惑星アル・シャハルの港でアルバイト中の少年ハヤテは、コンテナに潜んで密航して来た少女フレイアと出会う。彼女は、戦術音楽ユニット「ワルキューレ」のオーディションを受けるため、はるばる故郷の惑星を飛び出してきたというのだ。
Δ小隊とワルキューレの活躍のおかげで暴動は鎮圧。アル・シャハルを襲った謎の可変戦闘機部隊は撤退した。決意を新たにしたフレイアは、ワルキューレの最終オーディションを受けるため、ハヤテとともに会場のある惑星ラグナにやってきたのだが――
ハヤテのΔ小隊入隊にひとり反対するミラージュは、ハヤテの訓練教官を任されてしまった。しかし、当のハヤテはミラージュの言うことをまったく聞かず、飛行実技以外の教習をサボって海猫を追いかけたりと自由気まま。しびれを切らしたミラージュは――
フレイアのワルキューレデビューは、惑星ランドールでのワクチンライブに決定した。初めてのライブを控え、フレイアはそわそわと落ち着かない。本番直前、「あなたはどんな想いで歌うの？」と美雲に問いかけられたフレイアは――
伝説の「風の歌い手」の力でヴァールたちを自在に操る空中騎士団の勢いは圧倒的で、瞬く間に二つの星を陥落してしまった。フレイアは敵のスパイではないかと疑われてしまうが、いつにも増して気丈に振る舞っている。だが、無理をしているのは誰の目にも明らかで――
ヴァール化して操られた兵たちを前に、ケイオスも新統合軍もじりじりと押されていく。実戦でコクピットではなく敵機の翼ばかりをねらうハヤテは、「そんな甘い考えでは命を落とすぞ」とメッサーから厳しい言葉を投げられてしまう。
ハヤテたちΔ小隊とワルキューレは、ウィンダミアの占領下で何が行われているのかを探るため、惑星ヴォルドールに潜入調査を試みる。レイナのハッキングで絶対防衛網の監視ネットワークをくぐりぬけ、降り立った先で目にしたものとは――？
空中騎士団の身体能力の高さに、まるで歯が立たないハヤテとミラージュ。ハヤテはフレイアを庇おうとするが、完膚なきまでに叩きのめされてしまう。フレイアの悲痛な叫びに、ボーグたちはウィンダミアの大義をぶつける。
メッサーが今までずっと恐怖と隣り合わせで戦っていたことを知り、戸惑いを隠せないハヤテとミラージュ。秘密を知ってしまった者同士、二人の距離はおのずと近づいていく。フレイアはそんなハヤテとミラージュの様子を目にして、そわそわと落ち着かない。
ラグナ星は年に一度のクラゲ祭りの時期で大賑わい。Δ小隊もワルキューレも、戦争の緊張を忘れて束の間のひとときを楽しむ。ラグナの海神様を称えるクラゲ祭りでは、お祭りの夜にクラゲの下で愛を誓い合った恋人同士が永遠に結ばれる伝説があるという。
白騎士キースの正確無比な攻撃でΔ小隊が受けた傷跡はあまりにも深く、皆それぞれショックを隠せない。その頃ウィンダミアでは、イプシロン財団のベルガーの協力により、プロトカルチャーの遺産の解明が着々と進みつつあった。
ウィンダミアは発掘したプロトカルチャーの古代戦艦「シグル＝バレンス」を蘇らせた。その力は絶大で、新統合軍の宇宙艦隊を瞬く間に沈黙させてしまうほど。惑星ラグナもそのターゲットとなり、ケイオスは各支部から総力を結集させる。
グラミア王みずから率いるウィンダミアの旗艦シグル＝バレンスが、惑星ラグナに迫る。夢を追いかけ田舎を飛び出してきたフレイア、Δ小隊の副官を任されることになったミラージュ、そして飛ぶことに生きがいを感じ始めているハヤテ。第二の故郷ラグナを守る戦いのなかに彼らが掴みとるものとは――
宇宙艦にトラブル発生。このままでは、電力も酸素もじきに供給が止まってしまう。エネルギー回路の爆発に巻き込まれて二人きりになってしまったハヤテとミラージュは、問題が起きたブロックの修理に向かうのだが――
亡きグラミアの跡を継ぎ、ハインツ・ネーリッヒ・ウィンダミアが新たな王となる。ウィンダミアの歴史において、古より伝わる「風の歌い手」が玉座に就くのは約150年ぶりの出来事。制風圏を確立し、ウィンダミアの空を取り戻した今、ハインツは一体何を想うのか――
明後日はフレイア15歳のバースデイ。フレイアを元気付けようと、マキナのアイデアで、サプライズパーティを開くことに決まった。だが、ハヤテは誕生日プレゼントに何を選べばいいのか、まったくのノープラン。見かねたミラージュが買い物に付き合うのだが……
「プロトカルチャーシステム」こそ、ウィンダミアの制風圏を崩す手がかり。ただ、その解析のためには、厳重な警備を潜り抜けて遺跡のある星に潜入し、ワルキューレの歌でシステムを起動させなければならない。果たしてケイオスの秘策とは……？
プロトカルチャーシステム起動実験の防衛任務へと向かう空中騎士団。戦略上必要なこととはいえ、目的をはっきりと明かされない実験に、空中騎士団のカシムは不吉な予感をつのらせる。降り立った地で、彼が目にした人物とは――
ケイオス本部から派遣されてきた医療チームが美雲を医療船に隔離し、アラドたちには打つ手がない。そんな彼らの前に、とある人物が姿をあらわす。明かされる「歌」の力、それはヴァール症候群だけではなく、遥か時代をさかのぼる――
ハヤテの感覚拡張は、一歩間違えばヴァール化してしまう可能性と隣あわせの危険なもの。分析のため、フレイアの歌とハヤテの共鳴実験を行うことになった。一方、隔離されたままの美雲を心配するマキナとレイナは、なにやら二人で行動を起こそうとするのだが――
アル・シャハルに風の歌が響き、市民のほとんどが昏睡状態に陥ったという。その頃、医療船に侵入したところを捕まってしまったカナメ、レイナ、マキナの三人は、戦術音楽ユニット「ワルキューレ」の軌跡を振り返る。結成からデビュー、そして彼女たちを待つ未来とは――
ウィンダミアを囲む次元断層を抜けるため、エリシオンは一点突破の反攻作戦に打って出る。その舞台となるのは、かつてアラドやカナメたちがメッサーと出合った星アルヴヘイム。作戦を前に、ミラージュはひとつの決意をアラド隊長に進言する。
惑星アルヴヘイムからフォールドゲートを抜け、ついにウィンダミアの地に降り立ったΔ小隊とワルキューレたち。戦術ライブによる共鳴反応でプロトカルチャーシステムを破壊すべく、ウィンダミアの王都ダーウェントを目指す――
空中騎士団に捕まり王都ダーウェントに連行されたハヤテ、フレイア、ミラージュ。三人の略式裁判がハインツ・ネーリッヒ・ウィンダミア王の御前で開廷された。裁判のさなか、ハインツはフレイアに歌う理由を問う――
古より伝わるプロトカルチャーの巫女「星の歌い手」が目覚め、ウィンダミアによる全銀河支配の危機が目前に迫る。ウィンダミアがラグナに出現した星の神殿にたどり着けば、人類は「星の歌」によって巨大生体ネットワークに取り込まれてしまうという――
切り札の次元兵器を逆手に取られ、新統合軍第47特派艦隊は壊滅。人類の命運を賭けたウィンダミアとの決戦の行方は、Δ小隊とワルキューレたちに託された。オペレーション「ラグナロク」、命懸けのライブが今はじまる――
劇場版マクロスΔ 絶対LIVE!!!!!!
