中学生の獅堂光は、社会科見学のために東京タワーを訪れる。そこには、別の学校に通う龍咲海、鳳凰寺風もいた。見知らぬ三人が視線を交わした瞬間、謎の声が響く。「この世界をたすけて、伝説の魔法騎士たちよ――」。異空間へと誘われた三人を待っていたのは、見たこともない世界だった――
自分達が『伝説の魔法騎士』であること、そしてセフィーロの『柱』であるエメロード姫を神官ザガートの手から救うまで元の世界に戻れないことを知った光、海、風。三人はその使命を受け入れ、とある人物が待つという『沈黙の森』へと向かう。だが、その背後にはザガートの追手が迫っていた――
『沈黙の森』で創師プレセアと不思議な生きもの・モコナに出会った光たち。プレセア曰く、自らの役目は魔法騎士に最高の武器を創ることであり、そのためには材料となる特殊な鉱物が必要であるという。モコナの案内のもと、武器の材料を取りに行く光たち。そこに待ち構えていたのは……
伝説の武器を創るための鉱物・エスクードを取りに向かう光たちは、魔物に襲われたところを謎の剣士に助けられた。フェリオと名乗るその剣士の目的もまたエスクードを手に入れることだと知る三人。敵か味方か分からないフェリオに対し、風はある提案を持ち掛ける――
