七海るちあは、ピンク真珠のマーメイドプリンセス。小さい頃になくした真珠を探すため、人間界へやってくるが、本当の目的は初恋の相手との再会だった。期待に胸をはずませて新生活をスタートさせるが...。
謎の水妖に襲われた海斗から真珠を受け取り、アクアレジーナ様からもらったe-pitchを手に変身したるちあは、心に浮かぶ歌を歌って水妖を撃退。初恋の男の子は海斗だったとわかり、るちあは舞い上がる。
なぜか男の子の制服を着ている転校生・洞院リナ。るちあたちは、リナと仲良くなろうとするが、そっけない態度を取られてしまう。その上るちあは、海斗とリナが2人きりでいるのを偶然目撃し、ショックを受ける。
るちあたちに音楽を教える海月先生が、コンサートを開くことになった。浮かない様子のるちあを心配した波音は、コンサートに海斗を誘って、ついでにリナとの関係を聞いてみたらとアドバイスする。
街の川に、ももちゃんというピンクイルカが迷い込んできて、水族館に保護された。これを聞いたるちあたちは、頭のいいイルカが、どうして迷い込んだのか不思議に思い、水族館に行ってみることにする。
年に1度の大引き潮の日だけに行ける洞窟で、ろうそくを灯すと想いが叶うという、人魚の愛の伝説の話を聞いたるちあと波音。この伝説で海斗との恋愛が成就すると張り切るるちあは、海で海斗と居合わせるが...。
るちあは、海斗に恋人がいるという噂を聞いて大ショック。ヒッポはるちあに、海斗を尾行して白黒はっきりさせようと提案。2人は尾行を始めるも海斗と出くわしてしまい、そこには彩香という年上の女性がいた。
サーフィン大会に向けて頑張る海斗を応援したいるちあは、お弁当を作っていったら一緒に食べてくれるかと問う。「優勝したらな」と返す海斗だが、崎谷浩介という強敵が現れ、心の中ではプレッシャーと戦っていた。
深夜のパールピアリにすごい音が鳴り響く。泥棒かと思いきや、台所にいたのは波音だった。るちあの弁当作戦が大成功だったこともあり、休んでいる海月先生に弁当を作って差し入れをしようとしていたのだった。
石橋という青年に声をかけられた、るちあとリナ。ヘアメイクのコンクールに出場するため、石橋は、リナにモデルになってほしいとお願いする。乗り気でないリナをるちあがけしかけ、石橋とリナは衣装選びに出かける。
臨海学校で、ある島にやってきたるちあたち。海斗と急接近を目論むるちあだが、海に入ることができなくてがっかり。そんな時、島のおじいさんがるちあに、何でも願いを叶えてくれる指輪があると教える。
るちあの14歳の誕生日が近づく。マーメイドは13歳で成人式を行うのだが、るちあは真珠を失くしていたためにできずにいたのだった。それを聞いた波音は、るちあのバースデーパーティをみんなでやろうと提案する。
バースデーパーティの件で喧嘩をしてしまったるちあと海斗。るちあは、海斗と仲たがいしたまま国へ帰って成人式を迎えることとなり、ふさぎ込んでしまう。そんなるちあのためにタキさんは、魔法の貝笛を吹く。
マーメイド占いで「強気にアタックあるのみ」という結果が出たため、るちあは思い切って行動に出ようとするが、海斗が見つからない。海斗がツツジ岬へ行ったと聞いたるちあは、岬へと通じる電車に飛び乗った。
気分はすっかり夏休みのるちあは、ひと夏の思い出を作ろうと思いをはせるが、その前に期末テストがあることをすっかり忘れていた。おまけにテストの点数が悪いと、夏休みが補習で潰れてしまうのだ。
るちあや波音、そして海斗と一緒に海の家を手伝うことになったリナ。るちあは、海斗を気にするあまりミスをしてしまい、海斗に怒られてしまう。これを見たリナは、思わず「あんなやつ、もうやめろ」と言い放つ。
街外れの洋館が幽霊屋敷という噂を聞いて、肝試しをやろうと洋館を訪れたるちあたちは、悲しげな文章が綴られている一通の手紙を発見。居合わせた屋敷の管理人が、昔ここであった、悲しい恋の物語を語る。
南大西洋の国のマーメイドである芽流が波音を訪ねてきた。芽流は、彼女の母親から預けられた、水色マーメイドに伝わる宝「有明の月のオルゴール」を波音に渡すために人間界へやってきたのだった。
ライブ鑑賞が終わって興奮さめやらぬ一同だが、るちあの姿がない。みんなは一大事とばかりに手分けして行方を追う。一方、みんなとはぐれて途方に暮れているるちあの前に、リョウと名乗る青年が現れる。
プライベートビーチで過ぎ去る夏を惜しむるちあたちは、波打ち際に打ち上げられた小びんを拾う。栓を抜いた瞬間、びんは虹色の光を放ち、るちあたちに降り注ぐ。中には一通の恋文が入っていた。
ビーチクイーンを選ぶ「マーメイドコンテスト」が開催されることになった。このコンテストにマーメイドプリンセスが現れるに違いないと見た水妖たちは、自らも出場し、なおかつ優勝しようとたくらむ。
るちあたちのクラスの担任の先生が産休に入り、海月先生が新しい担任になった。大喜びの波音は、海月先生を歓迎する音楽会兼ピクニックを企画する。ピクニックの場で、人一倍張り切る波音だったが...。
水妖マリアの仕業で海が凍りつき、サーフィンをしていた海斗は、転倒して風邪をひいてしまう。海斗の家にお見舞いに来たるちあは、何も食べていないという海斗のために、うきうきと食事を作り始める。
波音の国のマーメイド・芽流が再びやってきた。今回は海斗のことを追ってきたのだと話す芽流に、るちあは恋の火花を散らす。芽流は海斗に「結婚して」と迫ったりと、積極的にアタックを始める。
月夜の晩、るちあと波音は美少年を目撃。思わず追いかけるが、見失ってしまう。翌日、子供たちにいじめられているヒッポと遭遇したるちあたちは、助けようとするが、イヌに尻尾をかまれたヒッポが煙に包まれる。
サーフィン大会に出場する海斗を応援しに、るちあたちは南の島に来た。海斗は、負傷というトラブルのなか、見事優勝する。喜びも束の間、胸の真珠の警報に、リナの危機を感じたるちあと波音を待ち受けていたのは...。
パープル真珠のマーメイドプリンセス・かれんによってピンチを救われたるちあたち。仲間が増えたと喜ぶが、かれんは仲間になんてならないと言う。さらに、リナには「裏切り者」と冷たく言い放つ。
かれんの真珠の力で救われたるちあたちは、今度こそかれんとノエルを助けるため、ガイトの城へ行こうと決心。ガイト城を発見したるちあたちは、城へ乗り込むものの、るちあと波音が捕まってしまう。
学園祭の出し物で、人魚姫の演劇をやることになった。るちあは、人魚姫役は自分しかないとやる気満々。練習に励むなか、急きょ王子様役を海斗がやることになった。そして、学園祭の当日を迎えるが...。
学校からの帰り道、るちあは海斗の様子がおかしいことに気づく。海斗がキスを迫るので、るちあは思わず逃げだしてしまう。翌日、この件を思い切って海斗に問いかけると、思わぬ真相が明らかとなる。
かれんの双子の姉・ノエルを助けるために、リナはある作戦を提案。それは、リナが水妖たちにわざと捕まり、ガイトの城に入る前に、るちあと波音に助けてもらい、城へと潜入するというもの。早速、実行に移すが...。
「夢見石」という石を拾ったるちあ。枕元に石を置いて寝ると、見た夢が正夢になるという。石を使うるちあだったが、海斗に嫌われる夢を見てしまう。焦ったるちあは、これが正夢にならないように行動に出る。
るちあたちの街に新しく遊園地が完成した。オープン記念で入場無料だと知ったるちあと波音は、海斗と海月先生を誘って、遊びにいこうと張り切る。一方でリナは、水妖のわなかもしれないと考える。
パールピアリにやってきた、あわびの妖精・アウリ。占い師になりたいアウリが、先輩であるタキさんに手ほどきを受けにきたのだ。予測不可能な行動をするアウリを、るちあたちは危険人物と恐れる。
海月先生の様子が最近おかしいため、波音はまた想い出のマーメイドのことを考えているのではと思い悩む。想い出のマーメイドがかれんではないかと疑うが、違うことがわかり、海月先生に思い切って直接尋ねてみる。
パールピアリに迷い込んできた赤ちゃんが、予測不可能な行動を取るので、四苦八苦するるちあたち。しかし、なぜかるちあに妙に懐いていることを理由に、波音、リナはそれぞれの用事で出かけていってしまう。
海斗にとっての一番が誰なのかということで、るちあと海斗は喧嘩をする。愛の奇跡が起こるという魔法の道具・マーメイドビーズさえあれば仲直りできるのにと、るちあたちが話をしている時、1人の老婦人に出会う。
海斗とるちあたちは、海の家で見知らぬ大人の女性と出会う。彼女は海斗に対して意味深なことを告げ、店を後にする。気になったるちあは、このことを海斗に問いただすが、海斗を怒らせてしまった。
るちあは海斗と、一緒に年越しのカウントダウンをしようと約束をする。浮かれまくるるちあだったが、パールピアリでカウントダウンライブをやることになってしまう。これを知ったダークラヴァーズの4水妖は...。
初夢は正夢になると聞いたるちあたちは、それぞれの願いを胸に3人並んで眠る。るちあは海斗と、波音は海月先生とラブラブで、リナはプラズマテレビをゲットするという、それぞれ幸せな夢を見るのだが...。
街へ出かけたるちあとヒッポは、にこらが年上の男性とデートをしているのを目撃。男性は、海の家の真木さんだった。にこらの嬉しそうな笑顔を見たるちあたちは、真木さんと結婚するのではと考える。
浜辺の救命用具小屋で白い影を見たるちあと波音は、幽霊に違いないと写真を撮ろうとする。しかし正体は、人間の姿に変身したヒッポと水妖のユーリだった。ヒッポはユーリを忘れられず、この小屋で会っていたのだ。
イケメンスケートボーダーがやってくるイベントが開かれると知った波音は、早速イベント会場へ行こうとする。だがこれは、ブラック・ビューティー・シスターズが、るちあたちをおびき寄せるための作戦だった。
学校でスキー教室が行われるが、るちあたちは、ガイト城を探すため参加できなくなってしまう。るちあは、弁当を差し入れようと海斗のもとへ向かうが、マリアが起こした猛吹雪のため、雪の中で迷ってしまう。
海斗からデートに誘われたるちあは、嬉しい反面、不安もよぎる。海斗の心にいるのはマーメイドの自分なのか、今の自分なのかがわからず、自分が想い出のマーメイドに重ねられているだけではないのかと思っていた。
バレンタインの日、海斗がハワイに留学するという噂を耳にするるちあ。そんな大事なことを話してくれなかったと、落ち込んでしまう。るちあは思い悩んだ末、海斗のためにも自分のためにも、身を引こうと決意する。
海月先生が休職願を出したという話を聞いた波音は、理由を聞くため家を訪ねる。海月先生は沙羅との間に起こった過ちを償うため、ある決意をしていたのだが、その言葉の意味を波音は理解できない。
沙羅は、海月先生をガイト城で幽閉することに成功。憎しみを抱き続けることで、過去の悲しい思い出から抜け出そうとする沙羅だったが、彼のピアノの優しさに、その想いさえも揺らいでしまうのだった。
ブラック・ビューティー・シスターズは、ガイトに見切りをつけた。おびき出されたるちあたちの前に、真珠の力でパワーアップしたブラック・ビューティー・シスターズと、2人に操られたダークラヴァーズが現れる。
海斗の力を使い、地上も自らの物にしようとするガイトの計画も大詰めを迎える。ガイト城に招待されたるちあたちは、それぞれの決意を胸に城へ潜入。そこに、インド洋のマーメイドプリンセス・沙羅が立ちはだかる。
ノエルとココを救出したるちあたち。海斗を救おうとする彼女らの前に再び沙羅が現れる。6人でハーモニーを奏でるが、マーメイドプリンセス・沙羅に歌が通用するはずもなく、逆に沙羅の歌に苦しめられる。
海斗を救うため、必死で彼のもとへ向かうるちあ。そして海斗は、想い出のマーメイドがるちあだったことに、ついに気づいた。7年の時を超え、想いを通じあわせることができたるちあと海斗は、強く抱き締めあう。
