魔法界。それはみなが当たり前のように魔法を使い、当たり前のように魔法が日常にある世界。そんな世界の深い森の中で、一人の少年・マッシュが養父のレグロと暮らしていた。街に行ってはいけないと普段から言われていたマッシュ。なぜなら、普通なら必ず顔にあるはずのアザが、魔法の使えないマッシュにはないからだ。ある日、レグロの留守中、マッシュは大好きなシュークリームを買いに街へ出かけてしまい──。
寮の相部屋になった内部進学組のフィンにも助けてもらいながら、魔法学校での生活を送るマッシュ。ある日、フィンと同じ内部進学組のロイドに声を掛けられ、神覚者になるためにと気づかぬうちにパシリをさせられるマッシュ。徐々にエスカレートしていく中、偶然、マッシュはロイドの前で血を流しながら倒れているフィンを発見してしまい……！
互いの銀の級硬貨（コイン）を賭けたランスとの勝負。勝利したマッシュは、無事に瓶に詰められたフィン、レモン、トムを救出することに成功した。順調に授業や課題に勤しむ中、アドラ寮とレアン寮による合同課外授業が行われる。課題は森サソリ退治、報酬は級硬貨。森に入って一人はぐれたマッシュは、同じ寮の1年生のドットと共に行動することとなり……?!
素行の悪さで有名なレアン寮のシルバに目を付けられたマッシュとドット。シルバは、魔法攻撃にマッシュとドットが5回ずつ耐えられるかどうかの賭けを持ちかけてくる。耐えられれば銀貨も渡すと言うシルバに対し、マッシュの分も自分が受けると言い出すドット。10回耐えきったドットだが、シルバは非情な現実を見せつける。それを見ていたマッシュはある行動にでる──。
ある日レグロのもとに届いたマッシュからの手紙。近況を綴った手紙に喜ぶレグロだったが、その内容は学校の生活とは思えない、危険と驚きと戸惑いに満ちたものだった。
シルバに勝利し、巨大森サソリも倒して合同授業を無事終えるマッシュ。集めた５枚の銀の級硬貨（コイン）が金の級硬貨1枚になると共に、級硬貨狩りをしているというレアン寮の中枢・七魔牙（マギア・ルプス）の7人組の存在を知る。だが後日、次の教室を探すマッシュは、七魔牙の本拠地へと迷い込んでしまう。その場は切り抜けたものの、フクロウ小屋掃除をしていたマッシュ達の元へ黒い影が近づく──。
七魔牙（マギア・ルプス）のオロルとアンサーに勝利したマッシュとランスの前に、仲間を回収しにきたアビスが現れ、不穏な空気を残し去る。シュークリームを焼きながらランスと今後の話をするマッシュだったが、そこへレモンが慌ただしくやってくる。どうやらトムが一時的に魔法が使えなくなってしまったようだ。その夜、謎を解明するために校内を探索するマッシュ達は、様子のおかしいレモンを発見し──。
レモンを追いかけて地下への扉を発見したマッシュ達は、降りたその先で七魔牙（マギア・ルプス）達とそれぞれ対峙していた。ランス vs 第三魔牙（サード）・ワース、マッシュ vs 第二魔牙（セカンド）・アビスの決戦が始まる──!!
マッシュとランスがそれぞれの相手に勝利し、レモンを助けるために先へ進む中、ドット＆フィンは第五魔牙（フィフス）・ラブ＆第四魔牙（フォース）・マイロと戦っていた。ラブの強さに苦戦を強いられるドットだったが、あることをきっかけに突然魔力が跳ね上がり、変貌を遂げる。果たして、その秘密とは……？
ラブに勝利するも、ボロボロのドット。マイロはマッシュへの石化魔法を諦め、ドットに攻撃を仕掛けるが、突如現れた神覚者・レインを前に一瞬にして倒れる。レインは、ウォールバーグから無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）の手駒達が学校に来ていると知らされ、その対応に現れたのだ。一方、マッシュは第一魔牙（ファースト）・アベルの元にたどり着いていた。静かな怒りを露わにするマッシュ。決戦の行方は──?!
無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）のセル・ウォーは去っていくも、マッシュが魔法を使えないことが学校内で噂になってしまう。一方で、七魔牙（マギア・ルプス）との戦いに勝利したマッシュ達は、レアン寮の級硬貨（コイン）をアドラ寮のものとし、順調に神覚者へと近づいていた。放課後、マッシュ達の祝勝パーティーにアベルとアビスも参加する中、突然やってきたフクロウが1通の手紙を落としていく……！
魔法不全隠匿に関する緊急尋問のために魔法局に呼び出されたマッシュの元へ、神覚者達が次々と集まってくる。処分を下そうとする神覚者達だったが、レインと共に現れたウォールバーグが彼らに頭を下げたことで、マッシュは神覚者候補になることを条件として猶予を与えてもらう。ドット達にその経緯を報告する中で、それはそうとで突然遊びに出かけることになり……？
選抜試験直前にフィン達と共にレグロの待つ実家に帰っていたマッシュ。束の間の穏やかな休息を楽しむマッシュ達だったが、そこへオルカ寮監督生のマーガレット・マカロンの影が近づく。しかしマカロンの前に、神覚者・レインが立ちはだかるのだった。マッシュ達がわいわいとスゴロクで遊ぶ裏で、マカロンとレインが高レベルな戦いを繰り広げる──！
ついに始まった神覚者候補選抜試験。従来であれば金級硬貨（コイン）を5枚以上集めた者だけが2次試験へ進むことができるルールだったが、今年は無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）の介入もあり試験が早まったこともあり、金級硬貨（コイン）3枚以上を有資格者とすることとなった。そのため２次試験に参戦できたマッシュ、フィン、ランス、ドットは、”死霊の狩り場”と呼ばれるデッドオアアライブな予選に挑む──！
無事に最初の予選を突破したマッシュたちは、通過者9人を3組に分けたチーム戦”命の水晶”とに挑む。チーム対抗の水晶割りというシンプルなルールだが、同じチームになったマッシュ、ドット、フィンのうち２人が、ゲーム開始前に配布された水晶を割ってしまう。残る水晶は１つのみとなるが、３人はスタートとともにバラバラに配置されてしまう。そして、フィンはオルカ寮のカルパッチョ・ローヤンと遭遇してしまい……。
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友達を見捨てず必死にカルパッチョと戦うフィンの元に、マッシュが駆けつける。魔法界に13本あると言われる”最古の十三杖”（マスターケイン）に選ばれたことで傷を無効化し無敵と思われたカルパッチョを相手に、完勝するマッシュ。一方、マーガレットはカルパッチョと同チームのメンバー2名を相手に圧勝、それによって試験は終了となった。そして最終試験直前、控室にいるマッシュ達の元へやってきたのは──?!
神覚者候補選抜試験の最終試験は一対一でのバトル。第一試合はマッシュvsマーガレット。強力な魔力を持ち、神覚者に準ずると言われているマカロンに立ち向かうマッシュ。激しい戦いの行方や如何に──?!
マカロンに勝利したマッシュだったが、突如、空から無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）が現れ、試験会場に時間停止魔法をかける。ウォールバーグが無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）と対峙する中、時間停止魔法から解放されたマーガレットや神覚者のカルド達は生徒たちを守るため、魔人たちに対抗していた。時を同じくして、マッシュとセル・ウォーとの戦いが繰り広げられる──！
無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）配下の死刑囚 六罪杖（クリミナル・ケイン）のシッター・ベイビーに赤ん坊にされたランスとドットだったが、ランスの圧倒的な強さにより勝利を収める。一方、遥か上空では、無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）の禁忌呪文により肉体が蘇ったアダム・ジョブズとウォールバーグが対峙。アダムは魔法界のトップに座した伝説の魔法使いであると同時に、ウォールバーグと無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）の師匠でもあった……！
サモンズで杖本来の力を引き出したセルに勝利するマッシュ。時を同じくして、ウォールバーグもまた、六罪杖（クリミナル・ケイン）のネクロス・マンスと彼が操るアダムの闇魔法を相手に、衰えない実力を見せつける。そしてついに、ウォールバーグと無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）の頂上対決の幕が上がる──！
自身の命と引き換えに、ウォールバーグは杖本来の力を開放するサーズを発現し無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）を切り取ろうと試みるが、それを凌駕する魔法で難を逃れる無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）。絶体絶命のピンチに陥ったウォールバーグを救いに現れたのは…マッシュ・バーンデッド！
無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）が退散するにあたっての置き土産は、魔人死体を融合した巨大亡者だった。あらゆる魔法が魔法無効化の結界によって封じられた絶望的な状況の中、必死に戦うマッシュの姿に、口々にマッシュを応援する生徒たち。その声援に応えるように、マッシュはーー。それから数日後、無邪気な淵源（イノセント・ゼロ）の襲撃のニュースが街を駆け巡る中、マッシュ達が行った場所とは──。
