The Zentradi locate the Macross and resume their attacks. Captain Global learns that the disappearance of the fold system during their first fold severed the energy conduits that permit the firing of the main cannon. However, a drastic reconfiguration of the ship can restore the connections. The Zentradi send out a few ships to observe the Macross and Global is forced to transform the Macross even at the cost of destroying some of the rebuilt city now nestled within it. Meanwhile, Roy and Minmay suggest to Hikaru that he should join the military so that he can continue flying.
Le commandant Zentradi Britai Kridanik et son archiviste, Exsedol Folmo, commencent à soupçonner que les humains (ou "miclones") sont la "Protoculture" depuis longtemps perdu et envoyernt des vagues d'attaque pour tester leur théorie. Lors d'une attaque Zentradi, Global ordonne une transformation du Macross pour lutter dans ce mode. Toutefois, le passage se révèle désastreux pour les civils innocents et les infrastructures. Roy et Minmay convainquent Hikaru se joindre à la flotte UN Spacy sur le Macross pour qu'il puisse continuer à voler.
自分の飛行機も壊れてしまい、自分が何をすればよいか分からなくなった輝。反対に、ミンメイは中華料理店を再開するために活発に働き始める。そんなとき、ゼントラーディ軍が攻撃を仕掛けてきた。主砲を打つには、トランスフォーメーションしなければならなかったマクロスは、街に再び甚大な被害をもたらす。その時、輝はミンメイを守るためにも軍隊に入ることを誓うのだった。
