この世界を旅する男―――。 ゴーレムハンター・エース（柄本時生）。 しかし、実はただの元ゲームオタクで、独自のルールをもとに危険は冒さず、人と群れることなく、なんとか生き延びているだけの男だった。ゴーレムに襲われるレイナ（泉里香）と遭遇しても、エースは何もできず、ただ遭遇した響たちが救うのを見ているだけで・・・。 旅を続ける4人は、＜一ノ瀬リゾート＞という施設で暮らすコミュニティと出会う。 そこは、高い柵でゴーレムの脅威から守られ、若者たちが毎夜パーティーをして暮らす場所。 終末世界とはかけ離れた、まさに“パリピの楽園”ともいえる場所だった。 この施設の経営者でリーダーである一ノ瀬稜（小宮璃央）は、響たちを快く迎え入れ、仲間に加えてくれるという。 しかし、響は見ず知らずの自分たちを簡単に受け入れる一ノ瀬たちを信用しきれずにいた。 そんな中、エースはオンラインゲームの世界で想いを寄せていたローズ（トリンドル瑠奈）と対面を果たし、つかの間の幸せを感じていた。 そんな時、エースがとった行動がキッカケとなり、このコミュニティの“ある秘密”が明らかに！ 響をシリーズ最大のピンチが襲うことになる―――
ゴーレムに占拠された終末世界。とある刑務所を拠点とするコミュニティ。リーダーは、経済界を牽引していた新山財団会長の娘･新山明日葉 (玉城ティナ)。そして彼女を支える元財団幹部の従者･加州宗一 (溝端淳平) ら財団グループのメンバー。一方で、ゴーレムウィルスが蔓延する以前から収監されていた下村海斗 (前田公輝)、海斗の兄･陸斗 (姜暢雄) の兄弟を中心とした極悪非道な犯罪者たちも同居するという緊張状態が続いていた。そこに、現れた響 (竹内涼真)。最愛の人･来美 (中条あやみ) を亡くし、愛しい娘･ミライを奪われた彼は、今も我が子を探す旅を続けていた。明日葉たちと行動を共にする、かつての仲間･佳奈恵 (飯豊まりえ) と再会するが、そこには、佳奈恵が知る響ではなく、別人のように変わってしまった彼の姿があった―――!?
“ユートピア”に娘･ミライがいることが判明し、そこへ行きたい響 (竹内涼真)。ヘリと同じ紋章を付けた明日葉(玉城ティナ) から情報を得るため、手錠で繋がれた彼女と加州 (溝端淳平) と手を組み、力を貸すことを約束する。そんな時、刑務所に宮木伊織 (桜井日奈子) がやってくる。佳奈恵 (飯豊まりえ) との再会を喜ぶが、暴動を起こした囚人たちに刑務所は占拠されてしまう。海斗 (前田公輝)、陸斗 (姜暢雄) の囚人たちは、日浦健太 (徳重聡) らの新山財団グループのメンバーたちを拘束し、収監。彼らを使って、逃げた明日葉をおびき寄せ、ユートピアの情報を得ようとしていた。囚人たちの罠にはまった明日葉たち。明日葉を守るために響の手錠を外す鍵を渡す加州だったが―――!?
響 (竹内涼真) の裏切りにあった明日葉 (玉城ティナ) は、弟の大地 (大西利空) とともに囚人らに監禁されてしまう。彼女から“ユートピア”の情報を聞き出そうとする陸斗 (姜暢雄) は、海斗 (前田公輝) の前で大地を拷問する。しかしその時、伊織 (桜井日奈子) が突然現れ、＜ある目的＞のため、明日葉と大地を逃す。2人を連れ戻そうとする響だったが、伊織の仲間で銃を持つ若松 (今井翼) に取り押さえられる。なぜか若松は響のことを知っている様子で―――!? 一方、連れ去られた明日葉たちを救うため、加州 (溝端淳平)、佳奈恵 (飯豊まりえ) たちは、行方を追っていた。ついに、囚人たちに見つかってしまう明日葉たち。彼女たちが逃げ惑う中、若松に拘束されていた響はルカ (守屋茜) に解放され、若松の家で衝撃の事実を知る!
ユートピアへと続くトンネルに辿り着いた、響 (竹内涼真) と明日葉 (玉城ティナ)、加州 (溝端淳平) ら元財団グループの仲間たち。しかし、トンネルの先にあったユートピアへのゲートは、鉄壁の防衛システムで守られていた。そして、ゲートを通過出来るのは“ある条件”をクリアした人間のみ! 絶望的な状況の中、仲間たちの明日葉への信頼も揺らぎ始めていた。一方で、“ユートピアに入場する条件”に気づいた海斗 (前田公輝) の行動が、囚人たちにも混乱を招くことになる。明日葉たちと囚人たち、ユートピアへの権利を得るため、醜い人間の本性をむき出しにしていく―――!?
ユートピアへの道を目前に、囚人グループの襲撃を受けて、窮地に追い込まれた明日葉 (玉城ティナ) たち。そんな時、ユートピアからの使者が明日葉の元にやってくる。その来訪がグループ内に、さらなる亀裂を生んでしまい―――!? 響 (竹内涼真) は、ミライが連れ去られた理由を伊織 (桜井日奈子) から告げられ、動揺する。一方、佳奈恵 (飯豊まりえ) は、ユートピアへと向かう明日葉たちを守るため、囚人たちとの戦いに向かう決心をする。絶対に諦めない男･響が最後に選ぶ道、そして予測不能な全面戦争の結末は―――!? 物語は最終章へ!
響 (竹内涼真) と別れ、人類最後の希望の都市･ユートピア。もう一つの“タワー”内部に辿り着いた明日葉 (玉城ティナ) と佳奈恵 (飯豊まりえ)、加州 (溝端淳平)、海斗 (前田公輝) ら生存者たち。そのタワーでは政治家らが集結して、法の整備や秩序を作り、かつての文明を取り戻そうと奮闘していた—。
地下エリア【アンダー】でのレジスタンスの反乱によって、混乱が生じた【タワー】。明日葉 (玉城ティナ) は、【アンダー】にいる仲間を心配するが、元婚約者の冬馬 (柿澤勇人) によって軟禁状態に置かれてしまう。一方、混乱に乗じて行動を起こした加州 (溝端淳平) は、その報いを受けようとしていた。そんな中、佳奈恵 (飯豊まりえ) は、意外な人物との再会を果たす—。
明日葉 (玉城ティナ) は仲間の命を救うために【タワー】に革命を起こそうと決意する。そんな明日葉に影響を受け始めていた冬馬 (柿澤勇人) だったが、父 (尾美としのり) の意向を受けて、【アンダー】でレジスタンス狩りを始めていた。一方、【タワー】の権力者たちによる体制の転覆を狙うレジスタンスも新たな行動を起こそうとしていた—。
【アンダー】の悲惨な現状と〈ある企て〉を知った明日葉 (玉城ティナ) が、【タワー】を変えるために動き出す。しかし、明日葉を待っていたのは、新たな悲劇だった―。そして、外の世界から新たな脅威が迫ろうとしていた―!
【シーズン5 最終話】終末世界を仲間たちと生きてきた、明日葉（玉城ティナ）、佳奈恵（飯豊まりえ）、それぞれが〈大きな選択〉をする。その時、【タワー】と【アンダー】の争いに終止符が打たれ、新たな指導者が誕生するー!
