離島で高校に通いながら「侵略種」の駆除を担当するハンターの少女・久瀬シイナ。 妹セツナと2人で平和に暮らしていた彼女たちだが、謎の男の襲撃によって、シイナは「魔人」を巡る運命に巻きこまれていく。
高町なのはから「国連調査機関 EXCEEDS」にスカウトされるシイナは、EXCEEDS総督・八神はやてから「世界を救う方法」を聞く。 一方、裏社会では「魔人狩り」と呼ばれる危険なグループが跋扈していた。
EXCEEDSの駆除隊員として活動を始めたシイナは侵略種を駆除し、順調に力をつけていく。 休日を過ごしていたシイナは、橋から飛び降りようとする少女を見つけて助けに入ったのだが……。
偶然の出会いから友達になったシイナとトワは、秘密を抱えたまま交流を続ける。 魔人化薬の研究施設で育ったトワは、自身の過去を振り返る。 そして自分の成すべきこと、「魔人と魔人化薬の殲滅」の決意を新たにする。
侵略種の繁殖の原因のひとつ「原種」駆除のために海外に出動するなのは・フェイト・シイナたちEXCEEDS前線メンバー。 同じタイミングで、魔人狩り一同も現場に赴いており、両者は予期せず遭遇することに……。
