Malcolm feilt an seiner Rede vor dem Abschlussjahrgang. Nur fällt ihm das alles andere als leicht, erst recht, nachdem Lois und Hal ihm eröffnet haben, dass sie wollen, dass er Präsident wird. Auch gerät sein Studium in Gefahr, weil Hal Probleme hat, die Schulgebühr zu überweisen. Anlässlich des Schulabschlusses kommen Francis, der mittlerweile einen ordentlichen Job hat, Piama und Grandma vorbei. Malcolm zieht schliesslich von zu hause aus, und muss sich zur finanzierung seines Studiums mit einem Job über Wasser halten. Auch Reese findet einen neuen Job als Schulhausmeister, der ihm Spaß macht. Er wohnt nun glücklich mit Craig zusammen. Dewey und Jamie machen das Haus nun allein unsicher... .
Malcolm struggles with his speech when he's elected valedictorian of his graduating class at school. However, Lois refuses to listen to any of his complaints and reveals that she wants him to become President of the United States. Meanwhile, Reese does everything he can to get a permanent job as a high school janitor, which includes creating the most disgusting mess ever. In the meantime, Hal has problems with Malcolm's Harvard tuition, while Francis finally gets a real 9-5 job that he actually enjoys. Also returning for the family celebrations is Grandma Ida, as they all say goodbye to Malcolm when he leaves for college.
C'est la fin de l'année et du lycée, Malcolm est fier d'être accepté à Harvard mais doit avant tout, préparer son discours de major de promo. Pendant que Hal s'inquiète de trouver l'argent nécessaire pour les études de Malcolm, Lois s'occupe de recevoir la famille et quelques amis pour la remise des diplômes. Lors d'une discussion, elle refuse une offre de travail intéressante pour Malcolm sous prétexte d'accorder la priorité à ses études pour le voir devenir un jour ... président des Etats-Unis. Enfin, Reese élabore de mauvais coups pour garder le job de ses rêves : concierge du lycée.
No último capítulo da série, Malcolm e seus pais percebem que a bolsa de estudos não é suficiente para cobrir a matrícula de Harvard. Hal promete a Malcolm que vai conseguir os cinco mil dólares que faltam de alguma forma.
En el capítulo final de esta serie, Malcolm, Reese y Dewey deciden quemar el único secreto que los tenía unidos porque ya no estarán más juntos, hacerle creer a Lois que tiene cáncer, se saben los deseos de Lois y Hal. Pasan tres meses y se ve que Dewey comprara un cohete y Jamie ya muestran signos de que serán muy problemáticos al igual que sus hermanos, Francis tiene un empleo igual al de su padre y vive feliz con Piama, Reese es conserje de su antigua escuela, Malcolm tiene que trabajar para poder seguir pagando sus estudios, y en la casa Hal se exalta cuando recibe la sorpresa de que Lois muestra una prueba de embarazo con resultado positivo.
