Global informs Misa that the SDF-2, the successor to the Macross, is nearly ready to begin colonizing the galaxy - with her as the captain of the mission. Now that the reaction engine is built into his craft, Quazmin, Laplamiz, and their henchmen attack Macross City with missiles and waves of mecha. Hikaru, Misa and Minmay's love triangle reaches its climax, as Hikaru must decide whether he will go with the pop idol who brushed him aside and now desperately needs him, or the military commander who loves him deeply, but may leave him forever by the line of duty.
Global informe Misa que le SDF-2, le successeur du Macross, est presque prêt à commencer à coloniser la galaxie - avec elle, comme capitaine de la mission. Maintenant que le moteur à réaction est intégrée dans son vaisseau, Quazmin, Laplamiz, et leurs sbires attaquent Macross City avec des missiles et des vagues de mecha. Le triangle amoureux Hikaru, Misa et Minmay a atteint son paroxysme, comme Hikaru doit décider s'il ira avec l'idole pop qui l'écarta et qui a maintenant désespérément besoin de lui, ou le commandant militaire qui l'aime profondément, mais qui peut le quitter à jamais par la ligne du devoir.
戦艦を手に入れたカムジンは、最後の戦いをかけるべく動かないマクロスに特攻をかけた。輝の家に身を寄せるミンメイは、輝に軍人をやめるよう説得するのだった。未沙は、輝と顔を合わせるのがつらいため退役しようと考えていることをクローディアに告げる。グローバルは、宇宙移民を始めるために新しい軍艦の艦長をやってほしいと未沙に頼む。未沙は、別れを告げるために輝の家に足を運ぶのだった。
